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スパコンシステムで利用可能なアプリケーションやデータベースについて以下にお知らせします。


moduleコマンド


コンパイラ等

分類名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
コンパイラ GCC4.7 - 14.1gccgcc,g++,gfortran全て制限なし
Intel oneAPI2022 - 2024-icc,icpc,ifort
icx,icpx,ifx
全て制限なし
性能解析ツールIntel VTune2022 - 2024intelamplxe-cl,amplxe-gui全て非営利
GPUCUDA7.5 ~ 12.0cudanvccAPG制限なし
NVIDIA HPC SDK20.9 - 24.1nvhpcnvcc,nvc,nvc++,nvfortran全て制限なし
MPIライブラリIntel MPI2021mpimpicc,mpirun全て制限なし
MPICH3.2, 3.3, 4.2.2mpichmpicc,mpirun全て制限なし
Open MPI4.1.6, 5.0.3openmpimpicc,mpirun全て制限なし
MVAPICH2.3.7-1, 3.0mvapich2, mvapichmpicc,mpirun全て制限なし
数値演算ライブラリ Intel oneMKL2022 - 2024mkl-全て制限なし
OpenBLAS0.3.6, 0.3.17, 0.3.25OpenBLAS-全て制限なし(BSD License)
scaLAPACK2.2.0scalapack-全て制限なし
FFTW3.3.10fftw-全て制限なし
プログラミング言語 Julia1.2.0, 1.3.1, 1.4.0juliajulia全て制限なし
Perl5.38.2perlperl, cpan全て制限なし
Ruby2.0.0 〜 2.6.5ruby, gemruby, gem全て制限なし
Python2.7.11 〜 3.11.7Pythonpython, pip全て制限なし

数学

分類名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
統計解析言語R4.0.0, 4.1.2, 4.3.2, 4.4.1RR,Rscript全て制限なし(GPLv2)
数式処理Mathematica14.1.0mathmath,mathematica全て京都大学内(宇治)
GNU Octave5.2.0-octave,octave-cli全て制限なし(GPLv3)

機械学習・ディープラーニング

名称モジュール名キュー利用範囲
scikit-learn Python(*), pytorch/2.4.1 全て 制限なし(BSD 3-Clause license)
LightGBM Python, pytorch/2.4.1 全て 制限なし(MIT license)
CatBoost Python, pytorch/2.4.1 全て 制限なし(Apache License 2.0)
XGBoost Python, pytorch/2.4.1 全て 制限なし(Apache License 2.0)
PyTorch pytorch, nvidia-pytorch 全て 制限なし
TensorFlow nvidia-tensorflow 全て 制限なし(Apache License 2.0)
JupyterLab Python, pytorch, nvidia-pytorch, nvidia-tensorflow 全て 制限なし(BSD 3-Clause License)
cuDF nvidia-pytorch/24.01-py3, nvidia-tensorflow/24.01-tf2-py3 APG 制限なし(Apache License 2.0)

(*) Python には numpy, scipy, pandas, matplotlib, seaborn なども含まれています。


計算化学

名称に★がついているアプリケーションはGPU対応版も利用可能です。

分類名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
化合物DB CSD2024.2CSDcq-京都大学内(宇治)
計算化学
統合パッケージ
Materials Studio★2024ms-全て京都大学内(宇治・桂・吉田)
Discovery Studio★2024--全て京都大学内(宇治・桂・吉田)
Materials Science Suite★2024.3--全て京都大学内(宇治)
量子化学 ADF2024.103adfams全て京都大学内(宇治)
CASTEP (STFC版)24.1castepcastep.serial
castep.mpi
APGを除く全て非営利
GAMESS2023.9.30gamessgamess全て制限なし
Gaussian16G16c01g16rung16全て制限なし
GaussView66.1g16gvfe1制限なし
Gaussian/GaussView
サイトライセンス
----京都大学内(宇治)
Molpro2024.2molpromolpro全て京都大学内(宇治)
MOPAC77mopac/7runmopac全て制限なし
MOPAC20162016mopac/2016mopac全て非営利
NWChem7.2nwchemnwchem全て制限なし
octopus(外部)13.0octopusoctopus全て制限なし
Q-Chem6.2.1qchemqchem全て非営利
QUANTUM ESPRESSO ★7.3.1qecp.x,pw.x全て制限なし
TURBOMOLE7.8turbomole-全て京都大学内(化研)
Yambo(外部)5.0.4yamboyambo全て制限なし
分子動力学 AMBER ★24amberpmemd,sander全て非営利
Gromacs ★2024.1gromacsgmx,gmx_d,
gmx_mpi,gmx_mpi_d
全て制限なし
LAMMPS ★29 Aug 24 update1lammpslmp_intel_cpu,lmp_intel_gpu全て制限なし
NAMD ★3.0namdnamd3全て非営利
X線構造解析 XPLOR-NIH(外部)3.8xplor-nihxplorfe1非営利
CNSsolve(外部)1.3cnssolvecns_solvefe1非営利
XDS(外部)Jun 30,2023xdsxds,xds-viewer,xdsgui,xdsstat,xdsmefe1非営利
可視化・描画 gnuplot5.2.4-gnuplotfe1制限なし
grace5.1.25-xmgracefe1制限なし
molden6.2moldenmoldenfe1非営利
VMD ★1.9.2vmdvmdfe1制限なし
xcrysden1.6.2xcrysdenxcrysdenfe1制限なし
ツール関連 OpenBabel3.1.1-obabel全て制限なし

