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スパコンシステムで利用可能なアプリケーションやデータベースについて以下にお知らせします。
- 「キュー」で示されたキューについて詳しくはこちらを参照ください。
- 「利用範囲」とは、そのアプリケーションが利用可能なユーザの範囲を示しています。 「京都大学内（宇治）」は京都大学宇治キャンパスユーザのみ、 「京都大学内（宇治・桂・吉田）」は京都大学の宇治・桂・吉田の３キャンパスユーザのみ、 「非営利」は大学や公的研究機関等の営利を目的としない施設のユーザに制限されています。
- 各アプリケーションのオンラインマニュアルを参照するためにはユーザ認証が必要です。その場合、ユーザ名およびパスワードを入力してください。
- 「バージョン」とは、スパコンシステムにて利用可能な最新バージョンです。 過去にインストールされたことのあるバージョンであれば、moduleコマンドによる指定でそのバージョンを利用することも可能です。 どのバージョンが利用可能であるかについては、各アプリケーションのページを参照ください。
- Materials Studio および Discovery Studio については、 アプリケーション利用に対する負担金が別途かかります。
【補足および注意点】
moduleコマンド
- スパコンシステムのアプリケーションの多くは Environment Modules (以下、module コマンドと表記)で管理されています。 利用したいアプリケーションの module を読み込む(loadする)ことで、そのアプリケーションが利用できるようになります。
- 以下の表で「モジュール名」のあるアプリケーションでは、コマンド実行前に module load "モジュール名"を実行してください。
- module コマンドの使い方はこちらをご覧ください。
コンパイラ等
| 分類 | 名称 | バージョン | モジュール名 | 主なコマンド | キュー | 利用範囲 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| コンパイラ | GCC | 4.7 - 14.2 | gcc | gcc,g++,gfortran | 全て | 制限なし |
| Intel oneAPI | 2022 - 2025 | - | ifort,icc,icpc(※2025以降は利用不可) icx,icpx,ifx | 全て | 制限なし | |
| 性能解析ツール | Intel VTune | 2022 - 2025 | intel | amplxe-cl,amplxe-gui | 全て | 非営利 |
| GPU | CUDA | 7.5 ～ 12.6 | cuda | nvcc | APG | 制限なし |
| NVIDIA HPC SDK | 20.9 - 24.11 | nvhpc | nvcc,nvc,nvc++,nvfortran | 全て | 制限なし | |
| MPIライブラリ | Intel MPI | 2021 | mpi | mpicc,mpirun | 全て | 制限なし |
| MPICH | 3.2, 3.3, 4.2.2 | mpich | mpicc,mpirun | 全て | 制限なし | |
| Open MPI | 4.1.6, 5.0.3 | openmpi | mpicc,mpirun | 全て | 制限なし | |
| MVAPICH | 2.3.7-1, 3.0 | mvapich2, mvapich | mpicc,mpirun | 全て | 制限なし | |
| 数値演算ライブラリ | Intel oneMKL | 2022 - 2025 | mkl | - | 全て | 制限なし | OpenBLAS | 0.3.6, 0.3.17, 0.3.25, 0.3.26 | OpenBLAS | - | 全て | 制限なし(BSD License) | scaLAPACK | 2.2.2 | scalapack | - | 全て | 制限なし | FFTW | 3.3.10 | fftw | - | 全て | 制限なし |
| プログラミング言語 | Julia | 1.2.0, 1.3.1, 1.4.0 | julia | julia | 全て | 制限なし | Perl | 5.38.2 | perl | perl, cpan | 全て | 制限なし | Ruby | 2.0.0 〜 2.6.5 | ruby, gem | ruby, gem | 全て | 制限なし | Python | 2.7.11 〜 3.12.7 | Python | python, pip | 全て | 制限なし |
数学
| 分類 | 名称 | バージョン | モジュール名 | 主なコマンド | キュー | 利用範囲 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 統計解析言語 | R | 4.0.0, 4.1.2, 4.3.2, 4.4.1 | R | R,Rscript | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| 数式処理 | Mathematica | 14.3.0 | math | math,mathematica | 全て | 京都大学内（宇治） |
| GNU Octave | 10.1.0 | - | octave,octave-cli | 全て | 制限なし(GPLv3) |
機械学習・ディープラーニング
| 名称 | モジュール名 | キュー | 利用範囲 |
|---|---|---|---|
| scikit-learn | Python(*), pytorch/2.4.1 | 全て | 制限なし(BSD 3-Clause license) |
| LightGBM | Python, pytorch/2.4.1 | 全て | 制限なし(MIT license) |
| CatBoost | Python, pytorch/2.4.1 | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| XGBoost | Python, pytorch/2.4.1 | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| PyTorch | pytorch, nvidia-pytorch | 全て | 制限なし |
