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スパコンシステムで利用可能なアプリケーションやデータベースについて以下にお知らせします。


moduleコマンド


コンパイラ等

分類名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
コンパイラ GCC4.7 〜 10.1gccgcc,g++,gfortran全て制限なし
Intel2015 〜 2020.1intelicc,ifort全て非営利
PGI Fortran19.10pgipgfortran全て非営利
性能解析ツールIntel VTune2019,2020intelamplxe-cl,amplxe-gui全て非営利
GPUCUDA7.5, 8.0, 9.2, 10.1cudanvccAPG制限なし
MPIライブラリMPICH3.2, 3.3mpichmpicc,mpirun全て制限なし
Open MPI3.0.5openmpimpicc,mpirun全て制限なし
行列演算ライブラリOpenBLAS0.3.3, 0.3.6OpenBLAS-全て制限なし(BSD License)
プログラミング言語 Julia1.2.0, 1.3.1, 1.4.0juliajulia全て制限なし
Perl5.18.4perlperl全て制限なし
Ruby2.0.0 〜 2.6.5rubyruby, gem全て制限なし
Python2.7.11 〜 3.7.5Pythonpython, pip全て制限なし

数学

分類名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
統計解析言語R3.2.5, 3.3.2, 3.4.0,
3.5.0, 3.5.3, 3.6.1,
4.0.0
RR,Rscript全て制限なし(GPLv2)
数式処理Mathematica12.1.0mathmath,mathematica全て京都大学内(宇治)
Mathematica | Online12.1.0---制限なし
GNU Octave5.1.0octaveoctave,octave-cli全て制限なし(GPLv3)

ディープラーニング

名称バージョンモジュール名キューPython利用範囲
Caffe1.0caffeAPG3.6制限なし(BSD 2-Clause license)
Chainer7.0.0chainerAPG3.6制限なし(MIT License)
TensorFlow2.2.0gputensorflowAPG3.7.5制限なし(Apache License 2.0)

計算化学

名称に★がついているアプリケーションはGPU対応版も利用可能です。
名称に☆がついているアプリケーションは性能評価試験の結果が示されています。性能評価試験の結果はこちらを参照ください。

分類名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
化合物DB CSD2020CSDcq-京都大学内(宇治・桂・吉田)
Reaxys----京都大学所属もしくはその他
計算化学
統合パッケージ
Materials Studio ☆2020ms/20.1-全て京都大学内(宇治・桂・吉田)
Discovery Studio2020--全て京都大学内(宇治・桂・吉田)
SCIGRESS2.9.1--全て京都大学内(宇治・桂・吉田)
Materials Science Suite2020.1--全て京都大学内(宇治)
量子化学 ADF2019.302adfadf全て京都大学内(宇治)
GAMESS ☆2019.9.30gamessgamess全て制限なし
Gaussian16 ☆G16c01g16/c01rung16全て制限なし
GaussView66.1g16/c01gvapfe1制限なし
Gaussian09G09e01g09/e01rung09全て制限なし
Gaussian/GaussView
サイトライセンス
----京都大学内(宇治)
ORCA(外部)4.2.1orca/4.2.1orca全て制限なし
Q-Chem5.2qchem/5.2qchem全て非営利
QUANTUM ESPRESSO6.4.1qe/6.4.1cp.x,pw.x全て制限なし
octopus(外部)9.1octopus/9.1octopus全て制限なし
分子動力学 AMBER ☆★18amber/18pmemd,sander全て非営利
Gromacs ★2020.2gromacs/2020.2gmx_mpi全て制限なし
LAMMPS ☆★3 Mar 20lammps/2003lmp_intel_cpu全て制限なし
lammps/2003gpulmp_intel_gpuAPG制限なし
NAMD ★2.13namd/2.13 または namd/2.13gpunamd2全て非営利
可視化・描画 gnuplot5.2.7-gnuplotapfe1制限なし
grace5.1.25grace/5.1.25xmgraceapfe1制限なし
molden6.2molden/6.2moldenapfe1非営利
VMD ★1.9.3vmd/1.9.3vmdapfe1制限なし
xcrysden1.6.2xcrysden/1.6.2xcrysdenapfe1制限なし
ツール関連 OpenBabel3.0.0babel/3.0.0obabel全て制限なし

