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Amber 11

機能概要

Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。 Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。

利用方法

利用マシン

計算サーバ

実行方法

Amberに付属していますシミュレーションプログラム sander, pmemd, nmode や解析プログラム ptraj, mm-pbsa などが利用可能です。特に、システムでは、sander, pmemd についてはそれぞれ並列化版も用意されています。sander, pmemd の並列化版では、それぞれのコマンド名の直後に、-np "CPU" のオプションを用いてCPU数の指定をしてください。

sander や pmemd はそれぞれMPIによる並列化版も用意されています。

並列化版を利用する場合、Amber独自のMPIを利用するため、単に mpirun コマンドではなく、 mpirun_amber コマンドを利用してください。

各種コマンドの詳しい利用方法は、マニュアルを参照ください。

サンプルファイル

サンプルファイルは以下に格納されています。必要に応じてご参照下さい。

/usr/appli/amber11/test

マニュアル

Amber 11 User's Manual (PDF: 2.0MB) （システムのIDとパスワードが必要）
AmberTools User's Manual (PDF: 4.4MB) （システムのIDとパスワードが必要）
Modeling ToolKit++ v0.2.0 (PDF: 3.2MB) （システムのIDとパスワードが必要）
Amber "Lite": Some AMBER-Tools-Based Utilities (PDF: 1.2MB) （システムのIDとパスワードが必要）
gLEaP Programmer's Guide (PDF: 0.3MB) （システムのIDとパスワードが必要）
Amber Trajectory NetCDF Convention Version 1.0, Revision B (PDF: 41KB)（システムのIDとパスワードが必要）