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ADF

機能概要

ADF は、オランダAmsterdam 自由大学の Baerends 教授とカナダ Calgary 大学の Ziegler 教授の両グループが中心になって開発された、 密度汎関数法 (DFT) を用いた量子化学計算ソフトウェアです。

利用方法

利用範囲

宇治キャンパスユーザ

利用マシン

ADFは計算サーバおよびPC端末にて利用いただけます。
計算サーバの場合には、キュー JP/UV で利用できます。
PC端末の場合には、以下のダウンロードセンターから ADF (GUI含む)を ダウンロードしていただき、PC端末にインストールし、ライセンス設定を 行うことで利用できます。

利用できるバージョンと設定方法

バージョン設定方法
2016.107module load adf/2016107
2014.10module load adf/201410

実行方法

ADFの実行コマンド名は adf です。
コマンド実行前に、module コマンドで必要な環境を設定してください。
コマンド実行前に、環境変数 NSCM を設定することで並列実行が可能です。

% module load adf/2016107  (2016.107版の場合)
% setenv NSCM nproc
% adf < input > output

上記では、入力ファイルは input、出力ファイルは output です。

バッチスクリプトでの実行例

以下、バッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。

#!/bin/csh
#PBS -q JP4
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4

source /etc/profile.d/modules.csh
module load adf/2016107  (2016.107版の場合)
setenv NSCM 4

cd $PBS_O_WORKDIR

% adf < test.in > output

この例では、入力ファイル test.in 、出力ファイル output としています。 また、実行CPU数は 4 と指定しています。

サンプルファイル

サンプルファイルは以下に格納されています。必要に応じてご参照下さい。

/usr/appli/FloatBAND/adf/xxxx/examples

xxxx はバージョン番号です。

PC端末でのライセンス設定方法

ダウンロードセンターよりADFをダウンロードして、PC端末にインストールした後は、ライセンス設定を行うことが必要です。
以下に設定手順を示します。

  1. インストール後に、ADFjobsアイコンをダブルクリックし、Get License ウィンドウを開きます。
    もし、Get License ウィンドが開かない場合、インストールフォルダに半角スペースや日本語が含まれていないかご確認ください。
  2. Get License には何も記入せずに、そのまま単に「Cancel」 ボタンを押してください。
  3. scm-info.txt が生成されますので、そのファイルをメール添付でスパコンシステムまでお送りください。
  4. ライセンスファイル発行処理を行います。発行処理には1週間から10日ほどかかる旨、ご了承ください。
  5. ライセンスファイルを受け取られましたら、環境に応じて以下の手順で設定を行ってください。
    • Windows: ADFのインストールフォルダ(デフォルトではC:\ADF2014.x)の直下に「license.txt」というファイル名で保存します。
    • Linux: 環境変数のSCMLICENSEで指定した場所およびファイル名で保存します。
    • MacOS: 「license.txt」というファイル名でライセンスファイルを appファイル(ADF2014.x)にドラッグ&ドロップします。

利用に関する質問

【質問】計算結果ファイルに、以前の計算結果も出力されてしまいます。
【回答】過去の計算結果が蓄積されているlogfile の内容が、計算結果ファイルに出力されてしまうようです。 そのため、もし不要でしたら、毎回 logfile を削除してください。

ダウンロード

ダウンロードセンター

【注意点】
Windows版のインストール先は、C:\ 直下にインストールしてください。半角スペースや日本語が入ったフォルダ名(Program Files 等)では、 正しく動作しないことがあります。

マニュアル

関連サイト