バイオインフォマティクス

無償バイオインフォマティクスソフトウェアのインストールのご用命はspradm@scl.kyoto-u.ac.jpまでご連絡下さい。

名称 (外部サイトリンク)概要モジュール名キュー利用範囲
ABySS アセンブリング abyss 全て 制限なし(GPLv3)
ALLPATHS-LG アセンブリング allpathslg 全て 制限なし
AMOS アセンブリング amos 全て 制限なし(Artistic)
ANIcalculator 2つのゲノム配列の average nucleotide identity (ANI) を計算。 ANIcalculator 全て 学術利用, 非営利
Anvi'o オミックス解析 anvio 全て 制限なし(GPLv3)
AUGUSTUS 真核生物の遺伝子予測 augustus 全て 制限なし(Artistic License)
BamM BAMファイル操作 bamm 全て 制限なし(LGPLv3)
bamtools BAMファイル操作 bamtools 全て 制限なし(MIT)
barrnap ゲノム配列からrRNA配列を検出 barrnap 全て 制限なし(GPLv3)
bcftools VCF, BCFファイル操作 bcftools 全て 制限なし(MIT/Expat)
bedtools BAM, BED, GFF/GTF, VCFファイル操作 bedtools 全て 制限なし(GPLv2)
Binning_refiner 複数のビニングツールの結果をまとめ、改善 Binning_refiner 全て 制限なし(AGPLv3)
BinSanity メタゲノム解析(ビニング) BinSanity 全て 制限なし(GPLv3)
Bio++ C++のバイオインフォマティクス用ライブラリ Bio++ 全て 制限なし
Bioconductor Rのバイオインフォマティクス用ライブラリ Bioconductor, R 全て 制限なし(Artistic 2.0, GPLv2, or BSD)
BioPerl バイオインフォマティクス用ライブラリ BioPerl, perl 全て 制限なし(Artistic, GPLv3)
Biopython バイオインフォマティクス用ライブラリ Biopython, Python 全て 制限なし
BioRuby バイオインフォマティクス用ライブラリ BioRuby, ruby 全て 制限なし
BLAST+ ホモロジー検索 blast+ 全て 制限なし(PDS)
BLAT ホモロジー検索 blat 全て 学術利用、非営利
Bowtie マッピング bowtie 全て 制限なし(Artistic License)
Bowtie2 マッピング bowtie2 全て 制限なし(GPLv3)
BUSCO アセンブリの評価 busco 全て 制限なし(MIT)
BWA マッピング bwa 全て 制限なし(GPLv3, MIT)
canu アセンブリング canu 全て 制限なし
cap3 アセンブリング cap3 全て 制限なし
cdbfasta マルチFASTAファイルのインデックス化・配列拾得 cdbfasta 全て 制限なし(Artistic License)
CD-HIT 配列クラスタリング cd-hit 全て 制限なし(GPLv2)
Celera Assembler アセンブリング wgs 全て 制限なし(GPLv2)
Centrifuge メタゲノム解析(ビニング) centrifuge 全て 制限なし(GPLv3)
CGAT Scripts NGS解析ツール集 cgat 全て 制限なし
CheckM メタゲノム解析 CheckM 全て 制限なし(GPLv3)
Clearcut 系統樹作成 clearcut 全て 制限なし
Clustal Omega マルチプルアラインメント clustal-omega 全て 制限なし(GPLv2)
ClustalW2 マルチプルアラインメント clustalw2 全て 制限なし(GPLv3)
cmpfastq ペアエンド配列の抽出 cmpfastq 全て 制限なし(GPLv3)
COCACOLA (Python版) メタゲノム解析(ビニング) COCACOLA 全て 制限なし(GPLv3)
CoLoRMap NGS解析 colormap 全て 制限なし(GPLv3)
CONCOCT メタゲノム解析(ビニング) concoct 全て 制限なし
CoverM メタゲノム解析 coverm 全て 制限なし(GPLv3)
CRISPRCasFinder DNA配列中のCRISPRアレイ・Casタンパク質を同定 CRISPRCasFinder 全て 制限なし(GPLv3)
CUDASW++ GPUを使用したSmith-Waterman ホモロジー検索 cudasw++ APG
