Materials Studio

機能概要

Materials Studio (以下 MS) は、Materials Visualizerというグラフィックスインターフェースを中心に、オプションモジュールを組み合わせることによって、 低分子、高分子、結晶など多彩な物質のモデリングに最適な環境をユーザに提供します。

スパコンシステムでは、宇治・吉田・桂のすべての地区に対するサイトライセンスを保有しています。 したがって、Materials Studioの全モジュールが利用可能です。

どのような機能を持つモジュールが用意されているか、どのような研究に活用できるかなどについては以下のサイトをご参照ください。
http://accelrys.co.jp/products/materials-studio/index.html

利用方法

各研究室内で特定のPCにインストールして利用することができます。 また、Materials Studio および Discovery Studio は京都大学 宇治・吉田・桂キャンパスにおける アカデミックサイトライセンス契約となっていますので、同一研究室内で、複数の利用者が同時に 当該アプリケーションを利用することも可能です。なお、一人の利用者がインストールして利用できる端末は当面1台に限らせていただきます。 利用希望者は特殊アプリケーション利用申請書を提出してください。

計算を行う場合、Visualizer を介して実行する方法と、計算サーバにログインし直接コマンドラインから 実行する方法があります。

MS の使い始めは、GUIからバッチジョブを投入できる Visualizer の利用がお勧めですが、 Visualizer からのジョブ実行数には制限が設けられていますので、利用者が多くなるとジョブが実行されるまでにかなりの時間が かかることがあります。 そのため、実行に慣れてきたら、コマンドラインからの実行をお勧めします。

また、Visualizer からでは、PC端末と計算サーバのどちらでも計算を実行させることができます。

ライセンスサーバの指定

【準備】
MSやDSの利用の際には事前にライセンスサーバの指定が必要です。 具体的な設定手順はインストールドキュメントを参照いただくこととし、ここでは要点のみお知らせします。

(1) Windowsのスタートメニューから、Accelrys -> Licensing -> License Administrator x.x.x を選択します。 （Windows7では「管理者として実行…」で開くことが必要な場合があります。）
(2) 画面が開いたら、Lisense Server Connections を選び、[Edit...] でライセンスサーバの設定画面を開きます。
(3) Redundant servers にチェックを入れ、各 Host name と Port は次のようにしてください。

Host name: r712.scl.kyoto-u.ac.jp
Host name: uva.scl.kyoto-u.ac.jp
Host name: uvb.scl.kyoto-u.ac.jp
Port: 1715

Materials Visualizerからの計算実行

【準備】
Visualizer から計算サーバへジョブを投入する場合には、Gatewayサーバの設定が必要です。 Gateway サーバとは、PC端末と計算サーバを中継してくれるサーバです。
自分のPC端末上で計算を行う場合にはこの設定は不要です。

1. MS を起動
2. Tools -> Server Console を選択し、Server Console ダイアログを表示
3. Server Console にて、操作 -> 新規作成 -> Server Gateway を選択し、New Server Gateway ダイアログを表示
4. URL: http:// に uva.scl.kyoto-u.ac.jpを入力
5. Port Number: には、使用したいバージョンに応じた番号(18888,18889,18890のいずれか） を指定

【実行】
各計算モジュールに Job Control というタブがあります。（たとえば、CASTEP では Modules -> CASTEP -> Calculation )
この中で Gateway location: で 自分のPC端末で実行させる場合には、My Computer を選択します。

計算サーバでジョブを実行したい場合には、【準備】で設定したGateway サーバを指定します。 さらに、Queue では利用するバッチキュー、また必要に応じてRun in parallel で使用する CPU 数を指定してください。

もし、新しいポート番号のGatewayを登録したにも関わらず表示されない場合には、PC端末の再起動をお願いします。

【バージョンとポート番号の対応】
計算サーバ側で MS のバージョンアップが行われ、そのバージョンで計算サーバ上で計算をしたい場合には PC端末側の MS も バージョンアップが必要です。また、その場合、最新バージョンを利用するには、そのバージョンに応じたポート番号の指定が必要です。 これまでの計算で使用したバージョンを当面使い続けたい、バージョンアップをすぐに行う時間的余裕がない、といった場合には、 今の設定のままで当面利用が可能です。

各バージョンとポート番号の対応は、以下の表を参考にしてください。

コマンドラインからの実行

コマンドラインから計算モジュールを実行することができます。 以下に、コマンドラインから実行する時のコマンド名を示します。

上記も含めて、スパコンシステムではMSのすべての計算モジュールが利用できます。

利用可能なキュー

現在、すべての計算モジュールが、SMALL, MEDIUM, LARGE, HUGE でご利用できます。

ダウンロード

特殊アプリケーションの利用申請を提出されたユーザのみ以下よりインストールメディアのダウンロードが可能です。

ダウンロードセンター（システムのIDとパスワードが必要）

マニュアル

• Materials Studio の利用方法の詳細については、Materials Studio 起動後メニューから ヘルプを開くことで調べることができます。
• WindowsPCへのインストールから実行までの手順（システムのIDとパスワードが必要）
• 計算モジュール(CASTEP,DMol3など)をコマンドラインから実行する方法

関連サイト

• Materials Studio (www.accelrys.com)
• 応用事例
• Materials Studio (ダイキンCOMTEC)