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機能概要Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。 Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。 利用方法利用範囲非営利 利用キューすべて 実行方法利用するバッチキューとモジュール名との対応は以下の通りです。
Amberに付属していますシミュレーションプログラムや解析プログラムが利用可能です。
sander や pmemd はそれぞれMPIによる並列化版として、sander.MPI や pmemd.MPI が用意されています。 % module load amber/18 AMBER18 environment Intel Cluster Edition 2019.5 environment % mpirun -np nproc sander.MPI [-O] -i mdin -o mdout ⇒ ⇒ -p prmtop -c inpcrd -r restrt [必要に応じてオプション指定] % module load amber/18 AMBER18 environment Intel Cluster Edition 2019.5 environment % mpirun -np nproc pmemd.MPI [-O] -i mdin -o mdout ⇒ ⇒ -p prmtop -c inpcrd -r restrt [必要に応じてオプション指定] -O : 計算結果ファイルを上書き バッチスクリプトでの実行例sander (MPI版)以下、sander 計算でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。 sander.MPI や pmemd.MPI 等の MPI版では、実行CPU数は2以上としてください。 #!/bin/csh #PBS -q APC #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10 source /etc/profile.d/modules.csh module load amber/18 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 10 sander.MPI -O -i gbin -c trpcge.crds -p TC5b.top -o gboutmpi.out この例では、入力ファイル gbin, trpcge.crds, TC5b.top 出力ファイル gboutmpi.out としています。また、実行CPU数は 10 と指定しています。 pmemd (MPI版)以下、pmemd 計算でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。 sander.MPI や pmemd.MPI 等の MPI版では、実行CPU数は2以上としてください。 #!/bin/csh #PBS -q APC #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10 source /etc/profile.d/modules.csh module load amber/18 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 10 pmemd.MPI -O -o mdoutmpi.out この例では、入力ファイル mdin, inpcrd, prmtop 、 出力ファイル mdoutmpi.out としています。また、実行CPU数は 10 と指定しています。 (入力ファイルのファイル名を変更する場合には、-i, -c, -p オプションでそのファイル名を指定してください。) pmemd (GPU版)以下、pmemd 計算(GPU版) でのバッチスクリプトのサンプルを示します。GPU版のコマンド名は pmemd.cuda です。 斜体字部分を書き換えてください。また、赤字の部分は特にご注意ください。 #!/bin/csh #PBS -q APG #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=1:ngpus=1 source /etc/profile.d/modules.csh module load amber/18gpu cd $PBS_O_WORKDIR pmemd.cuda -O -o mdoutmpi.out この例では、入力ファイル mdin, inpcrd, prmtop 、 出力ファイル mdoutmpi.out としています。 (入力ファイルのファイル名を変更する場合には、-i, -c, -p オプションでそのファイル名を指定してください。) pmemd (MPI+GPU版)以下、pmemd 計算(MPI+GPU版) でのバッチスクリプトのサンプルを示します。MPI+GPU版のコマンド名は pmemd.cuda.MPI です。 斜体字部分を書き換えてください。また、赤字の部分は特にご注意ください。 #!/bin/csh #PBS -q APG #PBS -N title #PBS -l select=2:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=1 #PBS -l place=scatter source /etc/profile.d/modules.csh module load amber/18gpu cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 4 pmemd.cuda.MPI -O -o mdoutmpi.out
先ほどとは異なり、この場合には全部で4つのプロセスが生成されます。(mpirun -np で指定) コマンドリストaddles FEW.pl nab2c pymdpbsa AddToBox ffgbsa nc-config pytleap am1bcc fftw-wisdom nccopy reduce amb2chm_par.py fftw-wisdom-to-conf ncdump residuegen amb2chm_psf_crd.py finddgref.py ncgen resp amb2gro_top_gro.py fitpkaeo.py ncgen3 respgen amber.conda fix_new_inpcrd_vel nef_to_RST rism1d amber.ipython fixremdcouts.py new2oldparm rism3d.orave amber.jupyter gbnsr6 new_crd_to_dyn rism3d.snglpnt amber.pip genremdinputs.py new_to_old_crd rism3d.thermo amber.python hcp_getpdb nf-config sander ambmask IPMach.py nfe-umbrella-slice sander.LES ambpdb lmanal nmode sander.LES.MPI antechamber makeANG_RST OptC4.py sander.MPI ante-MMPBSA.py makeCHIR_RST packmol saxs_md atomtype make_crd_hg packmol-memgen saxs_rism bondtype makeDIST_RST paramfit senergy CartHess2FC.py MCPB.py parmchk2 sgldinfo.sh car_to_files.py mdgx parmed sgldwt.sh ceinutil.py mdgx.MPI pbsa softcore_setup.py cestats mdnab pbsa.cuda sqm charmmlipid2amber.py mdout2pymbar.pl pdb4amber sviol ChBox mdout_analyzer.py PdbSearcher.py sviol2 CheckMD memembed pmemd teLeap cpeinutil.py minab pmemd.cuda tinker_to_amber cphstats mm_pbsa_nabnmode pmemd.cuda_DPFP tleap cpinutil.py mm_pbsa.pl pmemd.cuda_DPFP.MPI to_be_dispatched cpptraj MMPBSA.py pmemd.cuda.MPI ucpp cpptraj.cuda mmpbsa_py_energy pmemd.cuda_SPFP UnitCell cpptraj.MPI mmpbsa_py_nabnmode pmemd.cuda_SPFP.MPI volslice cpptraj.MPI.cuda mm_pbsa_statistics.pl pmemd.MPI xaLeap dacdif mol2rtf.py prepgen xleap elsize molsurf process_mdout.perl xparmed espgen mpinab process_minout.perl espgen.py mpinab2c PropPDB fantasian nab ProScrs.py サンプルファイルサンプルファイルは以下に格納されています。必要に応じてご参照下さい。 /usr/appli/amber/18/test マニュアル関連サイト |