Cufflinks 遺伝子構造予測 cufflinks 全て 制限なし(Boost License)
cutadapt アダプター配列除去 cutadapt, Python 全て 制限なし(MIT)
DAS Tool メタゲノム解析(ビニング) DAS_Tool 全て 制限なし
DBGET 統合データベース検索システム dbget 全て 制限なし
DIAMOND ホモロジー検索 diamond 全て 制限なし(AGPLv3)
DISCOVAR 変異の検出 discovar 全て 制限なし
DISCOVAR de novo アセンブリング discovardenovo 全て 制限なし
dRep ゲノム配列比較 dRep 全て 制限なし
ea-utils FASTQファイル操作 ea-utils 全て 制限なし
elPrep BAM, SAMファイル操作 elprep 全て 制限なし(GNU Affero General Public License)
ELSA Extended Local Similarity Analysis elsa 全て 制限なし
EMBOSS バイオインフォマティクスツール群 EMBOSS 全て 制限なし(GPL)
ETE Toolkit 系統樹作成 ete 全て 制限なし
Exonerate ペアワイズアラインメント exonerate 全て 制限なし(GPL)
eXpress RNA-seq 発現解析 express 全て 制限なし(Artistic License 2.0)
FAST 配列操作 FAST 全て 制限なし(Artistic License 2.0)
FASTA ホモロジー検索 fasta 全て 制限なし(Apache License 2.0)
FastANI ゲノム配列の average nucleotide identity (ANI) を計算。 fastani 全て 制限なし(Apache License 2.0)
FASTA Splitter FASTAファイル分割ツール fasta-splitter 全て 制限なし(zlib/libpng license)
FastME 系統樹作成 fastme 全て 制限なし(GPLv3)
FastQC FASTQファイルのクオリティチェック fastqc 全て 制限なし(GPLv3)
FASTQ Splitter FASTQファイル分割ツール fastq-splitter 全て 制限なし(zlib/libpng license)
FastSpar 微生物種間ネットワーク作成 fastspar 全て 制限なし(GPLv3)
FastTree 系統樹作成 FastTree 全て 制限なし
FastTreeMP 系統樹作成(FastTreeのOpenMP並列化版) FastTreeMP 全て 制限なし
FastUniq FASTQファイル操作 FastUniq 全て 制限なし
Flye ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用アセンブラー flye 全て 制限なし(BSD)
FASTX-Toolkit fastq/fastaファイル操作 fastx_toolkit 全て 制限なし(GPLv3, MIT)
FigTree 系統樹ビューア figtree apfe1
FLASH ペアエンド配列を結合 flash 全て 制限なし(GPLv3)
fqtools FASTQファイル操作 fqtools 全て 制限なし(GPLv3)
FragGeneScan ショートリード配列中の遺伝子(断片)を検出 FragGeneScan 全て 制限なし(GPL)
fxtract 指定された部分配列を含む配列をfasta/fastq ファイルから抽出 fxtract 全て 制限なし(MIT)
gatk NGS変異解析 gatk 全て 非営利(バージョン3以前)
制限なし(バージョン4以降)
GeneMarkS 遺伝子予測 GeneMarkS 全て 学術利用
genewise wise2
ghostx ホモロジー検索 ghostx 全て 制限なし
ghostz ホモロジー検索 ghostz 全て 制限なし
GLEAN 遺伝子予測 glean 全て 制限なし(Artistic License)
glimmer 遺伝子予測 glimmer 全て 制限なし
GPU MrBayes GPU版MrBayes gpu-mrbayes APG 制限なし(GPLv2)
GraftM 遺伝子予測 graftM 全て 学術利用, 非営利(Silva)
GraPhlAn 分岐図作成 graphlan 全て 制限なし
GLUVAB ウイルス分類ツール GLUVAB 全て 制限なし(GPLv3)
gs2 系統樹作成 gs2 全て 制限なし(GPLv3)
GTDB-Tk 細菌、古細菌の分類 gtdbtk 全て 制限なし(GPLv3)
