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CSD (Cambridge Structural Database)

機能概要

CSD(Cambridge Structural Database)は、X線あるいは中性子の回折実験によって解析された有機化合物・有機金属化合物の結晶構造データベースです。 CSDにはGUIベースの使いやすいインタフェースが用意されており、ユーザがデータベースの検索、解析、表示を容易に行うことが可能です。 このアプリケーションは、以下の複数のプログラムから構成されています。

  • PreQuest(Questを用いた検索が可能なフォーマットでのデータ作成)
  • ConQuest(CSDの検索インターフェース)
  • WebCSD(Webブラウザで利用可能なCSD)
  • Mercury(結晶構造の3次元表示および検索結果の統計処理)
  • Mogul(分子内ジオメトリデータベース)
  • IsoStar(分子間相互作用データベース)
  • DASH(粉末結晶構造解析ソフト)
  • SuperStar(タンパク質-リガンド相互作用予測ツール)
  • Gold(タンパク質-リガンドドッキングツール)

IsoStar のサービスは停止されました。ご利用になりたい方は、以下のサイトにアクセスしてご利用ください。
IsoStar (CCDC)

 

利用方法

使用許諾書提出のお願い

CSD (WebCSD含む)を利用される場合には、事前にCSDの使用許諾に関する書類の提出が必要です。 以下よりダウンロードして、スパコンシステムまでご提出ください。

・ CSD使用許諾書(PDF) (IDとパスワードが必要)

記入上の注意点としては、PDFフォームなので直接PDFに必要事項を記入していただけます。 ただ、Signed の箇所のみ、紙に印刷後に、直接ご記入ください。
CSD使用許諾書と引き換えに、利用登録に必要な Site Number および Confirm Code をお知らせします。
また、Confirm Code は毎年変更となりますので、お手数ですが、CSD使用許諾書も毎年ご提出ください。

利用環境

CSDはこれまでは計算サーバでの利用のみでしたが、2012年度より多くの環境で利用できるようになりました。

具体的には、ConQuestによるCSDの利用はこれまでと同様に計算サーバの他、Windows, Mac, Linux 等のPC端末でも ご利用が可能です。これまでは、WindowsでCSDを利用するには X Window 環境が必要でしたが、PC版を利用することで 直接PC端末にて検索や解析を行うことができます。

また、PC端末では、ConQuest以外でも、機能概要で紹介されたさまざまなツールやデータベース、さらに 結果に対する統計処理や可視化などができるようになりました。(OSによっては一部のツールが利用できません。)

さらに、CSDのWeb版であるWebCSDも以下のサイトにて利用が可能です。
WebCSD: http://webcsd.ccdc.cam.ac.uk/

以下では簡単にそれぞれの環境での起動方法をご紹介します。

(1) WebCSDの起動方法および注意点

WebCSDを利用するには、事前にプロキシの設定を行い、KUINSネットワークから以下のサイトにアクセスします。

WebCSD: http://webcsd.ccdc.cam.ac.uk/

画面右上に

Licensed to: Kyoto University, Institute for Chemical Research at Kyoto

と表示されれば、利用が可能です。

【注意点】

(1) KUINSネットワークからのアクセスでない場合

WebCSD Licence Server Message: Cannot authenticate user by IP address. Please try logging in instead.

と表示され、Email Address および Password 入力画面が表示された場合にはWebCSDが利用できません。 KUINSネットワークに接続されているかご確認ください。

(2) プロキシ設定
WebCSDに接続できるものの検索を開始すると、以下のようなエラーが表示された場合、プロキシの設定が正しく行われていないことが考えられます。

Socket is not connected.
または
java.net.MalformedURLException: unknown protocol: socket
または
Connection manager failed to connect to server "webcsdserver.ccdc.cam.ac.uk" on any of these ports: [80,8765]

この場合、以下をお試しください。

【Windows IE】
IE起動後、[ツール]メニュー→[インターネットオプション]メニュー→[接続]タブ →[LANの設定]ボタン→プロキシサーバーの[詳細設定]ボタンを押し、設定画面を開きます。そして、以下の設定を行ってください。
HTTP(H) proxy.kuins.net 8080
Socks(C) socks-proxy.kuins.kyoto-u.ac.jp 1080
例外:次で始まるアドレスにはプロキシを使用しない
*.kyoto-u.ac.jp;*.kuins.net

