機能概要
Babel は、各種の計算化学アプリケーションで扱われるファイルのフォーマットを変換する、ファイル変換ツールです。
利用方法
利用マシン altix
- 起動方法
altix% babel -iinput-type in-file -ooutput-type out-file
例えば、MOPACのアウトプットファイル file.out を PDB フォーマットに変更したい場合には、
altix% babel -imopout file.out -opdb file.pdb
とします。これで、PDBフォーマットに変換された file.pdb というファイルが作成されます。
マニュアル
コマンド babel だけを叩くと、利用できる入力ファイルや出力ファイルのフォーマットの 一覧を参照できます。
入力ファイルフォーマット
- alc -- Alchemy file
- prep -- AMBER PREP file
- bs -- Ball and Stick file
- bgf -- MSI BGF file
- car -- Biosym .CAR file
- boog -- Boogie file
- caccrt -- Cacao Cartesian file
- cadpac -- Cambridge CADPAC file
- charmm -- CHARMm file
- c3d1 -- Chem3D Cartesian 1 file
- c3d2 -- Chem3D Cartesian 2 file
- cssr -- CSD CSSR file
- fdat -- CSD FDAT file
- gstat -- CSD GSTAT file
- dock -- Dock Database file
- dpdb -- Dock PDB file
- feat -- Feature file
- ract -- Free Form Fractional file
- gamout -- GAMESS Output file
- gzmat -- Gaussian Z-Matrix file
- gauout -- Gaussian 92 Output file
- g94 -- Gaussian 94 Output file
- gr96A -- GROMOS96 (A) file
- gr96N -- GROMOS96 (nm) file
- hin -- Hyperchem HIN file
- sdf -- MDL Isis SDF file
- m3d -- M3D file
- macmol -- Mac Molecule file
- macmod -- Macromodel file
- micro -- Micro World file
- mm2in -- MM2 Input file
- mm2out -- MM2 Output file
- mm3 -- MM3 file
- mmads -- MMADS file
- mdl -- MDL MOLfile file
- molen -- MOLIN file
- mopcrt -- Mopac Cartesian file
- mopint -- Mopac Internal file
- mopout -- Mopac Output file
- pcmod -- PC Model file
- pdb -- PDB file
- psin -- PS-GVB Input file
- psout -- PS-GVB Output file
- msf -- Quanta MSF file
- schakal -- Schakal file
- shelx -- ShelX file
- smiles -- SMILES file
- spar -- Spartan file
- semi -- Spartan
- Semi-Empirical file
- spmm -- Spartan Mol. Mechanics file
- mol -- Sybyl Mol file
- mol2 -- Sybyl Mol2 file
- wiz -- Conjure file
- unixyz -- UniChem XYZ file
- xyz -- XYZ file
- xed -- XED file
出力ファイルフォーマット
- diag -- DIAGNOTICS file
- alc -- Alchemy file
- bs -- Ball and Stick file
- bgf -- BGF file
- bmin -- Batchmin Command file
- box -- DOCK 3.5 box file
- caccrt -- Cacao Cartesian file
- cacint -- Cacao Internal file
- cache -- CAChe MolStruct file
- c3d1 -- Chem3D Cartesian 1 file
- c3d2 -- Chem3D Cartesian 2 file
- cdct -- ChemDraw Conn. Table file
- dock -- Dock Database file
- wiz -- Wizard file
- contmp -- Conjure Template file
- cssr -- CSD CSSR file
- dpdb -- Dock PDB file
- feat -- Feature file
- fhz -- Fenske-Hall ZMatrix file
- gamin -- Gamess Input file
- gcart -- Gaussian Cartesian file
- gzmat -- Gaussian Z-matrix file
- gotmp -- Gaussian Z-matrix tmplt file
- gr96A -- GROMOS96 (A) file
- gr96N -- GROMOS96 (nm) file
- hin -- Hyperchem HIN file
- icon -- Icon 8 file
- idatm -- IDATM file
- sdf -- MDL Isis SDF file
- m3d -- M3D file
- macmol -- Mac Molecule file
- macmod -- Macromodel file
- micro -- Micro World file
- mm2in -- MM2 Input file
- mm2out -- MM2 Ouput file
- mm3 -- MM3 file
- mmads -- MMADS file
- mdl -- MDL Molfile file
- miv -- MolInventor file
- mopcrt -- Mopac Cartesian file
- mopint -- Mopac Internal file
- csr -- MSI Quanta CSR file
- pcmod -- PC Model file
- pdb -- PDB file
- psz -- PS-GVB Z-Matrix file
- psc -- PS-GVB Cartesian file
- report -- Report file
- smiles -- SMILES file
- spar -- Spartan file
- mol -- Sybyl Mol file
- mol2 -- Sybyl Mol2 file
- maccs -- MDL Maccs file
- torlist -- Torsion List file
- tinker -- Tinker XYZ file
- unixyz -- UniChem XYZ file
- xyz -- XYZ file
- xed -- XED file
関連サイト
The Babel Home Page
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