HISAT2 マッピング hisat2 全て 制限なし(GPLv3)
HMMER モチーフ検索 hmmer 全て 制限なし(GPLv3)
HHsuite HMMを利用したホモロジー検索 hhsuite 全て 制限なし(GPLv3)
HUMAnN2 メタゲノム解析 humann2 全て 制限なし(MIT)
HTSeq BAM, SAMファイル操作 htseq, Python/2.7* 全て 制限なし(GPLv3)
IDBA アセンブリング idba 全て 制限なし(GPLv2)
IGV ゲノムビューア IGV apfe1 制限なし(MIT)
Infernal RNAアラインメント予測 infernal 全て 制限なし(BSD)
InterProScan モチーフ検索 InterProScan 全て 制限なし(Apache license)
IQ-TREE 系統樹作成 iqtree 全て 制限なし(GPLv2)
JELLYFISH Kmerカウント jellyfish 全て 制限なし(GPLv3)
Kaiju メタゲノム解析(生物種分類) kaiju 全て 制限なし(GPLv3)
kallisto 発現量解析 kallisto 全て 非営利(バージョン0.43.0以前)
制限なし(バージョン 0.43.1以降)
KofamScan 遺伝子機能予測 kofamscan 全て 制限なし(MIT)
Kraken メタゲノム解析 kraken 全て 制限なし(GPLv3)
Krona 階層データの可視化 krona 全て 制限なし
LAST ゲノム配列アラインメント last 全て 制限なし(GPLv3)
LEfSe メタゲノム解析 lefse 全て 制限なし
LTR_Finder ゲノム配列中の LTR (long terminal repeat) 型レトロトランスポゾンを検出 ltr_finder 全て 非営利
MacSyFinder アミノ酸配列のデータセットから macromolecular systems, genetic pathways をモデル化・同定 macsyfinder 全て 制限なし(GPLv3)
MafFilter ゲノムアラインメント maffilter 全て 制限なし(GPLv3)
MAFFT マルチプルアラインメント mafft 全て 制限なし(BSD)
Mash ゲノム配列、メタゲノム配列の比較 mash 全て 制限なし
MaSuRCA アセンブリング masurca 全て 制限なし(GPLv3)
MaxBin メタゲノム解析(ビニング) MaxBin 全て 制限なし
MEGAHIT メタゲノム用アセンブラー megahit 全て 制限なし(GPLv3)
MeGAMerge メタゲノム解析 MeGAMerge 全て 制限なし
MEME モチーフ検索 meme 全て 学術利用, 非営利
MetaBAT2 メタゲノム解析(ビニング) MetaBAT2 全て 制限なし
MetaGeneAnnotator 遺伝子予測 MetaGeneAnnotator 全て 制限なし
MetAMOS メタゲノム解析 metamos 全て 制限なし
MetaPhlAn v2.0 メタゲノム解析 metaphlan2 全て 制限なし
MetaVelvet メタゲノム用アセンブラー metavelvet 全て 制限なし(GPLv3)
metaWRAP メタゲノム解析パイプライン(QC、アセンブル、生物種推定、ビニング、機能アノテーション) metaWRAP 全て 制限なし(MIT)
Metaxa2 メタゲノム解析(生物種の同定) Metaxa2 全て 制限なし(GPLv3)
MinCED ゲノム/メタゲノム配列中のCRISPRsを同定 minced 全て 制限なし(GPLv3)
Minia アセンブリング minia 全て 制限なし(AGPLv3)
Minimap2 マッピング minimap2 全て 制限なし(MIT)
MIRA アセンブリング mira 全て 制限なし(GPLv2)
MMseq2 ホモロジー検索、配列クラスタリング mmseq2 全て 制限なし(GPLv3)
mothur メタゲノム解析 mothur 全て 制限なし(GPLv3)
MrBayes 系統樹作成 mrbayes 全て 制限なし(GPLv2)
Mugsy ゲノム配列のマルチプルアラインメント mugsy 全て 制限なし(Artistic License 2.0)
MUMmer ゲノムアラインメント MUMmer 全て 制限なし(Artistic License)
MUSCLE マルチプルアラインメント muscle 全て 制限なし(Public Domain)
MyCC メタゲノム解析パイプライン MyCC 全て -
Oligotyping 16S rRNA配列解析 Oligotyping, Python 全て 制限なし(GPLv2)