また、この時、LANの設定画面では"設定を自動的に検出する"にはチェックを入れないようにしてください。

【MacOS X】
アップルメニューから[システム環境設定…]メニュー→[ネットワーク]→[詳細…]ボタン →[プロキシ]タブを押して、設定画面を開きます。そして、以下の設定を行ってください。
Webプロキシ(HTTP) proxy.kuins.net 8080
SOCKSプロキシ socks-proxy.kuins.kyoto-u.ac.jp 1080
プロキシ設定を使用しないホストとドメイン:
*.kyoto-u.ac.jp;*.kuins.net

(2) PC端末でのセットアップおよび起動方法

簡単に、Windows端末でのCSDのセットアップおよび起動方法を説明します。
なお、CSD使用許諾書提出後に送付されるSite number および Confirm Codeが必要となります。

他のOS環境や他のツールもしくはさらに詳細なセットアップや利用方法を知りたい場合は、以下のマニュアルを参照ください。

(1) 以下のダウンロードセンターから、csds-2016-windows.zip (Windows) をダウンロードします。 その後、解凍してくだい。
(2) 解凍すると、csds-2016-windowsというフォルダができます。このフォルダ内にある csds-windows.exe を実行します。
(3) 画面の指示にしたがってインストールを行ってください。(15分から20分ほどで終了します。) インストールが完了すると、デスクトップには ConQuest, DASH, GOLD, Hermes, Mercury, Mogul, PreQuest のアイコンが作成されます。
(4) デスクトップに作成されたアイコンをダブルクリックして、ConQuest を起動します。
(5) License Agreement を確認し、問題なければ YES を押します。
(6) 検索結果を格納するフォルダを指定します。
(7) ConQuest を利用するために必要な情報を登録するための画面が表示されます。 以下の情報を入力します。Proxy情報は、Proxy ボタンを押して入力します。
Site Number: CSD使用許諾書提出後にお知らせします
Confirm Code: CSD使用許諾書提出後にお知らせします
Proxy Machine: http=proxy.kuins.net
Proxy Port: ns.kyoto-u.ac.jp:8080
(Proxy Port は記入文字数の制限があるようで、socks-proxy.kuins.kyoto-u.ac.jp:8080 の 前半が切れた形での入力です。)

(8) 最後に Register Online ボタンを押してください。これで ConQuest が起動します。

次回からは、登録情報の入力は不要です。(ただし、Confirm Code は毎年変更となるため、 年に1回は同様の作業が発生します。)

(3) 計算サーバでのセットアップおよび起動方法

計算サーバのConQuestを利用する場合には、X Window 環境が必要です。 MacOS ではシステムに標準で搭載されている X Terminal が利用できます。 Windows では、Xming, Cygwin, VMWare 等の X Window を実現できる環境を整えてください。
なお、CSD起動時には、CSD使用許諾書提出後に送付されるConfirm Codeが必要となります。

そして、PC端末から計算サーバへログインして以下のコマンドを実行してください。

% module load CSD  ( CSD 環境の設定)
% cq        ( ConQuest の起動 )

バージョンを具体的に指定したい場合には、以下の設定方法を参照ください。

バージョン設定方法
2017module load CSD/2017

計算サーバへログインする時には以下のように ssh のオプションを指定してください。

% ssh -Y -C fe1.scl.kyoto-u.ac.jp

初回起動時あるいはCSDがバージョンアップされた場合には、以下の手順に従ってください。


最初に起動する場合、左図のような画面が表示されます。 CSD使用許諾書提出後にお知らせするSite Number および Confirm Code 、そして ご自分のメールアドレスを入力してください。
さらに、Proxyボタンを押し、以下の値を入力してください。
Proxy Machine: http=proxy.kuins.net
Proxy Port: ns.kyoto-u.ac.jp:8080
(Proxy Port は記入文字数の制限があるようで、socks-proxy.kuins.kyoto-u.ac.jp:8080 の 前半が切れた形での入力です。)
最後に Register Online のボタンをクリックします。


Congratulations, ... といった左図のウィンドウが表示されればOKです。
最後に OK ボタンを押すと CSD が起動します。
次回からはこの手順は不要です。(ただし、Confirm Code は毎年変更となるため、 年に1回は同様の作業が発生します。)

ダウンロード

ダウンロードセンター(システムのIDとパスワードが必要)

マニュアル

関連サイト