| TensorFlow | nvidia-tensorflow | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| JupyterLab | Python, pytorch, nvidia-pytorch, nvidia-tensorflow | 全て | 制限なし(BSD 3-Clause License) |
| cuDF | nvidia-pytorch/24.01-py3, nvidia-tensorflow/24.01-tf2-py3 | APG | 制限なし(Apache License 2.0) |
(*) Python には numpy, scipy, pandas, matplotlib, seaborn なども含まれています。
計算化学
名称に★がついているアプリケーションはGPU対応版も利用可能です。
| 分類 | 名称 | バージョン | モジュール名 | 主なコマンド | キュー | 利用範囲 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 化合物DB | CSD | 2025.2 | CSD | cq | - | 京都大学内（宇治） | 計算化学 統合パッケージ |
Materials Studio★ | 2025 | ms | - | 全て | 京都大学内（宇治・桂・吉田） | Discovery Studio★ | 2025 | - | - | 全て | 京都大学内（宇治・桂・吉田） | Materials Science Suite★ | 2025.4 | - | - | 全て | 京都大学内（宇治） | 量子化学 | ADF | 2025.102 | adf | ams | 全て | 京都大学内（宇治） | CASTEP (STFC版) | 24.1 | castep | castep.serial castep.mpi | APGを除く全て | 非営利 | CP2K | 2025.1 | cp2k | cp2k | APGを除く全て | 制限なし | GAMESS | 2024.7.15 | gamess | gamess | 全て | 制限なし | Gaussian16 | G16c01 | g16 | rung16 | 全て | 制限なし | GaussView6 | 6.1 | g16 | gv | fe1 | 制限なし | Gaussian/GaussView サイトライセンス | - | - | - | - | 京都大学内（宇治） | Molpro | 2025.4 | molpro | molpro | 全て | 京都大学内（宇治) | MOPAC7 | 7 | mopac/7 | runmopac | 全て | 制限なし | MOPAC2016 | 2016 | mopac/2016 | mopac | 全て | 非営利 | NWChem ★ | 7.2.3 | nwchem | nwchem | 全て | 制限なし | octopus(外部) | 13.0 | octopus | octopus | 全て | 制限なし | Q-Chem | 6.3.1 | qchem | qchem | 全て | 非営利 | QUANTUM ESPRESSO | 7.4.1 | qe | cp.x,pw.x | 全て | 制限なし | TURBOMOLE | 7.9 | turbomole | - | 全て | 京都大学内(化研) | Yambo(外部) | 5.0.4 | yambo | yambo | 全て | 制限なし | 分子動力学 | AMBER ★ | 24 | amber | pmemd,sander | 全て | 非営利 | Gromacs ★ | 2024.4 | gromacs | gmx,gmx_d, gmx_mpi,gmx_mpi_d | 全て | 制限なし | LAMMPS ★ | 22 Jul 2025 | lammps | lmp_intel_cpu,lmp_intel_gpu | 全て | 制限なし | NAMD ★ | 3.0 | namd | namd3 | 全て | 非営利 | X線構造解析 | XPLOR-NIH(外部) | 3.8 | xplor-nih | xplor | fe1 | 非営利 | CNSsolve(外部) | 1.3 | cnssolve | cns_solve | fe1 | 非営利 | XDS(外部) | Jun 30,2023 | xds | xds,xds-viewer,xdsgui,xdsstat,xdsme | fe1 | 非営利 | 可視化・描画 | Avogadro2(外部) | 1.100.0 | avogadro2 | avogadro2 | fe1 | 制限なし | gnuplot(外部) | 6.0.2 | gnuplot | gnuplot | fe1 | 制限なし | grace | 5.1.25 | - | xmgrace | fe1 | 制限なし | molden | 6.2 | molden | molden | fe1 | 非営利 | VMD ★(外部) | 1.9.4, 2.0.0a5 | vmd | vmd | fe1 | 制限なし | xcrysden(外部) | 1.6.2 | xcrysden | xcrysden | fe1 | 制限なし | ツール関連 | OpenBabel(外部) | 3.1.1 | openbabel | obabel,obgui | 全て | 制限なし |
バイオインフォマティクス
無償バイオインフォマティクスソフトウェアのインストールのご用命はspradm@scl.kyoto-u.ac.jpまでご連絡下さい。
| 名称 (外部サイトリンク) | 概要 | モジュール名 | キュー | 利用範囲 |
|---|---|---|---|---|
| ABySS | アセンブリング | abyss | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| ALLPATHS-LG | アセンブリング | allpathslg | 全て | 制限なし |
| AlphaFold2 | タンパク質立体構造予測 | AlphaFold | 全て | 制限なし (ver 2.1.2以降) 学術利用, 非営利 (ver 2.1.1以前) |