バイオインフォマティクス

無償バイオインフォマティクスソフトウェアのインストールのご用命はspradm@scl.kyoto-u.ac.jpまでご連絡下さい。

名称 (外部サイトリンク)概要モジュール名キュー利用範囲
ABySS アセンブリング abyss 全て 制限なし(GPLv3)
ALLPATHS-LG アセンブリング allpathslg 全て 制限なし
AlphaFold2 タンパク質立体構造予測 AlphaFold 全て 制限なし (ver 2.1.2以降)
学術利用, 非営利 (ver 2.1.1以前)
AMOS アセンブリング amos 全て 制限なし(Artistic)
antiSMASH ゲノム内の共起する生合成遺伝子のクラスター Biosynthetic Gene Clusters(BGCs)を検出 antismash 全て 学術利用, 非営利(MEMEを使用しているため)
Anvi'o オミックス解析 anvio 全て 制限なし(GPLv3)
AUGUSTUS 真核生物の遺伝子予測 augustus 全て 制限なし(Artistic License)
BamM BAMファイル操作 bamm 全て 制限なし(LGPLv3)
bamtools BAMファイル操作 bamtools 全て 制限なし(MIT)
barrnap ゲノム配列からrRNA配列を検出 barrnap 全て 制限なし(GPLv3)
BBTools, BBMap NGS解析ツール集 bbmap 全て 制限なし
bcftools VCF, BCFファイル操作 bcftools 全て 制限なし(MIT/Expat)
bedtools BAM, BED, GFF/GTF, VCFファイル操作 bedtools 全て 制限なし(GPLv2)
Binning_refiner 複数のビニングツールの結果をまとめ、改善 Binning_refiner 全て 制限なし(AGPLv3)
BinSanity メタゲノム解析(ビニング) BinSanity 全て 制限なし(GPLv3)
Bio++ C++のバイオインフォマティクス用ライブラリ Bio++ 全て 制限なし
Bioconductor Rのバイオインフォマティクス用ライブラリ Bioconductor, R 全て 制限なし(Artistic 2.0, GPLv2, or BSD)
BioPerl バイオインフォマティクス用ライブラリ BioPerl, perl 全て 制限なし(Artistic, GPLv3)
Biopython バイオインフォマティクス用ライブラリ Biopython, Python 全て 制限なし
BioRuby バイオインフォマティクス用ライブラリ BioRuby, ruby 全て 制限なし
BLAST+ ホモロジー検索 blast+ 全て 制限なし(PDS)
BlobTools ゲノムデータの可視化、クオリティコントロール、taxonomic partitioning blobtools 全て 制限なし(GPLv3)
Bonito オックスフォード・ナノポア用ベースコーラー bonito 全て 制限なし
Bowtie マッピング bowtie 全て 制限なし(Artistic License)
Bowtie2 マッピング bowtie2 全て 制限なし(GPLv3)
BRAKER2 ゲノムアノテーションパイプライン braker 全て 学術利用, 非営利
BUSCO アセンブリの評価 busco 全て 制限なし(MIT)
BWA マッピング bwa 全て 制限なし(GPLv3, MIT)
bwa-mem2 マッピング(BWAの後継プログラム) bwa-mem2 全て 制限なし(MIT)
Cactus マルチプルアラインメント cactus 全て 制限なし
canu アセンブリング canu 全て 制限なし
cap3 アセンブリング cap3 全て 非営利
CAT and BAT メタゲノム解析 CAT 全て 制限なし(MIT)
cdbfasta マルチFASTAファイルのインデックス化・配列拾得 cdbfasta 全て 制限なし(Artistic License)
CD-HIT 配列クラスタリング cd-hit 全て 制限なし(GPLv2)
Celera Assembler アセンブリング wgs 全て 制限なし(GPLv2)
Centrifuge メタゲノム解析(ビニング) centrifuge 全て 制限なし(GPLv3)
CGAT Scripts NGS解析ツール集 cgat 全て 制限なし
CGView 環状ゲノム可視化ツール cgview 全て 制限なし(GPLv3)
CheckM メタゲノム解析 CheckM 全て 制限なし(GPLv3)
CheckM2 メタゲノム解析 CheckM2 全て 制限なし(GPLv3)
CheckV メタゲノムアセンブリの評価 checkv 全て 制限なし
Circlator アセンブルゲノムの環状化 circlator 全て 制限なし(GPLv3)
Claident メタゲノム解析 claident 全て 制限なし(GPLv2)
Clair3 ロングリード配列用のバリアントコーラー clair3 全て 制限なし
CLEAN 対照学習(Contrastive Learning)モデルによる酵素の機能予測 clean 全て 学術利用, 非営利
Clearcut 系統樹作成 clearcut 全て 制限なし
Clustal Omega マルチプルアラインメント clustal-omega 全て 制限なし(GPLv2)
ClustalW2 マルチプルアラインメント clustalw2 全て 制限なし(GPLv3)
cmpfastq ペアエンド配列の抽出 cmpfastq 全て 制限なし(GPLv3)
COCACOLA (Python版) メタゲノム解析(ビニング) COCACOLA 全て 制限なし(GPLv3)
Codetta 塩基配列データからコドンテーブルを予測 codetta 全て 制限なし(BSD)
CoLoRMap NGS解析 colormap 全て 制限なし(GPLv3)
CONCOCT メタゲノム解析(ビニング) concoct 全て 制限なし
contig-extender アセンブリの改善 contig-extender 全て 制限なし(GPLv3)
CoverM メタゲノム解析 coverm 全て 制限なし(GPLv3)
CRISPRCasFinder DNA配列中のCRISPRアレイ・Casタンパク質を同定 CRISPRCasFinder 全て 制限なし(GPLv3)
CUDASW++ GPUを使用したSmith-Waterman ホモロジー検索 cudasw++ APG
Cufflinks 遺伝子構造予測 cufflinks 全て 制限なし(Boost License)