OrthoFinder オーソログ解析 orthofinder 全て 制限なし(GPLv3)
OrfM メタゲノム用ORF予測 orfm 全て 制限なし(LGPLv3)
ncbi-genome-download NCBI Genomeダウンロードツール ncbi-genome-download 全て 制限なし(Apache License 2.0)
NxTrim プライマー配列除去 NxTrim 全て 制限なし
ParDRe 重複したショートリード配列を除去 ParDRe 全て 制限なし(GPLv3)
parsnp ゲノム同士のマルチプルアラインメントを行い、系統樹、変異を出力 parsnp 全て 制限なし
PbsExitStatus ジョブ実行支援 - 全て 制限なし
PHYLIP 系統樹作成 phylip 全て 制限なし
PhyloBayesMPI 系統樹作成 PhyloBayesMPI 全て 制限なし(GPLv2)
PhyloPhlAn メタゲノム解析 phylophlan 全て 制限なし
PhyloSift メタゲノム配列の系統樹解析、生物種分類 phylosift 全て 制限なし(GPL)
PhyML 系統樹作成 phyml, phyml-mpi 全て 制限なし(GPLv3)
Picard NGSファイル操作 picard-tools 全て 制限なし(MIT)
PICRUSt 16S rRNA配列解析 PICRUSt 全て 制限なし(GPLv3)
PICRUSt2 16S rRNA配列解析 PICRUSt2 全て 制限なし(GPLv3)
pilon ドラフトゲノムのポリッシング、変異の検出 pilon 全て 制限なし(GPLv2)
PlasFlow メタゲノム配列からプラスミド配列を予測 plasflow 全て 制限なし(GPLv3)
Platanus アセンブリング platanus 全て 制限なし(GPLv3)
pplacer メタゲノム解析 pplacer 全て 制限なし(GPLv3)
PRANK マルチプルアラインメント prank 全て 制限なし(GPL)
PRINSEQ-lite FASTQ/FASTAファイル操作、QC(クォリティコントロール) prinseq-lite 全て 制限なし(GPLv3)
PRINSEQ++ FASTQ/FASTAファイル操作、QC(クォリティコントロール) prinseq++ 全て 制限なし(GPLv2)
Prodigal 遺伝子予測 prodigal 全て 制限なし(GPLv3)
Prokka 原核生物ゲノムのアノテーション prokka 全て 制限なし(GPLv3)
PRRN マルチプルアラインメント prrn 全て 制限なし(GPLv2)
ps_scan モチーフ検索 ps_scan 全て 制限なし(GPLv2)
PSORTm 細胞内のタンパク質局在部位の予測(メタゲノムデータ用) psortm 全て 制限なし(GPLv3)
Pullseq fasta, fastqファイルから配列を抽出 pullseq 全て 制限なし
pyani ゲノム配列の average nucleotide identity (ANI) を計算。 pyani 全て 制限なし(MIT)
QIIME メタゲノム解析(菌叢解析パイプライン) qiime 全て 制限なし(GPLv2)
QIIME2 メタゲノム解析(菌叢解析パイプライン) qiime2 全て 制限なし(BSD 3-Clause License)
qsubarraypbs ジョブ実行支援 - 全て 制限なし
QUAST アセンブリの評価 quast 全て 制限なし(GPLv2)
Racon ロングリードのドラフトゲノムからコンセンサス配列を出力 racon 全て 制限なし(MIT)
RAPSearch ホモロジー検索 RAPSearch 全て 制限なし
raxml 系統樹作成 raxml 全て 制限なし(GPLv3)
Ray アセンブリング Ray 全て 制限なし(GPLv3)
RDP Classifier 16S rRNA配列解析 rdp_classifier 全て 制限なし(GPLv2)
reapr アセンブリの評価 reapr 全て 制限なし(GPLv3)
RepeatMasker ゲノム配列中のリピート配列をマスク RepeatMasker 全て 制限なし(Open Software License v2.1)
RNAmmer ゲノム配列からrRNA配列を検出 rnammer 全て 学術利用、非営利
RNAMotif RNAの2次構造予測 rnamotif 全て 制限なし(GPL)
RSEM RNA-Seq解析 RSEM 全て 制限なし(GPLv3)
rtax 16S rRNA系統解析 rtax 全て 制限なし
Salmon RNA-Seq解析 salmon 全て 制限なし(GPLv3)
