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Gaussian 09

機能概要

Gaussian は、広範囲にわたる ab initio モデルや半経験的モデルをサポートした汎用量子化学計算パッケージプログラムです。このコードでは、分子軌道の計算でよく使われているHartree-Fock (HF)や電子相関を考慮したPost-HFプログラムを利用することができます。さらに、あらかじめ用意された多数の基底関数だけでなく、ユーザ自身が定義した関数を利用することもできます。

利用方法

Gaussian09 をコマンドラインから実行する場合には rung09 コマンドを使用します。

利用マシン

計算サーバ

起動方法

rung09 コマンドの利用

% rung09 input output

inputおよびoutputは、それぞれ gaussian に対する入力ファイルおよび出力ファイルを示します。

他のリビジョンの利用方法

デフォルトでは rung09 を実行すると、導入されているGaussianの最新版が起動しますが、 設定を行うことで他のリビジョンを利用することが可能です。

他のリビジョンを利用する方法には2通りあります。

常に同じリビジョンを利用したい場合
  1. 自分のホームディレクトリに .appli.csh ( または .appli.sh) がなければ、まずはそのファイルを作成します。
  2. .appli.csh ( または .appli.sh ) に以下の内容を記載します。ここではリビジョンb01を利用したい場合の例を示します。
  3. setenv g09root /usr/appli/g09b01  ( .appli.csh の場合)
    
    export g09root=/usr/appli/g09b01  ( .appli.sh の場合)
    

上記設定後、次回ログイン時からこの設定が有効になります。その結果、インタラクティブやバッチジョブにて、rung09コマンドを実行すると 自動的に設定したリビジョンのGaussianが起動されます。

必要に応じて個別にリビジョンを指定したい場合

rung09コマンドの実行直前に、環境変数 g09root を設定します。 ここではリビジョンb01を利用したい場合の例を示します。

setenv g09root /usr/appli/g09b01  ( Cシェル環境 )
export g09root=/usr/appli/g09b01  ( Bシェル環境)

ログイン後、コマンドラインにて上記の環境変数を設定すると、そのシェル上では rung09 コマンドによって同じリビジョンのGaussianが実行されます。 バッチジョブの場合には、バッチスクリプト内で上記の設定後に、rung09コマンドでジョブを実行するようにしてください。

サンプルファイル

Gaussianには多くのサンプルファイルが付属していますので、適宜マニュアルとともにサンプルファイルも参考にしてください。
サンプルファイルの格納場所は以下となります。

/usr/appli/g09c01/g09/tests/com

Gaussian Utility コマンド

Gaussianには多くのUtilityコマンドが付属しています。

コマンド名(Gaussian09) 機能
c8609 G09以前のGaussianプログラムによって作成されたチェックポイントファイル(.chkファイル)をG09用のフォーマットに変換します。
chkchk チェックポイントファイル内のルートセクション(ジョブタイプ、計算手法、用いる基底系)と、タイトルセクション(ジョブタイトル)を抜き出して表示します。
cubegen チェックポイントファイルからGaussian Cube形式のファイルを作成します。
cubman cubeファイル上で、電子密度や静電ポテンシャル値を操作するのに用います。
formchk バイナリ形式のチェックポイントファイルをアスキーフォーマットに変換します。
freqchk チェックポイントファイルから、振動数、熱化学計算のデータを取り出します。
freqmem 振動数計算時に必要とされるメモリー容量を得ることができます。
gauopt 分子座標以外の変数の最適化を実行します。
mm Gaussianの分子力学プログラムです。Gaussianの標準入力ファイルから構造データを読み込み、力場を指定して計算します。
newzmat PDB, MOPACなど、各種ファイルフォーマットに対応したファイル変換ツールです。
unfchk (formchkツールと反対に)アスキーフォーマットのチェックポイントファイルをバイナリ形式に変換します。

 

マニュアル

 

関連サイト

The Official Gaussian Home