ADF

機能概要

ADF は、オランダAmsterdam 自由大学の Baerends 教授とカナダ Calgary 大学の Ziegler 教授の両グループが中心になって開発された、 密度汎関数法 (DFT) を用いた量子化学計算ソフトウェアです。

利用方法

利用範囲

• 非営利目的での利用
• 京都大学に属していること
• 日本国内在住であること
• 宇治キャンパス以外から、リモートでの使用不可
  

例) 自宅からVPN経由でスパコンにアクセスしてADFを利用することができません。
例）吉田・桂キャンパスからスパコンにアクセスしてADFを利用することができません。
例）宇治キャンパスの研究室に所属ではない方であっても、宇治キャンパス内からであれば、ADFを利用することが可能です。 ただ、ご利用可能なPC端末はスパコンシステムではご用意することができません。ご了承ください。

利用マシン

ADFは計算サーバおよびPC端末にて利用いただけます。
PC端末の場合には、以下のダウンロードセンターから ADF (GUI含む）を ダウンロードしていただき、PC端末にインストールし、ライセンス設定を 行うことで利用できます。

利用できるバージョンと設定方法

実行方法

2020.101 からADFの実行コマンド名は ams に変わりました。
コマンド実行前に、module コマンドで必要な環境を設定してください。
コマンド実行前に、環境変数 NSCM を設定する、あるいは -n オプションで並列実行が可能です。

% module load adf/2023.102
% setenv NSCM nproc
% ams < input > output

% module load adf/2023.102
% ams -n nproc < input > output

上記では、入力ファイルは input、出力ファイルは output です。

バッチスクリプトでの実行例

以下、バッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4

source /etc/profile.d/modules.csh
module load adf/2023.102
setenv NSCM 4

cd $PBS_O_WORKDIR

ams < test.in > output

この例では、入力ファイル test.in 、出力ファイル output としています。 また、実行CPU数は 4 と指定しています。

サンプルファイル

サンプルファイルは以下に格納されています。必要に応じてご参照下さい。

/usr/appli/adf/xxxx/examples

xxxx はバージョン番号です。

PC端末でのライセンス設定方法

ダウンロードセンターよりADFをダウンロードして、PC端末にインストールした後は、ライセンス設定を行うことが必要です。
以下に設定手順を示します。

1. インストール後に、ADFjobsアイコンをダブルクリックし、Get License ウィンドウを開きます。
   もし、Get License ウィンドが開かない場合、インストールフォルダに半角スペースや日本語が含まれていないかご確認ください。
2. Get License には何も記入せずに、そのまま単に「Cancel」　ボタンを押してください。
3. scm-info.txt が生成されますので、そのファイルをメール添付でスパコンシステムまでお送りください。
4. ライセンスファイル発行処理を行います。発行処理には1週間から10日ほどかかる旨、ご了承ください。
5. ライセンスファイルを受け取られましたら、環境に応じて以下の手順で設定を行ってください。
• Windows: ADFのインストールフォルダ（デフォルトではC:\ADF20##.x）の直下に「license.txt」というファイル名で保存します。
• Linux: 環境変数のSCMLICENSEで指定した場所およびファイル名で保存します。
• MacOS: 「license.txt」というファイル名でライセンスファイルを appファイル（ADF20##.x）にドラッグ＆ドロップします。

利用に関する質問

【質問】計算結果ファイルに、以前の計算結果も出力されてしまいます。
【回答】過去の計算結果が蓄積されているlogfile の内容が、計算結果ファイルに出力されてしまうようです。 そのため、もし不要でしたら、毎回 logfile を削除してください。

ダウンロード

ダウンロードセンター

【注意点】
Windows版のインストール先は、C:\ 直下にインストールしてください。半角スペースや日本語が入ったフォルダ名（Program Files 等)では、 正しく動作しないことがあります。

マニュアル

• ADF

関連サイト

• ADF（開発元SCM社ホームページ)
• ADF（MOLSISホームページ)