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Amber

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機能概要

Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。 Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。

利用方法

利用範囲

非営利

利用キュー

すべて

GPU版 pmemd 利用時には、APGキューを利用してください。

実行方法

利用するバッチキューとモジュール名との対応は以下の通りです。

バージョンモジュール名(Intel版)モジュール名(GCC版)モジュール名(GPU対応版）
24-amber/24/gcc/12.3.0/cpuamber/24/gcc/12.3.0/cuda/12.3.1
22amber/22/intelamber/22/gccamber/22/gcc

Amberに付属していますシミュレーションプログラムや解析プログラムが利用可能です。 sander や pmemd はそれぞれMPIによる並列化版として、sander.MPI や pmemd.MPI が用意されています。
さらに、GCC版のpmemd には、GPU版として単精度版のpmemd.cuda (pmemd.cuda_SPFP) や倍精度版の pmemd.cuda_DPFP が用意されています。

各種プログラムには、多くのオプションが指定できます。詳細はマニュアルをご参照ください。
sander, pmemd の並列化版では、それぞれのコマンド名の直後に、-np "CPU" のオプションを用いてCPU数の指定をしてください。

以下に、sander と　pmemd の並列化版のコマンドの実行方法を示します。 

% module load amber/22/intel
% mpirun -np nproc sander.MPI [-O] -i mdin -o mdout  ⇒
　　　　　　　　　　　⇒　-p prmtop -c inpcrd -r restrt 　[必要に応じてオプション指定]

% module load amber/22/intel
% mpirun -np nproc pmemd.MPI [-O] -i mdin -o mdout  ⇒
　　　　　　　　　　　⇒　-p prmtop -c inpcrd -r restrt 　[必要に応じてオプション指定]

-O : 計算結果ファイルを上書き

バッチスクリプトでの実行例

sander (MPI版)

以下、sander 計算でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。 sander.MPI や pmemd.MPI 等の MPI版では、実行CPU数は2以上としてください。 

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load amber/22/intel

cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 10 sander.MPI -O -i gbin -c trpcge.crds -p TC5b.top -o gboutmpi.out

この例では、入力ファイル gbin, trpcge.crds, TC5b.top 出力ファイル gboutmpi.out としています。また、実行CPU数は 10 と指定しています。

pmemd (MPI版)

以下、pmemd 計算でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。 sander.MPI や pmemd.MPI 等の MPI版では、実行CPU数は2以上としてください。 

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load amber/22/intel

cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 10 pmemd.MPI -O -o mdoutmpi.out

この例では、入力ファイル mdin, inpcrd, prmtop 、 出力ファイル mdoutmpi.out としています。また、実行CPU数は 10 と指定しています。 (入力ファイルのファイル名を変更する場合には、-i, -c, -p オプションでそのファイル名を指定してください。）

pmemd (GPU版)

以下、pmemd 計算(GPU版) でのバッチスクリプトのサンプルを示します。GPU版のコマンド名は pmemd.cuda です。 斜体字部分を書き換えてください。また、赤字の部分は特にご注意ください。 

#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=1:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load amber/22/gcc

cd $PBS_O_WORKDIR
pmemd.cuda -O -o mdoutmpi.out

この例では、入力ファイル mdin, inpcrd, prmtop 、 出力ファイル mdoutmpi.out としています。 (入力ファイルのファイル名を変更する場合には、-i, -c, -p オプションでそのファイル名を指定してください。）

コマンドリスト(Amber24 GPU版の場合）

ddles                      makeDIP_RST.protein        pmemd.cuda_SPFP
add_pdb                     makeDIST_RST               pmemd.cuda_SPFP.MPI
AddToBox                    makeRIGID_RST              pmemd.decomp
add_xray                    match                      pmemd.MPI
am1bcc                      match_atomname             prepgen
amb2chm_par.py              MCPB.py                    process_mdout.perl
amb2chm_psf_crd.py          mdgx                       process_minout.perl
amb2gro_top_gro.py          mdgx.cuda                  PropPDB
ambmask                     mdgx.MPI                   ProScrs.py
ambpdb                      mdgx.OMP                   pyresp_gen.py
antechamber                 mdout2pymbar.pl            py_resp.py
ante-MMPBSA.py              mdout_analyzer.py          quick
atomtype                    memembed                   quick.cuda
bar_pbsa.py                 metalpdb2mol2.py           quick.cuda.MPI
bondtype                    metatwist                  quick.MPI
CartHess2FC.py              mm_pbsa_nabnmode           reduce
car_to_files.py             mm_pbsa.pl                 residuegen
ceinutil.py                 MMPBSA.py                  resp
cestats                     mmpbsa_py_energy           respgen
charmmlipid2amber.py        MMPBSA.py.MPI              rism1d
ChBox                       mmpbsa_py_nabnmode         rism3d.snglpnt
cpeinutil.py                mm_pbsa_statistics.pl      rism3d.snglpnt.MPI
cphstats                    mol2rtf.py                 sander
cpinutil.py                 ncvalid                    sander.LES
cpptraj                     ndfes                      sander.LES.MPI
cpptraj.cuda                ndfes-AvgFESs.py           sander.MPI
cpptraj.MPI                 ndfes-CheckEquil.py        sander.OMP
cpptraj.OMP                 ndfes-CombineMetafiles.py  sander.quick.cuda
draw_membrane2              ndfes.OMP                  sander.quick.cuda.MPI
edgembar                    ndfes-path                 saxs_md
edgembar-amber2dats.py      ndfes-path-analyzesims.py  saxs_md.OMP
edgembar.OMP                ndfes-path.OMP             saxs_rism
edgembar-WriteGraphHtml.py  ndfes-path-prepguess.py    saxs_rism.OMP
elsize                      ndfes-PrepareAmberData.py  senergy
espgen                      ndfes-PrintFES.py          sgldinfo.sh
espgen.py                   nef_to_RST                 sgldwt.sh
FEW.pl                      nf-config                  simplepbsa
fftw_wisdom                 nfe-umbrella-slice         simplepbsa.MPI
fftw-wisdom-to-conf         nmode                      softcore_setup.py
finddgref.py                OptC4.py                   sqm
fitpkaeo.py                 packmol                    sqm.MPI
fixremdcouts.py             packmol-memgen             sviol
gbnsr6                      paramfit                   sviol2
gem.pmemd                   paramfit.OMP               teLeap
gem.pmemd.MPI               parmcal                    test-api
genremdinputs.py            parmchk2                   test-api.cuda
gpuP2PCheck                 parmed                     test-api.cuda.MPI
gwh                         pbsa                       test-api.MPI
hcp_getpdb                  pbsa.cuda                  tinker_to_amber
immers                      pdb4amber                  tleap
IPMach.py                   PdbSearcher.py             ucpp
makeANG_RST                 pmemd                      UnitCell
makeCHIR_RST                pmemd.cuda                 wrapped_progs
make_crd_hg                 pmemd.cuda_DPFP            xaLeap
makeCSA_RST.na              pmemd.cuda_DPFP.MPI        xleap
makeDIP_RST.dna             pmemd.cuda.MPI             XrayPrep

サンプルファイル

サンプルファイルは以下に格納されています。必要に応じてご参照下さい。 

/usr/appli/amber/24/gcc/12.3.0/cpu/test

マニュアル

関連サイト

Amber（公式ホームページ)