cutadapt アダプター配列除去 cutadapt, Python 全て 制限なし(MIT)
DAS Tool メタゲノム解析(ビニング) DAS_Tool 全て 制限なし
Dashing ゲノム距離を計算 dashing 全て
Dashing2 ゲノム距離を計算 dashing2 全て
DBGET 統合データベース検索システム dbget 全て 制限なし
DeepMicrobeFinder (海洋)メタゲノムデータを原核生物、真核生物、ウイルスに分類 DeepMicrobeFinder 全て -
DeepSignal2 深層学習を用いて Oxford Nanopore シーケンサーのリードからメチル化状態を検出 deepsignal2 全て 制限なし(GPLv3)
DefenseFinder 既知の抗ファージシステムを系統的に検出 defense-finder 全て 制限なし(GPLv3)
DEMIC メタゲノム解析 DEMIC 全て 制限なし(GPLv3)
Dense Homolog Retriever (DHR) 超高速・高感度なタンパク質リモートホモログの検出 DHR 全て 制限なし(BSD 3-Clause License)
DIAMOND ホモロジー検索 diamond 全て 制限なし(AGPLv3)
DISCOVAR 変異の検出 discovar 全て 制限なし
DISCOVAR de novo アセンブリング discovardenovo 全て 制限なし
DRAM メタゲノム解析 DRAM 全て 制限なし(GPLv3)
DRAP デノボRNA-Seqアセンブリーパイプライン drap 全て 制限なし(GPLv3)
dRep ゲノム配列比較 dRep 全て 制限なし
DSSP PDBエントリーからDSSPエントリーを作成 dssp 全て 制限なし(BSD 2-Clause "Simplified" License)
ea-utils FASTQファイル操作 ea-utils 全て 制限なし
eggNOG-mapper 配列の機能アノテーション eggNOG-mapper 全て 制限なし(AGPLv3)
elPrep BAM, SAMファイル操作 elprep 全て 制限なし(GNU Affero General Public License)
ELSA Extended Local Similarity Analysis elsa 全て 制限なし
EMBOSS バイオインフォマティクスツール群 EMBOSS 全て 制限なし(GPL)
EMIRGE メタゲノムデータからrRNA配列を再構築 emirge 全て 制限なし(GPLv3)
Entrez Direct コマンドラインからNCBIのデータベースにアクセス entrez-direct 全て 制限なし(Public Domain)
EPA-ng 系統樹マッピングに基づき配列を分類 epa-ng 全て 制限なし(AGPLv3)
ESMFold, ESM2 タンパク質立体構造予測 esmfold,esm2 全て 制限なし(MIT)
ESM3 自然言語処理を用いたタンパク質配列のモデリングツール esm3 全て 非営利
ETE Toolkit 系統樹作成 ete 全て 制限なし
Exonerate ペアワイズアラインメント exonerate 全て 制限なし(GPL)
eXpress RNA-seq 発現解析 express 全て 制限なし(Artistic License 2.0)
FADU 原核生物のトランスクリプトーム解析 FADU 全て 制限なし(MIT)
Falco FastQC互換のFASTQファイルのクオリティチェックツール falco 全て 制限なし(GPLv3)
FAPROTAX 16S rRNA配列解析 FAPROTAX 全て 制限なし
FAST 配列操作 FAST 全て 制限なし(Artistic License 2.0)
FASTA ホモロジー検索 fasta 全て 制限なし(Apache License 2.0)
FastANI ゲノム配列の average nucleotide identity (ANI) を計算。 fastani 全て 制限なし(Apache License 2.0)
FASTA Splitter FASTAファイル分割ツール fasta-splitter 全て 制限なし(zlib/libpng license)
FastME 系統樹作成 fastme 全て 制限なし(GPLv3)
fastp FASTQファイル操作 fastp 全て 制限なし(MIT)
FastQC FASTQファイルのクオリティチェック fastqc 全て 制限なし(GPLv3)
FASTQ Splitter FASTQファイル分割ツール fastq-splitter 全て 制限なし(zlib/libpng license)
FastSpar 微生物種間ネットワーク作成 fastspar 全て 制限なし(GPLv3)
FastTree 系統樹作成 FastTree 全て 制限なし
FastTreeMP 系統樹作成(FastTreeのOpenMP並列化版) FastTreeMP 全て 制限なし
FastUniq FASTQファイル操作 FastUniq 全て 制限なし
Flye ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用アセンブラー flye 全て 制限なし(BSD)
FASTX-Toolkit fastq/fastaファイル操作 fastx_toolkit 全て 制限なし(GPLv3, MIT)
FigTree 系統樹ビューア figtree fe1
FLASH ペアエンド配列を結合 flash 全て 制限なし(GPLv3)
Foldseek 類似構造タンパク質を検索 foldseek 全て 制限なし(GPLv3)
fqtools FASTQファイル操作 fqtools 全て 制限なし(GPLv3)
FragGeneScan ショートリード配列中の遺伝子(断片)を検出 FragGeneScan 全て 制限なし(GPL)
fxtract 指定された部分配列を含む配列をfasta/fastq ファイルから抽出 fxtract 全て 制限なし(MIT)
gappa 系統樹解析 gappa 全て 制限なし(GPLv3)
gapseq 微生物の代謝モデル予測・解析パイプライン gapseq 全て 制限なし(GPLv3)
gatk NGS変異解析 gatk 全て 非営利(バージョン3以前)
制限なし(バージョン4以降)
GeneMarkS 遺伝子予測 GeneMarkS 全て 学術利用
genewise wise2
geNomad 塩基配列からウイルスやプラスミドのゲノムを同定 genomad 全て 学術利用, 非営利
