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2002年度から2007年度まで、ラボラトリーの中核となる計算サーバとして SGI社製Origin3800(以下Origin)が導入されました。
ハードウェアリソース
Originには MIPS R14000プロセッサが搭載されています。
また、Originではメモリに分散共有メモリ型アーキテクチャ(ccNUMA)を採用しているため、各プロセッサがそれぞれ 1GB のローカルメモリを持ち(分散メモリ)、さらに全てのノードメモリで論理的に"共有メモリ"を構成しています。このことが、システムの全ての物理メモリを単一 のメモリ空間として参照、任意のプロセッサ同士のメモリ空間を介した通信を可能としています。このためプログラムの並列化が容易であり、コンパイラによる自動並列化などの処理も可能です。 さらに、論理的に共有された全てのメモリが単一のメモリ空間を構成していながら、実際にはメモリは分散してノードに接続されているため、プロセッサの増加に伴うメモリバンド幅の不足が発生しません。このような構造により、Originは高いスケーラビリティを保ちつつ、大規模なシステム構成を可能としています。 Originの磁気ディスク装置は、1ラックあたり7.3TBのFiber Channel RAIDシステムであるTP9400が装備されています。TP9400は一基で73GB Fiber Channelハードディスクを100ドライブ装備し、 100MB/秒の転送能力を持つFiber Channel インターフェースを接続することで、高速かつ大容量のディスクシステムを構成しています。 当ラボラトリーに利用を許可された登録ユーザーは、このシステムリソースを使い、分子軌道計算、生体高分子モデリング、分子力学計算の各種アプリケーショ ンを利用したり、並列処理能力を駆使した高速なプログラム実行が可能となります。
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