| AlphaFold3 | タンパク質立体構造予測 | AlphaFold3 | APG | 学術利用, 非営利 |
| AMOS | アセンブリング | amos | 全て | 制限なし(Artistic) |
| antiSMASH | ゲノム内の共起する生合成遺伝子のクラスター Biosynthetic Gene Clusters（BGCs）を検出 | antismash | 全て | 学術利用, 非営利(MEMEを使用しているため) |
| Anvi'o | オミックス解析 | anvio | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| AUGUSTUS | 真核生物の遺伝子予測 | augustus | 全て | 制限なし(Artistic License) |
| BamM | BAMファイル操作 | bamm | 全て | 制限なし(LGPLv3) |
| bamtools | BAMファイル操作 | bamtools | 全て | 制限なし(MIT) |
| barrnap | ゲノム配列からrRNA配列を検出 | barrnap | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| BASALT | メタゲノム解析(ビニング) | BASALT | 全て | 制限なし(MIT) |
| BBTools, BBMap | NGS解析ツール集 | bbmap | 全て | 制限なし |
| bcftools | VCF, BCFファイル操作 | bcftools | 全て | 制限なし(MIT/Expat) |
| bedtools | BAM, BED, GFF/GTF, VCFファイル操作 | bedtools | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| Binning_refiner | 複数のビニングツールの結果をまとめ、改善 | Binning_refiner | 全て | 制限なし(AGPLv3) |
| BinSanity | メタゲノム解析(ビニング) | BinSanity | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Bio++ | C++のバイオインフォマティクス用ライブラリ | Bio++ | 全て | 制限なし |
| Bioconductor | Rのバイオインフォマティクス用ライブラリ | Bioconductor, R | 全て | 制限なし(Artistic 2.0, GPLv2, or BSD) |
| BioPerl | バイオインフォマティクス用ライブラリ | BioPerl, perl | 全て | 制限なし(Artistic, GPLv3) |
| Biopython | バイオインフォマティクス用ライブラリ | Biopython, Python | 全て | 制限なし |
| BioRuby | バイオインフォマティクス用ライブラリ | BioRuby, ruby | 全て | 制限なし |
| BLAST+ | ホモロジー検索 | blast+ | 全て | 制限なし(PDS) |
| BlobTools | ゲノムデータの可視化、クオリティコントロール、taxonomic partitioning | blobtools | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Bonito | オックスフォード・ナノポア用ベースコーラー | bonito | 全て | 学術利用, 非営利(Oxford Nanopore Technologies PLC. Public License Version 1.0) |
| Bowtie | マッピング | bowtie | 全て | 制限なし(Artistic License) |
| Bowtie2 | マッピング | bowtie2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| BRAKER2 | ゲノムアノテーションパイプライン | braker | 全て | 学術利用, 非営利 |
| BUSCO | アセンブリの評価 | busco | 全て | 制限なし(MIT) |
| BWA | マッピング | bwa | 全て | 制限なし(GPLv3, MIT) |
| bwa-mem2 | マッピング(BWAの後継プログラム) | bwa-mem2 | 全て | 制限なし(MIT) |
| Cactus | マルチプルアラインメント | cactus | 全て | 制限なし |
| canu | アセンブリング | canu | 全て | 制限なし |
| cap3 | アセンブリング | cap3 | 全て | 非営利 |
| CAT and BAT | メタゲノム解析 | CAT | 全て | 制限なし(MIT) |
| cdbfasta | マルチFASTAファイルのインデックス化・配列拾得 | cdbfasta | 全て | 制限なし(Artistic License) |
| CD-HIT | 配列クラスタリング | cd-hit | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| Celera Assembler | アセンブリング | wgs | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| Centrifuge | メタゲノム解析(ビニング) | centrifuge | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| CGAT Scripts | NGS解析ツール集 | cgat | 全て | 制限なし |
| CGView | 環状ゲノム可視化ツール | cgview | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| CheckM | メタゲノム解析 | CheckM | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| CheckM2 | メタゲノム解析 | CheckM2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| CheckV | メタゲノムアセンブリの評価 | checkv | 全て | 制限なし |
