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GAMESS

機能概要

GAMESS(The General Atomic and Molecular Electronic Structure System)は、汎用性のある、非経験的量子化学計算パッケージです。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

すべて

実行方法

GAMESSの実行コマンドは rungms です。 事前にmodule コマンドで利用するバージョンの指定をしてください。
スパコンシステムでは、2021年6月版(202106) については、 単一ノード内でしか実行できないsockets版と、複数ノードをまたいで実行可能なMPI版が利用可能です。

= GAMESS 202106 (sockets版) の場合 =
% module load gamess/202106sockets
% rungms input 01 ncpus >& output

= GAMESS 202106 (MPI版) の場合 =
% module load gamess/202106mpi
% rungms input 01 ncpus PPN >& output

入力ファイル後の 01 は常に 01 のままで変更しないでください。
ncpus は計算で利用する全プロセス数です。
GAMESSの出力結果は標準出力に出力されます。そのため、最後の >& の部分は、出力結果をファイルに書き込む指定をしています。
MPI版利用時には、ノード当たりのプロセス数(PPN)を指定してください。

バージョンとモジュール名の対応は以下の通りです。

バージョンモジュール名
sockets版MPI版
202106202106sockets202106mpi
202009202009sockets
201909201909sockets

バッチスクリプトでの実行例(sockets版)

以下、sockets版でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は黄色部分になります。

#!/bin/csh
#PBS -q SMALL
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=4

source /etc/profile.d/modules.csh
module load gamess/202106sockets

cd $PBS_O_WORKDIR

setenv KMP_AFFINITY disabled
dplace rungms test.inp 01 4 >& test.log

この例では、入力ファイル test.inp 、計算結果ファイル test.log としています。 また、実行CPU数は 4 と指定しています。

setenv KMP_AFFINITY disabled ... Intel のアフィニティ機能をオフにしています。
dplace ... スレッドが特定のcoreにバインドされるための設定です。
これら2つの設定を行うことで計算結果に影響を与えることなく多少の性能向上をもたらします。

バッチスクリプトでの実行例(MPI版:シングルノード)

以下、MPI版でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、全プロセス数は黄色部分、ノード当たりのプロセス数は赤色部分になります。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4

source /etc/profile.d/modules.csh
module load gamess/202106mpi

cd $PBS_O_WORKDIR

rungms test.inp 01 4 4 >& test.log

この例では、入力ファイル test.inp 、計算結果ファイル test.log としています。runmgs の引数としては、 入力ファイル、バージョン番号、全プロセス数、ノード当たりのプロセス数 となります。
この例では、1ノードしか利用せず、そのノード内でMPIプロセスによる並列実行を行うとします。その場合、#PBS -l select=1 とします。 また、1ノードしか利用しませんので、全プロセス数とノード当たりのプロセス数は一致し、どちらも4としています。

バッチスクリプトでの実行例(MPI版:複数ノード利用時)

以下、複数ノードを使ったMPI版でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、全プロセス数は黄色部分、ノード当たりのプロセス数は赤色部分になります。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=4:ncpus=8:mpiprocs=8

source /etc/profile.d/modules.csh
module load gamess/202106mpi

cd $PBS_O_WORKDIR

rungms test.inp 01 32 8 >& test.log

この例では、入力ファイル test.inp 、計算結果ファイル test.log としています。runmgs の引数としては、 入力ファイル、バージョン番号、全プロセス数、ノード当たりのプロセス数 となります。
全部で32プロセスで実行し、ノード当たり8プロセスで実行したい場合、上記のように rungms の引数として全プロセス数は32、ノード当たりのプロセス数は8を指定します。 また、32÷8=4 より、4ノードが必要です。したがって、#PBS -l select=4 としています。

サンプルファイル

サンプルファイルは以下に格納されています。必要に応じてご参照下さい。

/usr/appli/gamess/20210630_intelsockets/tests

マニュアル

GAMESS Documentation(公式ホームページ)

関連サイト