MOPAC

機能概要

MOPACは、さまざまな分子系に対する物性・反応性予測、構造解析に利用される、半経験的分子軌道法として有名かつ歴史あるプログラムです。また、全世界の化学者により使用されており、以下のような研究でMOPACを使用した研究の成果が発表されています。

• 分子の構造最適可
• 熱力学諸量の計算
• 有効正味電荷の計算
• 分極率、超分極率の計算
• Mulliken ポピュレーション解析
• 赤外、ラマン吸収スペクトルの計算

利用方法

利用範囲

MOPACのバージョンとして MOPAC7 および MOPAC2016 がご利用いただけます。 ただし、MOPAC2016については、非営利目的での利用に限定されていますので、ご注意ください。

利用キュー

APGキューを除くすべて

実行方法

バージョンとモジュール名および実行コマンドは以下の通りです。

MOPAC7のバッチスクリプトの実行例

MOPAC7を起動するためには、runmopacコマンドを利用します。 以下に、バッチスクリプトのサンプルを示します。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=2gb

source /etc/profile.d/modules.csh
module load mopac/7

cd $PBS_O_WORKDIR
runmopac test

逐次処理のためncpusは1とします。メモリサイズは適宜必要に応じて修正してください。
上記では、入力ファイルとして test.dat が用意されている場合の例です。
拡張子 .dat の前の文字列をrunmopacの後に指定してください。
計算結果は、test.out に出力されます。

MOPAC2016のバッチスクリプトの実行例

MOPAC2016を起動するためには、mopacコマンドを利用します。 以下に、バッチスクリプトのサンプルを示します。 また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=4:mem=2gb

source /etc/profile.d/modules.csh
module load mopac/2016

setenv MKL_NUM_THREADS 4

cd $PBS_O_WORKDIR
mopac test

並列処理が可能であるため、利用するスレッド数をncpusで指定します。この場合は4としています。
メモリサイズは適宜必要に応じて修正してください。
上記では、入力ファイルとして test.dat が用意されている場合の例です。
拡張子 .dat の前の文字列をmopacの後に指定してください。
計算結果は、test.out に出力されます。

関連サイト

• MOPAC
• General Description of MOPAC