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新システム移行に関する重要なお知らせ

現在多くの皆様にメールサービスや計算サービスをご利用いただいておりますが、引き続き、高速かつ利便性に優れた研究環境をご利用していただくため、 より高速な計算サーバ群および大容量ストレージ、さらにバージョンアップされた各種アプリケーションからなる新システムの運用が2016年1月より正式に運用が開始されます。

新計算サーバはクラスター環境を中心としたシステムとなり、現行システムのコア数やメモリ容量、利用可能なディスク容量が大幅に向上します。

来年1月からの正式運用に先立ち、12月より現行システムから新システムへの移行を開始させていただくこととなりました。 移行期間中、ご利用の皆様にはご不便等おかけいたしますが、これまで以上に高性能な計算サーバや最新のアプリケーションがご利用いただける環境となりますので、 ご理解とご協力のほど、よろしくお願いいたします。

なお、メールサーバやファイルサーバについても今後随時新サーバに置き換えられていきますが、これまで通りの設定や利用手順にて 継続的にご利用いただくことができますので、基本サービスのみをご利用のユーザにおいては特に設定変更などの必要はありません。

新計算サーバの特徴

新計算サーバは、144ノードのクラスタと、512コアの大規模共有メモリサーバ(2台)から構成された大規模計算システムとなります。 どちらの環境でも、計算化学およびバイオインフォティクスの利用に適した多くのアプリケーションが導入され、これまで以上に利便性の高いシステムとなります。
これまでの計算サーバと同様のバッチジョブシステムである PBS Professional が利用可能であり、指定したキューに応じてクラスタもしくは大規模共有メモリの どちらの環境も利用できます。(アプリケーションによっては一部制限がある場合があります。)

新システムへの移行スケジュール

新システムへの移行は、1) 準備期間(7月〜11月) ⇒ 2) 仮運用(12月) ⇒ 3) 正式運用(1月〜) の順に進められます。以下に、今後の注意点をお知らせします。

仮運用 (12月)

<新計算サーバの利用開始>
開始日 : 12月9日
・新計算サーバ SGI UV2000 および SGI C2112-4GP3 / C2112-GP2 が利用できます。
・新計算サーバを利用するためのログインサーバは fe1.scl.kyoto-u.ac.jp です。
 これまでのuva に代わり、新計算サーバでは上記の fe1(エフ・イー・イチ) へログインしてください。
・新計算サーバに対する課金は1月からとなります。

<現行計算サーバ uva の停止>
停止日 : 12月21日
・現行計算サーバが停止され、今後ログイン不可となります。
・実行中のジョブは強制終了となります。強制終了されたジョブが新計算サーバ上で自動的に再実行されることはありません。

<ライセンスサーバの停止>
停止日 : 12月21日
・Materials Studio および Discovery Studio のライセンスサーバが停止され、 研究室のPC端末で動作する Visualizer も利用ができなくなります。
・新ライセンスサーバの起動は1月上旬を予定していますが、それまでの間、PC端末上にてVisualizerを継続的にご利用に なりたい方は、デモライセンスを個別に配布いたします。
・デモライセンスの配布は、スパコンシステムの登録ユーザに限ります。所属、お名前、登録ユーザ名をお知らせいただき、 こちらのデータベースと情報が一致した方にのみ配布いたします。

・新ライセンスサーバが利用可能となりました。以下の3台の登録をお願いいたします。
  fe1.scl.kyoto-u.ac.jp
  fe2.scl.kyoto-u.ac.jp
  fe3.scl.kyoto-u.ac.jp
・なお、新計算サーバで実行中のジョブについては影響ありません。


<ファイルサーバと新計算サーバのホーム領域の共通化>
・これまではファイルサーバ sun と計算サーバ uva のホーム領域はそれぞれ別のディスク領域でしたが、新システムでは同じディスク領域となります。
新システムのホーム領域は、これまでのファイルサーバの内容となります。
 そのため、これまで計算サーバのホーム領域に置かれていたファイルについては必要に応じて、データ移行作業をお願いします。 データ移行作業の方法についてはこちらを参照ください。
・当面の間、現在の計算サーバのホーム領域へのアクセスは可能です。従って、データ移行作業の期限は特にありません
 (データ移行作業ができなくなる期限を設けた場合には、速やかにその旨をお知らせします。)