GenomeScope Reference-free profiling of polyploid genomes. genomescope 全て 制限なし(Apache License 2.0)
GenomeTools The versatile open source genome analysis software. genometools 全て 制限なし
GetOrganelle ゲノムスキミングデータからオルガネラゲノムをアセンブル getorganelle 全て 制限なし(GPLv3)
GffRead GFFファイル操作 gffread 全て 制限なし(MIT)
ghostx ホモロジー検索 ghostx 全て 制限なし
ghostz ホモロジー検索 ghostz 全て 制限なし
GLEAN 遺伝子予測 glean 全て 制限なし(Artistic License)
glimmer 遺伝子予測 glimmer 全て 制限なし
GPU MrBayes GPU版MrBayes gpu-mrbayes APG 制限なし(GPLv2)
GraftM 遺伝子予測 graftM 全て 学術利用, 非営利(Silva)
GraPhlAn 分岐図作成 graphlan 全て 制限なし
GLUVAB ウイルス分類ツール GLUVAB 全て 制限なし(GPLv3)
gs2 系統樹作成 gs2 全て 制限なし(GPLv3)
GTDB-Tk 細菌、古細菌の分類 gtdbtk 全て 制限なし(GPLv3)
Hifiasm ハプロタイプを分離してアセンブリを行う HiFiロングリード向けアセンブラー hifiasm 全て 制限なし(MIT)
HISAT2 マッピング hisat2 全て 制限なし(GPLv3)
HMMER モチーフ検索 hmmer 全て 制限なし(GPLv3)
HHsuite HMMを利用したホモロジー検索 hhsuite 全て 制限なし(GPLv3)
HUMAnN2 メタゲノム解析 humann2 全て 制限なし(MIT)
HUMAnN3 メタゲノム解析 humann3 全て 制限なし(MIT)
HTSeq BAM, SAMファイル操作 htseq, Python/2.7* 全て 制限なし(GPLv3)
IDBA アセンブリング idba 全て 制限なし(GPLv2)
IGV ゲノムビューア IGV fe1 制限なし(MIT)
Infernal RNAアラインメント予測 infernal 全て 制限なし(BSD)
inStrain メタゲノム解析 inStrain 全て 制限なし(GPLv3)
InterProScan モチーフ検索 InterProScan 全て 制限なし(Apache license)
iPHoP ウイルスの宿主を予測 iphop 全て 制限なし(GPLv3)
IQ-TREE 系統樹作成 iqtree 全て 制限なし(GPLv2)
IRF 逆向き反復配列を検出 irf 全て 制限なし(AGPLv3)
IsoSCM RNA-seq 発現解析 isoscm 全て 制限なし
JELLYFISH Kmerカウント jellyfish 全て 制限なし(GPLv3)
Kaiju メタゲノム解析(生物種分類) kaiju 全て 制限なし(GPLv3)
kallisto 発現量解析 kallisto 全て 非営利(バージョン0.43.0以前)
制限なし(バージョン 0.43.1以降)
Kneaddata メタゲノム/メタトランスクリプトームデータからrRNA/宿主ゲノム由来リードを除去 kneaddata 全て 制限なし(MIT)
KMC Kmerカウント kmc 全て 制限なし(GPLv3)
KmerGenie アセンブリに最適なk-merのサイズを推定 kmergenie 全て 制限なし
KofamScan 遺伝子機能予測 kofamscan 全て 制限なし(MIT)
Kraken メタゲノム解析 kraken 全て 制限なし(GPLv3)
Krona 階層データの可視化 krona 全て 制限なし
LAST ゲノム配列アラインメント last 全て 制限なし(GPLv3)
LDhat 集団遺伝データからの組換え率の推定 ldhat 全て 制限なし
LEfSe メタゲノム解析 lefse 全て 制限なし
LJA ロングリード配列(PacBio)用アセンブラ lja 全て 制限なし(BSD-3-Clause)
LocalColabFold タンパク質立体構造予測 LocalColabFold 全て 制限なし(MIT License)
LTR_Finder ゲノム配列中の LTR (long terminal repeat) 型レトロトランスポゾンを検出 ltr_finder 全て 非営利
LTR_retriever ゲノム配列中の LTR (long terminal repeat) 型レトロトランスポゾンを検出 LTR_retriever 全て 制限なし(GPLv3)
MacSyFinder アミノ酸配列のデータセットから macromolecular systems, genetic pathways をモデル化・同定 macsyfinder 全て 制限なし(GPLv3)
MafFilter ゲノムアラインメント maffilter 全て 制限なし(GPLv3)
MAFFT マルチプルアラインメント mafft 全て 制限なし(BSD)
MAGRE MAGの品質を改良 MAGRE 全て 制限なし(MIT)
MagCluster 磁性細菌(MTB)のゲノムからマグネトソーム遺伝子クラスター(MGC)を同定、アノテーション、可視化 magcluster 全て 制限なし(GPLv3)
Mash ゲノム配列、メタゲノム配列の比較 mash 全て 制限なし
mashtree 全ゲノム配列から系統樹作成 mashtree 全て 制限なし(GPLv3)
MaSuRCA アセンブリング masurca 全て 制限なし(GPLv3)
mcorr バクテリアの大規模シークエンスデータから組換え率を推測 mcorr 全て 不明
MaxBin メタゲノム解析(ビニング) MaxBin 全て 制限なし
Medaka ロングリードアセンブリのポリッシング medaka 全て 制限なし(Mozilla Public License 2.0)
MEGAHIT メタゲノム用アセンブラー megahit 全て 制限なし(GPLv3)
MeGAMerge メタゲノム解析 MeGAMerge 全て 制限なし
MEME モチーフ検索 meme 全て 学術利用, 非営利
MetaBAT2 メタゲノム解析(ビニング) MetaBAT2 全て 制限なし
METABOLIC ゲノムデータベースから代謝を解析 METABOLIC/ 全て GPLv3
MetaCarvel メタゲノム解析(scaffolding, バリアント検出) MetaCarvel 全て 制限なし(MIT)
