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Materials Science Suite

機能概要

Materials Science Suite は、材料化学系モデリングプログラムです。 分子構造の構築・モデルの作成、シミュレーション、特性予測やデータ分析などのすべての工程を容易に行うことができます。 また、気相および液相での高精度な第一原理計算、暗黙もしくは明示的な溶媒を用いた古典的シミュレーションが可能です。 計算結果を利用した予測機能としては、反応熱化学と反応経路探索、遷移状態理論からの反応・輸送速度定数、 酸化・還元ポテンシャル計算用の有効モデル、大規模な系の生成熱と原子化エネルギー、 遷移金属を含む系でのプロパティ計算、電場依存特性の有効な計算、複雑系の振動および電子スペクトル予測などが可能です。

Materials Science Suite では、以下のプログラムが利用できます。

  • Jaguar: 高速量子計算
  • Desmond:高速分子動力学計算
  • CombiGlide: コンビナトリアルライブラリ発生
  • MacroModel: 分子力場・配座解析
  • Canvas: ケムインフォマティクス・プラットフォーム
  • Knime Extensions: ワークフロー解析
  • Maestro:統合インターフェース

Desmond 以外は、同時実行数に限りがあります。

利用方法

各研究室内で特定のPCにインストールして利用することができますが、 一人の利用者がインストールして利用できる端末は当面1台に限らせていただきます。 利用希望者は 特殊アプリケーション利用申請書を提出してください。

PC端末と計算サーバのどちらでも計算を実行させることができます。

利用範囲

・京都大学所属ユーザ
・利用場所:宇治キャンパス

利用キュー

JP/PK

Desmond をご利用の場合は PK のみとなります。

PC端末から利用する場合の注意点

PC端末にて利用する場合、以下の手順で準備をお願いします。なお、####-# はバージョン番号を示しています。(例えば、2017-2など)

  1. ダウンロードセンターより、インストールメディアおよびライセンスファイル(license.txt)および設定ファイル(schrodinger.hosts)を取得します。
  2. setup.exe を実行して、インストールを開始します。インストールの最後に、[configure] [OK] のボタンが表示されますが、[OK]を押して終了します。
  3. ライセンスファイルと設定ファイルをインストールディレクトリ以下に置きます。もし、インストールディレクトリが Program Files\Schrodinger####-# であれば、 Schrodinger####-# 以下においてください。すでに同じ名前のファイル名がある場合には、上書きコピーで構いません。
  4. 以下を参考にpasswordless の設定をしてください。
    1. Windowsのスタートメニューなどから、Schrodinger-####-# -> Remote Login Configuration を起動し、"Remote Access Setup"画面を開きます。
    2. Generate the keys にて、[Generate Keys]ボタンを押し、Private and public key-pair generated. というメッセージが出力されるので、[OK]を押します。
    3. Configure and initialize host access の[Initialize Host Access...]ボタンを押し、"Remote Access Initialization"画面を開きます。
    4. PCユーザ名とスパコンユーザ名が同じ場合:
      Enter a host and user nameHosts from schrodinger.hosts
      HostUserHostUser
      Double-click to editDouble-click to editfe2.scl.kyoto-u.ac.jpPCユーザ名
      PCユーザ名とスパコンユーザ名が同じ場合には、Hosts from schrodinger.hosts の下にある fe2.scl.kyoto-u.ac.jp の行を マウスで選択して、[Initialize]ボタンを押します。
    5. PCユーザ名とスパコンユーザ名が異なる場合:
      Enter a host and user nameHosts from schrodinger.hosts
      HostUserHostUser
      Double-click to editDouble-click to editfe2.scl.kyoto-u.ac.jpPCユーザ名
      Enter a host and user name の "Double-click to edit" と示されている領域に、以下を参考に入力してください。
      Enter a host and user nameHosts from schrodinger.hosts
      HostUserHostUser
      fe2.scl.kyoto-u.ac.jpスパコンユーザ名fe2.scl.kyoto-u.ac.jpPCユーザ名
      入力後、Enter a host and user name の下にある fe2.scl.kyoto-u.ac.jp の行をマウスで選択して、[Initialize] ボタンを押します。
    6. "Enter the password"という画面が表示されますので、スパコンシステムアカウントのPassword を入力し、OKを押します。 Status 画面の最後に、Status:OK と表示されていれば、成功です。[Close]ボタンを押して、その画面を閉じてください。
    7. さらに、[Close]ボタンを押して、"Remote Access Setup"画面も閉じてください。これで、設定が完了です。

よくある質問

【質問】Materials Science起動時に、FATAL -1: Could not find a license file. と表示される。
【回答】ライセンスファイルを Schrodinger####-# フォルダにおいてください。Schrodinger####-# は、デフォルトでは Program Files 以下になります。

【質問】Materials Science起動時に、FATAL -96: Could not check out a license for mmlibs version 3.2. と表示される。
【回答】ライセンスファイルが壊れている可能性があります。再度、ダウンロードサイトより取得して、Schrodinger####-# フォルダにコピーしてください。

ダウンロード

以下よりインストールメディアおよび設定ファイルのダウンロードが可能です。

ダウンロードセンター(システムのIDとパスワードが必要)

マニュアル

関連サイト