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FASTA

機能概要

FASTA はギャップをいれたアライメントを高速に行います。以下の2つのプログラムがあります。

fasta
蛋白質配列の蛋白質データベース検索または核酸配列の核酸データベース検索

tfasta
蛋白質配列の核酸データベース検索(データベースを翻訳しながら比較します)

利用方法

fasta コマンドは、質問配列のファイル名やパラメータの入力を対話的に行うことができます。

実行例:

% fasta  <-- fastaコマンドを実行します 
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t05 Aug 18, 2001
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
test sequence file name: testseq.aa  <--- 質問配列ファイル名を指定します
Choose sequence library:
N: nr-aa Non-redundant Protein Sequence Database
P: NBRF PIR Database (Release 70.0)
S: SWISS-PROT (Release 40.0)
W: SWISS-PROT-UPD
F: PRF Sequence Database (Release 80)
G: GenPept Translated GenBank (Release 126.0)
U: GenPept-UPD Translated GenBank-UPD
B: PDBSTR Reorganized PDB (Release 01-11-26)
K: KEGG Genes Database (Release 3.1)
Enter library filename (e.g. prot.lib), letter (e.g. P)   
(検索対象データベース名を指定します)

or a % followed by a list of letters (e.g. %PN): %SG 
(この例ではSWISS-PROTとGenpeptを指定しています)

ktup? (1 to 2) [2]   複数のデータベースを指定するときは%を付けて下さい
testseq.aa: 1957 aa
>gpu:MMU414734_1 53BP1 protein [Mus musculus]
vs  GenPept Translated GenBank (Release 126.0) library
searching /bio/db/fasta/swissprot/swissprot library
..... ..... ..... ..... ..... ..... ..... ..... ..... .....
..... ..... ..... ..... ..... ..... ..... ..... .....
searching /bio/db/fasta/genpept/genpept library
.. ..... ..... ..... ..... ..... ..... ..... .....
..... ..... ..... ..... ..... ..... ....  

fastaを非対話的に実行するには -q オプションをつけます。この場合、検索結果をファイルに書き出すにはリダイレクトして下さい。 FASTAのデータベース省略名はFASTAデータベース省略名一覧表を参照してください。 複数のデータベースを指定するときは%を付けて下さい(例: %SG)。

% fasta -q 質問配列ファイル名 データベース省略名 >  (出力ファイル名)

FASTAコマンドのパラメータ等、詳しくはman fasta を参照してください。

マニュアル

・ゲノムネットのデータベース利用法(共立出版)[冊子]
・FASTAデータベース省略名一覧表

関連サイト

GenomeNet(http://www.genome.jp)