MetaGeneAnnotator 遺伝子予測 MetaGeneAnnotator 全て 制限なし
MetAMOS メタゲノム解析 metamos 全て 制限なし
MetaPhlAn メタゲノム解析 metaphlan2, metaphlan3, metaphlan4 全て 制限なし
MetaPlatanus メタゲノム用アセンブラー metaplatanus 全て 制限なし(GPLv3)
MetaVelvet メタゲノム用アセンブラー metavelvet 全て 制限なし(GPLv3)
metaWRAP メタゲノム解析パイプライン(QC、アセンブル、生物種推定、ビニング、機能アノテーション) metaWRAP 全て 制限なし(MIT)
Metaxa2 メタゲノム解析(生物種の同定) Metaxa2 全て 制限なし(GPLv3)
MFannot ミトコンドリアおよびプラスティドのゲノムのアノテーション mfannot 全て 制限なし(GPLv3)
mim-tRNAseq tRNAの発現や修飾を定量・解析するための自動解析パイプライン mim-tRNAseq 全て 制限なし(GPLv3)
MinCED ゲノム/メタゲノム配列中のCRISPRsを同定 minced 全て 制限なし(GPLv3)
Minia アセンブリング minia 全て 制限なし(AGPLv3)
Miniasm ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用アセンブラー miniasm 全て 制限なし(MIT)
Minimap2 マッピング minimap2 全て 制限なし(MIT)
Minipolish Miniasmの出力をポリッシング minipolish 全て 制限なし(GPLv3)
MIRA アセンブリング mira 全て 制限なし(GPLv2)
MMseqs2 ホモロジー検索、配列クラスタリング mmseqs2 全て 制限なし(GPLv3)
MOB-suite ドラフトアセンブリからプラスミドのクラスタリング、再構築、タイピングを行う mob_suite 全て 制限なし(Apache License 2.0)
mothur メタゲノム解析 mothur 全て 制限なし(GPLv3)
MrBayes 系統樹作成 mrbayes 全て 制限なし(GPLv2)
msamtools メタゲノム解析向けに機能拡張されたsamtools msamtools 全て 制限なし(MIT)
Mugsy ゲノム配列のマルチプルアラインメント mugsy 全て 制限なし(Artistic License 2.0)
MultiQC 様々なNGS解析ツールの結果を統合 multiqc 全て 制限なし(GPLv3)
MUMmer ゲノムアラインメント MUMmer 全て 制限なし(Artistic License)
MUSCLE マルチプルアラインメント muscle 全て 制限なし(Public Domain(ver3), GPLv3(ver5))
MyCC メタゲノム解析パイプライン MyCC 全て -
NanoFilt ナノポアロングリード配列のフィルタリング NanoFilt 全て 制限なし(GPLv3)
NanoPlot ナノポアロングリード配列データ・アラインメントの可視化 NanoPlot 全て 制限なし(GPLv3)
Nanopolish ナノポアロングリード配列をシグナルレベルで解析するためのソフトウェアパッケージ nanopolish 全て 制限なし(MIT)
NanoSV ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用構造バリエーションコーラー NanoSV 全て 制限なし(MIT)
ncbi-acc-download NCBI Accessionダウンロードツール ncbi-acc-download 全て 制限なし(Apache License 2.0)
ncbi-genome-download NCBI Genomeダウンロードツール ncbi-genome-download 全て 制限なし(Apache License 2.0)
NextPolish ロングリード配列(PacBio CLR, ONT)用アセンブラー nextDenovo 全て 制限なし(GPLv3)
NextPolish ロングリードアセンブリのポリッシング nextpolish 全て 制限なし
NGMLR 構造変異(Structural Variants: SV)を考慮したロングリード配列用マッピングツール ngmlr 全て 制限なし(MIT)
NINJA Nearly Infinite Neighbor Joining Application NINJA 全て 制限なし(MIT)
NxTrim プライマー配列除去 NxTrim 全て 制限なし
Oligotyping 16S rRNA配列解析 Oligotyping, Python 全て 制限なし(GPLv2)
OmegaFold タンパク質立体構造予測 omegafold 全て 制限なし(Apache License 2.0)
ont_fast5_api fast5ファイル操作 ont_fast5_api 全て 制限なし(Mozilla Public License 2.0)
OrthoFinder オーソログ解析 orthofinder 全て 制限なし(GPLv3)
OrfM メタゲノム用ORF予測 orfm 全て 制限なし(LGPLv3)
PAML 系統樹作成 paml 全て 制限なし(GPLv3)
PaPaRa ショートリード配列のリファレンスへのアライメント papara 全て 制限なし(GPLv3)
ParDRe 重複したショートリード配列を除去 ParDRe 全て 制限なし(GPLv3)
Parseq RNA-seq 発現解析 Parseq 全て 制限なし
parsnp ゲノム同士のマルチプルアラインメントを行い、系統樹、変異を出力 parsnp 全て 制限なし
PASA 真核生物ゲノムアノテーションツール PASA 全て 制限なし
PastML 有根系統樹のAncestral Character Reconstruction (ACR) と可視化 pastml 全て 制限なし(GPLv3)
PausePred リボソーム休止配列を予測 PausePred 全て -
PbsExitStatus ジョブ実行支援 - 全て 制限なし
PEPPER 深層学習を用いたロングリード配列用ゲノム推論モジュール。 ハプロタイプを考慮したバリアントコーリングを行う。 pepper 全て 制限なし(MIT)
PHYLIP 系統樹作成 phylip 全て 制限なし
PhyloBayesMPI 系統樹作成 PhyloBayesMPI 全て 制限なし(GPLv2)