Samtools SAM/BAM/CRAM ファイル操作 samtools 全て 制限なし(BSD, MIT)
SeaView マルチプルアラインメント・系統樹ビューア/エディタ seaview apfe1 制限なし(GPLv3)
SeqKit FASTA/FASTQ ファイル操作 seqkit 全て 制限なし(MIT)
Seqtk FASTA/FASTQ ファイル操作 seqtk 全て 制限なし(MIT)
SIMCOMP 化合物構造検索 simcomp 全て 制限なし
Simka メタゲノム解析 simka 全て 制限なし(AGPLv3)
sleuth RNA-seq 解析 sleuth 全て 制限なし(GPLv3)
SNAP 遺伝子予測 SNAP 全て 制限なし(GPL)
SNAP マッピング snap-aligner 全て 制限なし(Apache License 2.0)
snoscan ゲノム配列中のbox C/D型snoRNA遺伝子を予測 snoscan 全て 制限なし(GPLv2)
soap2 マッピング soap2 全て 制限なし
soap3-dp GPUを利用したマッピング soap3-dp APG 制限なし(GPLv2)
SOAPdenovo アセンブリング SOAPdenovo 全て 制限なし(GPLv3)
SortMeRNA 16S rRNA系統解析 sortmerna 全て 制限なし
SPAdes アセンブリング SPAdes 全て 制限なし(GPLv2)
SRA Toolkit SRAファイル操作 sratoolkit 全て 制限なし
ssearch Smith-Waterman ホモロジー検索 ssearch 全て 制限なし(Apache License 2.0)
SSU-ALIGN SSU rRNAの構造アラインメント ssu-align 全て 制限なし(BSD)
STAR RNA-Seq用マッピングツール STAR 全て 制限なし(GPLv3)
StringTie RNA-Seq解析 stringtie 全て 制限なし(Artistic License)
SUBCOMP 化合物部分構造検索 subcomp 全て 制限なし
subread マッピング、リードカウント subread 全て 制限なし(GPLv3)
sumaclust 配列クラスタリング sumaclust 全て 制限なし
sumatra ペアワイズアラインメント sumatra 全て 制限なし
swarm アンプリコン解析 swarm 全て 制限なし(AGPLv3)
T-Coffee マルチプルアラインメント t_coffee 全て 制限なし(GPLv3)
TopHat RNA-Seq解析 tophat 全て 制限なし(Artistic License)
TopHat2 RNA-Seq解析 tophat2 全て 制限なし(BSL 1.0)
TRF 縦列型反復配列の検出 trf 全て 制限なし
trimAl マルチプルアラインメント整形ツール trimal 全て 制限なし(GPLv3)
Trimmomatic アダプター配列除去 trimmomatic 全て 制限なし(GPLv3)
trinity RNA-Seqアセンブリング trinity 全て 制限なし
tRNAscan-SE ゲノム配列からrRNA配列を検出 tRNAscan-SE 全て 制限なし(GPLv3)
Unicycler ショートリード、ロングリードに対応したバクテリア用アセンブラー unicycler 全て 制限なし(LGPLv3)
32-bit USEARCH ホモロジー検索 usearch 全て 制限なし
VALET メタゲノムアセンブリの評価 valet 全て 制限なし(MIT)
VCFtools VCFファイル操作 vcftools 全て 制限なし(LGPLv3)
vConTACT2 ウィルスの分類 vcontact2 全て 制限なし(GPLv3)
Velvet アセンブリング velvet 全て 制限なし(GPLv2)
VennPainter ベン図作成 VennPainter 全て 制限なし(LGPL v2.1)
viromeQC ヴィローム解析 viromeqc 全て 制限なし
VirSorter 微生物ゲノムデータからウィルスゲノムを抽出 VirSorter 全て 制限なし(GPLv2)
VirHostMatcher ウィルスのホストを予測 VirHostMatcher 全て 学術利用, 非営利
VSEARCH ホモロジー検索 vsearch 全て 制限なし(GPLv3, BSD)
wise2 ペアワイズアラインメント wise2, genewise 全て 制限なし
wtdbg2 ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用アセンブラー wtdbg2 全て 制限なし(GPLv3)

