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GAMESS

機能概要

GAMESS(The General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、汎用性のある、非経験的量子化学計算パッケージです。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

JP/UV

実行方法

GAMESSの実行コマンドは rungms です。 事前にmodule コマンドで利用するバージョンの指定をしてください。 以下は、GAMESS 2018 の場合です。

% module load gamess/2018sockets
% rungms input 01 threads >& output

入力ファイル後の 01 は常に 01 のままで変更しないでください。
GAMESSの出力結果は標準出力に出力されます。そのため、最後の >& の部分は、出力結果をファイルに書き込む指定をしています。

バージョンとモジュール名の対応は以下の通りです。

バージョンモジュール名
20192019sockets
20182018sockets
20172017sockets
20142014sockets

バッチスクリプトでの実行例

以下、バッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4

source /etc/profile.d/modules.csh
module load gamess/2018sockets

cd $PBS_O_WORKDIR

setenv KMP_AFFINITY disabled
dplace rungms test.inp 01 4 >& test.log

この例では、入力ファイル test.inp 、計算結果ファイル test.log としています。 また、実行CPU数は 4 と指定しています。

setenv KMP_AFFINITY disabled ... Intel のアフィニティ機能をオフにしています。
dplace ... スレッドが特定のcoreにバインドされるための設定です。
これら2つの設定を行うことで計算結果に影響を与えることなく多少の性能向上をもたらします。

サンプルファイル

サンプルファイルは以下に格納されています。必要に応じてご参照下さい。

/usr/appli/gamess/20180930_intelsockets/tests

マニュアル

GAMESS Documentation(公式ホームページ)

関連サイト