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機能概要Gromacs は、分子動力学を実行するための汎用性のある計算パッケージです。 利用方法利用範囲特になし 利用キューすべて 実行方法
Gromacs の実行コマンドは gmx または gmx_mpi です。 % module load gromacs/モジュール名 現在利用可能なバージョンとそれに対応したモジュール名は以下の通りです。
バッチスクリプトでの実行例(シングルノードでの実行)シングルノードでの実行の場合は、通常gmxコマンド(GPUカード内で複数のGPUプロセスを生成したい場合のみgmx_mpi)を利用します。 設定が比較的わかりやすいため、特に理由がなければ、まずはシングルノードでの実行例を参考にジョブを実行するのがおすすめです。 OpenMP + MPI での実行以下にMD計算に対するバッチスクリプトのサンプルを示します。 #!/bin/csh #PBS -q APC #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=2 source /etc/profile.d/modules.csh module load gromacs/2024.1/intel/cpu (上記のモジュール名を参考にしてください。) setenv OMP_NUM_THREADS 4 cd $PBS_O_WORKDIR gmx mdrun -nt 8 -ntmpi 2 -deffnm md
OpenMP + MPI + GPU(シングルプロセス) での実行次にGPUを使ったMD計算に対するバッチスクリプトのサンプルを示します。 #!/bin/csh #PBS -q APG #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=4:ngpus=1 source /etc/profile.d/modules.csh module load gromacs/2024.1/intel/gpu (上記のモジュール名を参考にしてください。) setenv OMP_NUM_THREADS 2 gmx mdrun -nt 8 -ntmpi 4 -deffnm md
OpenMP + MPI + GPU(複数プロセス)での実行上記の例ではGPUで実行されるプロセスは1つです。 もし、1枚のGPUカード内で複数のプロセスを実行させたい場合には、gmx_mpi コマンドを使います。 #PBS -q APG #PBS -l select=1:ncpus=6:mpiprocs=2:ngpus=1 mpirun --hostfile $PBS_NODEFILE -np 2 gmx_mpi mdrun -ntomp 3 -gpu_id 0 -deffnm md
マニュアルGromacs Documentation(公式ホームページ) 関連サイト |