phyloFlash メタゲノム解析 phyloFlash 全て 制限なし(GPLv3)
PhyloPhlAn メタゲノム解析 phylophlan 全て 制限なし
PhyloSift メタゲノム配列の系統樹解析、生物種分類 phylosift 全て 制限なし(GPL)
PhyML 系統樹作成 phyml, phyml-mpi 全て 制限なし(GPLv3)
Picard NGSファイル操作 picard-tools 全て 制限なし(MIT)
Picky ロングリード配列用構造変異解析ツール picky 全て 非営利
PICRUSt 16S rRNA配列解析 PICRUSt 全て 制限なし(GPLv3)
PICRUSt2 16S rRNA配列解析 PICRUSt2 全て 制限なし(GPLv3)
pilon ドラフトゲノムのポリッシング、変異の検出 pilon 全て 制限なし(GPLv2)
PlasFlow メタゲノム配列からプラスミド配列を予測 plasflow 全て 制限なし(GPLv3)
PlasX プラスミド配列を予測 plasx 全て 制限なし(GPLv3)
Platanus アセンブリング platanus 全て 制限なし(GPLv3)
Platanus-allee アセンブリング platanus-allee 全て 制限なし(GPLv3)
PLMSearch ディープラーニングを用いたホモロジー検索 PLMSearch 全て 制限なし(MIT)
Porechop ナノポア用アダプター配列トリミングツール porechop 全て 制限なし(GPLv3)
pplacer メタゲノム解析 pplacer 全て 制限なし(GPLv3)
PRANK マルチプルアラインメント prank 全て 制限なし(GPL)
PRINCESS オックスフォード・ナノポアロングリード配列のバリアント、およびメチル化の検出 princess 全て 制限なし(MIT)
PRINSEQ-lite FASTQ/FASTAファイル操作、QC(クォリティコントロール) prinseq-lite 全て 制限なし(GPLv3)
PRINSEQ++ FASTQ/FASTAファイル操作、QC(クォリティコントロール) prinseq++ 全て 制限なし(GPLv2)
Prodigal 遺伝子予測 prodigal 全て 制限なし(GPLv3)
Prokka 原核生物ゲノムのアノテーション prokka 全て 制限なし(GPLv3)
Proteinortho オルソログ遺伝子の検出 proteinortho 全て 制限なし(GPLv3)
PRRN マルチプルアラインメント prrn 全て 制限なし(GPLv2)
ps_scan モチーフ検索 ps_scan 全て 制限なし(GPLv2)
Pseudofinder 原核生物ゲノム中の偽遺伝子候補を自動検出 pseudofinder 全て 制限なし(GPLv3)
PSORTm 細胞内のタンパク質局在部位の予測(メタゲノムデータ用) psortm 全て 制限なし(GPLv3)
Pullseq fasta, fastqファイルから配列を抽出 pullseq 全て 制限なし
pyani ゲノム配列の average nucleotide identity (ANI) を計算。 pyani 全て 制限なし(MIT)
QIIME メタゲノム解析(菌叢解析パイプライン) qiime 全て 制限なし(GPLv2)
QIIME2 メタゲノム解析(菌叢解析パイプライン) qiime2 全て 制限なし(BSD 3-Clause License)
qsubarraypbs ジョブ実行支援 - 全て 制限なし
Quarto Python, R, Julia等に対応した科学技術出版システム quarto 全て 制限なし(GPLv2)
QUAST アセンブリの評価 quast 全て 制限なし(GPLv2)
QuickTree NJ法による系統樹作成 quicktree 全て 制限なし(Apache License 2.0)
Racon ロングリードのドラフトゲノムからコンセンサス配列を出力 racon 全て 制限なし(MIT)
RAPSearch ホモロジー検索 RAPSearch 全て 制限なし
Raven ロングリード配列用アセンブラー raven 全て 制限なし(MIT)
raxml 系統樹作成 raxml 全て 制限なし(GPLv3)
raxml-ng 系統樹作成 raxml-ng 全て 制限なし(AGPLv3)
Ray アセンブリング Ray 全て 制限なし(GPLv3)
RDP Classifier 16S rRNA配列解析 rdp_classifier 全て 制限なし(GPLv2)
RdRpBin メタゲノムデータからRNAウィルスを検出 RdRpBin 全て
RdRp-scan A Bioinformatic Resource to Identify and Annotate Divergent RNA Viruses in Metagenomic Sequence Data. RdRp-scan 全て
reapr アセンブリの評価 reapr 全て 制限なし(GPLv3)
recon ゲノム配列中のリピートファミリーを探査 recon 全て 制限なし(GPLv2)
RepeatModeler 転移因子の探査 RepeatModeler 全て 制限なし(Open Software License v2.1)
RepeatMasker ゲノム配列中のリピート配列をマスク RepeatMasker 全て 制限なし(Open Software License v2.1)
Resistance Gene Identifier (RGI) レジストームを予測 rgi 全て 学術利用, 非営利
RiboCode リボソームプロファイリングデータを用いてORFを検出 RiboCode 全て 制限なし(MIT)
RiboDetector メタゲノム配列、メタトランスクリプトーム配列、ncRNA 配列から rRNA配列を検出・除去 ribodetector 全て 制限なし(GPLv3)
RNAmmer ゲノム配列からrRNA配列を検出 rnammer 全て 学術利用、非営利
RNAMotif RNAの2次構造予測 rnamotif 全て 制限なし(GPL)
RoseTTAFold タンパク質立体構造予測 RoseTTAFold 全て 学術利用, 非営利
(要ライセンス取得)
RSEM RNA-Seq解析 RSEM 全て 制限なし(GPLv3)
rtax 16S rRNA系統解析 rtax 全て 制限なし
Salmon RNA-Seq解析 salmon 全て 制限なし(GPLv3)
Sambamba SAM/BAM/CRAM ファイル操作 sambamba 全て 制限なし(GPLv2)