<現行計算サーバと新計算サーバの /aptmpディレクトリ>
一時領域としてご利用いただいています /aptmp ですが、一時領域という特性上、ホームディレクトリと同様に、新計算サーバではその内容を引き継ぎません。
 そのため、これまで計算サーバの/aptmp に置かれていたファイルについては必要に応じて、データ移行作業をお願いします。なお、データ移行作業の期限はありません。 データ移行作業の方法についてはこちらを参照ください。

<課金対象サーバ>
課金対象サーバ:課金対象となるのは現行計算サーバ uva のみです。新計算サーバは1月から課金対象となります。

正式運用 (1月〜)

正式運用開始日 : 2016年1月1日より



新計算サーバの利用方法

新計算サーバでは、現在も引き続き、各種インストール作業や設定作業を行っています。そのため、予告なくシステムの再起動や一時停止が行われ、 その結果ジョブが停止もしくは再実行となることがあります。ご了承ください。

新計算サーバにログインしてジョブを実行される方へ

新計算サーバにてGaussian や CASTEP, DMol3 および インテルコンパイラ 等を利用する場合に必要な情報をお知らせします。 詳しくはこちらを参照ください。 なお、新計算サーバではログイン時のセキュリティレベルが向上しました。 TeraTerm等でログインする場合、プレインテキストではログインできません。チャレンジレスポンス認証または秘密鍵認証でのログインをお願いします。

Materials Studio および Discovery Studio を利用される方へ

新計算サーバにてMaterialsStudio および Discovery Studio を利用する場合に必要な情報をお知らせします。詳しくはこちらを参照ください。

SCIGRESS を利用される方へ

ライセンスサーバが変更となりました。新ライセンスサーバは、fe3.scl.kyoto-u.ac.jp です。なお、従来のライセンスサーバは 12/21 で停止いたします。

SERVER fe3.scl.kyoto-u.ac.jp ANY 1601

という内容の License.lic ファイルを作成し、SCIGRESSのLicense Manager でそのファイルの再読み込みをお願いいたします。

計算実行時に指定するサーバが変更となりました。新サーバは、fe2.scl.kyoto-u.ac.jp です。
Add Server 画面では、以下を参考に入力ください。

Enter server name or IP address:
http://fe2.scl.kyoto-u.ac.jp:8080/axis2/services/CPWebService

Mathematica を利用される方へ

ライセンスサーバが変更となりました。新ライセンスサーバは、fe2.scl.kyoto-u.ac.jp です。なお、従来のライセンスサーバは 12/21 で停止いたします。

アプリケーションの利用可能状況

新計算サーバで利用可能なアプリケーション

  • PBS
  • Intelコンパイラ
  • Gaussian09
  • GaussView5
  • Materials Studio(全モジュール利用可能)
  • Discovery Studio(全モジュール利用可能)
  • SCIGRESS
  • Reaxys
  • (来年度よりスパコンシステムユーザ限定利用となります。)
  • CSD
  • Q-Chem (宇治地区利用者のみ)
  • Mathematica
  • Molcas
  • Molpro (宇治地区利用者のみ)
  • TURBOMOLE (宇治地区利用者のみ)
  • Amber
  • ADF&BAND (宇治地区利用者のみ)
  • GAMESS

研究成果報告書

計算サーバをご利用いただいていましたユーザに対して、毎年2月末までに研究成果報告書をご提出いただいておりました。 報告書の提出は引き続き継続となりますが、その形式は従来よりももう少し簡素化した形でのご提出を検討しています。
具体的に報告できるようになりましたら、改めて、周知させていただきます。

新課金案

来年度(2016年4月1日)からの利用負担金の計算ルールについて現在検討が行われています。
新システムより、ファイルサーバと計算サーバのホーム領域が統合されたことによりディスク課金の変更、 CPU負担金の上限3万円の変更、さらに主要なアプリケーションを利用された場合のアプリケーション課金等が 変更となる予定です。

詳しくはこちらをご参照ください。



ご不明な点などありましたら、スパコンシステムまでお問合せください。