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化学計算サーバ SGI UV1000
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化学計算サーバ
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スーパーコンピュータシステムにおいて中核となる化学計算サーバには SGI社製UV 1000(以下UV)が2式導入されています。 UV は 動作周波数2.66GHzのインテル Xeon プロセッサ E7ファミリーを512コア、主記憶を8TB搭載したシステムです。 このシステムでは、容易にシステムの能力を引き出すことができるよう、自動並列化がサポートされたコンパイラ、ライブラリ、ツール群を有しています。さらに、化学計算サーバとしても有効に活用できるよう、計算化学分野で利用されている非経験的分子軌道計算、半経験的分子軌道計算、材料設計モデリング、生体高分子モデリング、分子力学計算等のアプリケーションプログラムが用意されています。 ハードウェア
UV では、メモリに分散共有メモリ型アーキテクチャ(ccNUMA)を採用しているため、各プロセッサがそれぞれローカルメモリを持ち(分散メモリ)、さらに全てのノードメモリで論理的に"共有メモリ"を構成しています。このため、システムの全ての物理メモリを単一のメモリ空間として参照可能となります。その結果、 ユーザは使用メモリの大きさを意識せずにプログラム開発が可能であり、同一のサーバ上でジョブを実行することができます。 UV では同一構成のシステムが2式導入されています。そのため、万が一どちらか一方に障害が発生あるいは定期保守が行われる場合でも、もう一方のシステムでサービスを継続することが可能であり、可用性を高める構成となっています。
オペレーティングシステムUV で動作するオペレーティングシステムは、Linuxカーネル2.6をベースとする64ビット対応標準Linuxであり、標準LinuxディストリビューションSUSE Linux Enterprise ServerにSGI Performance Suiteによる機能拡張が施され、高いスケーラビリティと実効性能が求められる科学技術アプリケーションに対して、高い計算能力とデータ処理能力を実現するように設計されたオペレーティングシステムです。 64ビットアーキテクチャによる、単一ファイルとして4GBを超えるような大容量ファイルの処理、XFSに見られる高信頼性を有するファイルシステム、大規模な主記憶空間など、サーバシステムに必須の機能を備えており、オープンソースコミュニティの豊富な開発ツールやソフトウェア、デスクトップ環境を提供し、業界の標準を広範にサポートしています。
アプリケーション
UV では、非経験的分子軌道計算、半経験的分子軌道計算、材料設計モデリング、生体高分子モデリング、分子力学計算等のアプリケーションプログラムの高速演算処理が可能です。
*：ユーザ端末でも利用可能なアプリケーション 上記以外にも利用可能なアプリケーションがあります。詳しくは こちらをご参照ください。
関連リンク |
UV には 8コア Intel 64bit Xeon プロセッサ E7ファミリー(Westmare) 2.66GHz を64ソケット、512コアを搭載したシステムであり、2式導入されています。また、主記憶 8TB を搭載しています。