その他

名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
LibreOffice6.4LibreOfficesoffice, scalc, simpress, swriterapfe1制限なし(MPL v2.0)

ownCloud 計算サービス

GenomeNet ownCloud 計算サービスの利用を開始する際には事前に準備が必要ですので、利用をご希望の際はスパコンシステムにお知らせください。

名称概要利用範囲
ETE 系統樹作成 制限なし

バイオインフォマティクスデータベース

名称概要種別ディレクトリ名利用範囲
GenBank 塩基配列データベース dbget, blast, fasta genbank 制限なし
GenBank-upd 塩基配列データベース dbget, blast, fasta genbank-upd 制限なし
GenPept GenBankに登録されているCDSを翻訳したアミノ酸配列データベース blast, fasta, diamond, ghostx genpept 制限なし
GenPept-upd GenBankに登録されているCDSを翻訳したアミノ酸配列データベース blast, fasta genpept-upd 制限なし
RefSeq 塩基配列・アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx refseq 制限なし
MGENES メタゲノム情報 dbget, blast, fasta mgenes 制限なし
NR-NT 重複を取り除いた塩基配列データベース blast, fasta nr-nt 制限なし
NR-AA 重複を取り除いたアミノ酸配列データベース blast, fasta, diamond, ghostx nr-aa 制限なし
NCBI BLASTデータベース NCBIで公開されているBLASTデータベース
(nr, nt, swissprot, refseq_protein, 等)
blast, fasta, diamond, ghostx ncbi 制限なし
UniProt/Swiss-Prot アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx swissprot 制限なし
UniProt/TrEMBL アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx trembl 制限なし
UniRef アミノ酸配列データベース blast, fasta, diamond uniref 制限なし
dbEST EST(Expressed Sequence Tags)配列 blast, fasta dbest 制限なし
dbGSS GSS(Genome Survey Sequences)配列 blast, fasta dbgss 制限なし
dbSTS STS(Sequence Taged Sites)配列 blast, fasta dbsts 制限なし
Silva リボソームRNA配列データベース dbget, blast, fasta silva Academic
RDP リボソームRNA配列データベース dbget, blast, fasta rdp 制限なし
PR2 リボソームRNA配列データベース dbget, blast, fasta pr2 制限なし
PDBSTR PDBのアミノ酸配列 blast, fasta, diamond pdbstr 制限なし
Pfam タンパク質ドメインファミリー dbget, hmmer Pfam 制限なし
NCBI CDD NCBI Conserved Domain Database dbget, rpsblast ncbi-cdd 制限なし