Samtools SAM/BAM/CRAM ファイル操作 samtools 全て 制限なし(BSD, MIT)
SeaView マルチプルアラインメント・系統樹ビューア/エディタ seaview fe1 制限なし(GPLv3)
SegAlign GPUを使ったゲノムアラインメントツール segalign APG 制限なし(MIT)
SeqKit FASTA/FASTQ ファイル操作 seqkit 全て 制限なし(MIT)
Seqtk FASTA/FASTQ ファイル操作 seqtk 全て 制限なし(MIT)
SIMCOMP 化合物構造検索 simcomp 全て 制限なし
Simka メタゲノム解析 simka 全て 制限なし(AGPLv3)
sleuth RNA-seq 解析 sleuth 全て 制限なし(GPLv3)
SNAP 遺伝子予測 SNAP 全て 制限なし(GPL)
SNAP マッピング snap-aligner 全て 制限なし(Apache License 2.0)
Sniffles ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用構造バリエーションコーラー sniffles 全て 制限なし(MIT)
snoscan ゲノム配列中のbox C/D型snoRNA遺伝子を予測 snoscan 全て 制限なし(GPLv2)
soap2 マッピング soap2 全て 制限なし
soap3-dp GPUを利用したマッピング soap3-dp APG 制限なし(GPLv2)
SOAPdenovo アセンブリング SOAPdenovo 全て 制限なし(GPLv3)
SonicParanoid オルソログ推定 sonicparanoid 全て 制限なし(GPLv3)
SortMeRNA 16S rRNA系統解析 sortmerna 全て 制限なし
Spacedust 複数のゲノム間で保存された遺伝子クラスターを同定 spacedust 全て 制限なし(GPLv3)
SPAdes アセンブリング SPAdes 全て 制限なし(GPLv2)
SRA Toolkit SRAファイル操作 sratoolkit 全て 制限なし
ssearch Smith-Waterman ホモロジー検索 ssearch 全て 制限なし(Apache License 2.0)
SSU-ALIGN SSU rRNAの構造アラインメント ssu-align 全て 制限なし(BSD)
STAR RNA-Seq用マッピングツール STAR 全て 制限なし(GPLv3)
StringTie RNA-Seq解析 stringtie 全て 制限なし(Artistic License)
SUBCOMP 化合物部分構造検索 subcomp 全て 制限なし
subread マッピング、リードカウント subread 全て 制限なし(GPLv3)
sumaclust 配列クラスタリング sumaclust 全て 制限なし
sumatra ペアワイズアラインメント sumatra 全て 制限なし
SuperPang 複数のゲノムまたはビンから冗長でないパンゲノムアセンブリを生成 SuperPang 全て 制限なし(BSD)
swarm アンプリコン解析 swarm 全て 制限なし(AGPLv3)
T-Coffee マルチプルアラインメント t_coffee 全て 制限なし(GPLv3)
TaxonKit NCBI Taxonomy に関する便利ツール taxonkit 全て 制限なし(MIT)
TOPAZ ホモロジー検索 topaz 全て 制限なし(GPLv3)
TopHat RNA-Seq解析 tophat 全て 制限なし(Artistic License)
TopHat2 RNA-Seq解析 tophat2 全て 制限なし(BSL 1.0)
Tombo ナノポアシーケンスデータから修飾されたヌクレオチドを同定 tombo 全て 制限なし(Mozilla Public License 2.0)
TransDecoder cDNA 配列からコーディング領域を抽出 TransDecoder 全て 制限なし
transrate de novoトランスクリプトームアセンブリの品質をリファレンスフリーで評価 transrate 全て 制限なし(MIT)
TRF (Tandem Repeats Finder) 縦列型反復配列の検出 trf, TandemRepeatFinder 全て 制限なし
trimAl マルチプルアラインメント整形ツール trimal 全て 制限なし(GPLv3)
Trimmomatic アダプター配列除去 trimmomatic 全て 制限なし(GPLv3)
trinity RNA-Seqアセンブリング trinity 全て 制限なし
tRNAscan-SE ゲノム配列からtRNA配列を検出 tRNAscan-SE 全て 制限なし(GPLv3)
Unicycler ショートリード、ロングリードに対応したバクテリア用アセンブラー unicycler 全て 制限なし(LGPLv3)
32-bit USEARCH ホモロジー検索 usearch 全て 制限なし
VALET メタゲノムアセンブリの評価 valet 全て 制限なし(MIT)
VCFtools VCFファイル操作 vcftools 全て 制限なし(LGPLv3)
vConTACT2 ウィルスの分類 vcontact2 全て 制限なし(GPLv3)
Velvet アセンブリング velvet 全て 制限なし(GPLv2)
VennPainter ベン図作成 VennPainter 全て 制限なし(LGPL v2.1)
ViralRecall ゲノムデータから巨大ウィルス(NCLDV)を検出 viralrecall 全て -
viromeQC ヴィローム解析 viromeqc 全て 制限なし
VirSorter 微生物ゲノムデータからウィルスゲノムを抽出 VirSorter 全て 制限なし(GPLv2)
VirHostMatcher ウィルスのホストを予測 VirHostMatcher 全て 学術利用, 非営利
VIBRANT メタゲノム配列からウィルスゲノムを抽出、アノテーションを行う VIBRANT 全て 制限なし(GPLv3)
vRhyme ウイルスゲノムのビニング vRhyme 全て 制限なし(GPLv3)
VSEARCH ホモロジー検索 vsearch 全て 制限なし(GPLv3, BSD)
Winnowmap ロングリード配列用リピート領域へのマッピング winnowmap 全て 制限なし
wise2 ペアワイズアラインメント wise2, genewise 全て 制限なし
wtdbg2 ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用アセンブラー wtdbg2 全て 制限なし(GPLv3)

