計算サービス

各CPUでのCPU時間の合計が課金の対象となります。
例えば同時に10CPUを10秒使用した場合は、各CPUで10秒を10CPU分、合計で100秒使用したことになり、この100秒が課金の対象となります。課金は経過時間ではなく全CPU時間に対してかかりますのでご注意下さい。

SHORTやLONGのキューは、別の PBSサーバで管理されているため、ジョブが投入されたあとは、qstat -a では表示されません。SHORT や LONG の場合には、以下のように @altixc @altixd をつけて実行してください。

% qstat -a @altixc @altixd

SHORTやLONGのキューは、qsub コマンドを実行する計算サーバ altix とは異なるサーバであるため、指定したリソースが SHORT もしくは LONG の制限を越えた場合に、このような状況になります。指定したリソースがキューの制限を越えていないかご確認下さい。

システム障害などが原因で、計算サーバが一時停止したことが考えられます。
バッチ投入されたジョブはシステム障害から復旧後、最初から計算を実行し直すように設定されています。
計算を途中からスタートさせるには、各アプリケーションで定期的な中間ファイルの出力が必要です。中間ファイルの出力方法は各アプリケーションによって異なります。詳細はアプリケーションごとのマニュアルをご確認ください。

Windowsファイルの改行コードには \r が含まれていて、バッチジョブで利用するファイルにこのコードが含まれていると、エラーが生じることがあります。まずは file コマンドでそのようなファイルがあるかどうか確認します。

% file *
file.cell:   ASCII text, with CRLF line terminators
file.txt:    ASCII text
file.check:  data
file.param:  ASCII text, with CRLF line terminators

上記の場合、file.cell と file.param が該当するファイルです。このコード \r を削除するには、以下のようにコマンドを実行してください。なお、ファイル内の \r をすべて削除します。事前に、他への影響がないかどうか確認してください。

% perl -i -pe 's/\r//' file.cell file.param
% file *
file.cell:   ASCII text
file.txt:    ASCII text
file.check:  data
file.param:  ASCII text

より多くのユーザになるべく平等に計算リソースを配分するため、1ユーザが一度に実行できるジョブ数には制限が設けられています。一度に実行できるジョブ数を超えた分のジョブは待機状態（PENDING）となり、先に実行されているジョブが終了次第、順次実行されていく仕組みになっています。

スーパーコンピュータシステムでは、より多くの方々に利用していただけるように、計算サーバ上にさまざまなツールをあらかじめ用意しています。
並列プログラミングにつきましては、計算サーバに、自動並列化コンパイラ, プログラムを並列化コードへ自動変換する並列化支援ツール, プログラムの性能解析ツール, 各種デバッグツールがインストールされており、ユーザーは自由にそれらのツールを利用することができます。 積極的な開発支援をすることは難しいですが、並列化手法に関するオンラインマニュアルの提供や、外部講師による講習会なども適宜企画していますので、ぜひご活用ください。

これは入力が端末ではないとシェルが判断した場合にこのメッセージが生成されます。単にこのようなメッセージが出力されるだけであり、ジョブには何の影響もありません。
これを回避するにはログインシェルを csh (もしくは tcsh) からそれ以外のシェルに変更するしか方法がありませんが、システムでは運用管理の効率性から csh もしくは tcsh のみの利用とさせていただいています。

現在は csh もしくは tcsh のみの変更が可能です。altixaにログイン後、chsh コマンドにて変更してください。以下に例を示します。

ユーザ名 user の場合
altixa{user}236: chsh
Changing login shell for user.
Password:                      ←  ログインパスワードを入力
Enter login(LDAP) password:　　←  同じくログインパスワードを入力
Enter the new value, or press return for the default.
        Login Shell [/bin/csh]: /usr/local/bin/tcsh　←  変更したいログインシェルの絶対パスを入力
Shell changed.

なお通常の運用ではログインしない計算サーバにおいても、同様にここで設定したログインシェルへ変更されますが、変更には数分から10分程度かかります。
以下に、シェルとその絶対パスを示します。下記以外のシェル(bash,kshやzshなど）には変更しないでください。必要な設定がなされませんのでアプリケーションが正しく実行できなくなります。

このメッセージは、仮想メモリのサイズが足りないために出力されるメッセージです。この例では、46382776320 bytes (およそ46GB) の仮想メモリが確保できなかったことを示しています。この問題を解決する方法としては、
1) 実行CPU数を減らして必要な仮想メモリのサイズを減らす
2) limit コマンドでスタックサイズの上限値を減らす
3) limit コマンドで仮想メモリサイズの上限値を増やす
4) バッチジョブとして実行する
といういくつかの方法があります。
方法2の場合には、

% limit stacksize 8192

と実行してデフォルトのスタックサイズを減らすことができます。
方法3の場合には、

% limit vmemoryuse 40000megabytes 

と実行して増やすことができます。
方法4の場合には

% qstat -Qf <Queue>

のコマンドを実行し、resources_max.vmem の数値を参照することで、仮想メモリ（vmem)の上限値を確認することができますので、必要な仮想メモリが確保できるキューにてジョブを実行してください。

オブジェクトファイル作成時に、SGIが提供されているMPIライブラリと、SGI MPT版のIntel MKLのライブラリがリンクされているかどうか確認してください。具体的には、-lmpi -L /opt/intel/cmkl/10.0.011/lib/64/libmkl_blacs_sgimpt_ilp64.a が指定されているかご確認下さい。

ジョブの再実行をしたくない場合には、PBSのqsubコマンドオプション -r を利用してください。 詳しくはこちらを参照下さい。