その他

名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
LibreOffice6.4LibreOfficesoffice, scalc, simpress, swriterfe1制限なし(MPL v2.0)
Singularity3.5.3singularitysingularity全て制限なし

バイオインフォマティクスデータベース

名称概要種別ディレクトリ名利用範囲
GenBank 塩基配列データベース dbget, blast, fasta genbank 制限なし
GenBank-upd 塩基配列データベース dbget, blast, fasta genbank-upd 制限なし
GenPept GenBankに登録されているCDSを翻訳したアミノ酸配列データベース blast, fasta, diamond, ghostx genpept 制限なし
GenPept-upd GenBankに登録されているCDSを翻訳したアミノ酸配列データベース blast, fasta genpept-upd 制限なし
RefSeq 塩基配列・アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx refseq 制限なし
MGENES メタゲノム情報 dbget, blast, fasta mgenes 制限なし
NR-NT 重複を取り除いた塩基配列データベース blast, fasta nr-nt 制限なし
NR-AA 重複を取り除いたアミノ酸配列データベース blast, fasta, diamond, ghostx nr-aa 制限なし
NCBI BLASTデータベース NCBIで公開されているBLASTデータベース
(nr, nt, swissprot, refseq_protein, 等)
blast, fasta, diamond, ghostx ncbi 制限なし
UniProt/Swiss-Prot アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx swissprot 制限なし
UniProt/TrEMBL アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx trembl 制限なし
UniRef アミノ酸配列データベース blast, fasta, diamond uniref 制限なし
dbEST EST(Expressed Sequence Tags)配列 blast, fasta dbest 制限なし
dbGSS GSS(Genome Survey Sequences)配列 blast, fasta dbgss 制限なし
dbSTS STS(Sequence Taged Sites)配列 blast, fasta dbsts 制限なし
Silva リボソームRNA配列データベース dbget, blast, fasta silva Academic
RDP リボソームRNA配列データベース dbget, blast, fasta rdp 制限なし
PR2 リボソームRNA配列データベース dbget, blast, fasta pr2 制限なし
PDBSTR PDBのアミノ酸配列 blast, fasta, diamond pdbstr 制限なし
Pfam タンパク質ドメインファミリー dbget, hmmer Pfam 制限なし
NCBI CDD NCBI Conserved Domain Database dbget, rpsblast ncbi-cdd 制限なし