| Circlator | アセンブルゲノムの環状化 | circlator | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Claident | メタゲノム解析 | claident | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| Clair3 | ロングリード配列用のバリアントコーラー | clair3 | 全て | 制限なし |
| CLEAN | 対照学習(Contrastive Learning)モデルによる酵素の機能予測 | clean | 全て | 学術利用, 非営利 |
| Clearcut | 系統樹作成 | clearcut | 全て | 制限なし |
| Clustal Omega | マルチプルアラインメント | clustal-omega | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| ClustalW2 | マルチプルアラインメント | clustalw2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| cmpfastq | ペアエンド配列の抽出 | cmpfastq | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| COCACOLA (Python版) | メタゲノム解析(ビニング) | COCACOLA | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Codetta | 塩基配列データからコドンテーブルを予測 | codetta | 全て | 制限なし(BSD) |
| CoLoRMap | NGS解析 | colormap | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| CONCOCT | メタゲノム解析（ビニング） | concoct | 全て | 制限なし |
| contig-extender | アセンブリの改善 | contig-extender | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| COPLA | プラスミドの分類 | copla | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| CoverM | メタゲノム解析 | coverm | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| CRISPRCasFinder | DNA配列中のCRISPRアレイ・Casタンパク質を同定 | CRISPRCasFinder | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| CUDASW++ | GPUを使用したSmith-Waterman ホモロジー検索 | cudasw++ | APG | |
| Cufflinks | 遺伝子構造予測 | cufflinks | 全て | 制限なし(Boost License) |
| cutadapt | アダプター配列除去 | cutadapt, Python | 全て | 制限なし(MIT) |
| DAS Tool | メタゲノム解析(ビニング) | DAS_Tool | 全て | 制限なし |
| Dashing | ゲノム距離を計算 | dashing | 全て | |
| Dashing2 | ゲノム距離を計算 | dashing2 | 全て | |
| dbCAN3/run_dbcan | CAZyme（Carbohydrate-Active Enzyme）アノテーションツール | run_dbcan | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| DBGET | 統合データベース検索システム | dbget | 全て | 制限なし |
| DeepMicrobeFinder | (海洋)メタゲノムデータを原核生物、真核生物、ウイルスに分類 | DeepMicrobeFinder | 全て | - |
| DeepSignal2 | 深層学習を用いて Oxford Nanopore シーケンサーのリードからメチル化状態を検出 | deepsignal2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| DefenseFinder | 既知の抗ファージシステムを系統的に検出 | defense-finder | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| DEMIC | メタゲノム解析 | DEMIC | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| DFAST | 微生物ゲノムアノテーションパイプライン | dfast | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Dense Homolog Retriever (DHR) | 超高速・高感度なタンパク質リモートホモログの検出 | DHR | 全て | 制限なし(BSD 3-Clause License) |
| DIAMOND | ホモロジー検索 | diamond | 全て | 制限なし(AGPLv3) |
| DISCOVAR | 変異の検出 | discovar | 全て | 制限なし |
| DISCOVAR de novo | アセンブリング | discovardenovo | 全て | 制限なし |
| Dorado | オックスフォード・ナノポア用ベースコーラー | dorado | APG | 学術利用, 非営利(Oxford Nanopore Technologies PLC. Public License Version 1.0) |
| DRAM | メタゲノム解析 | DRAM | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| DRAP | デノボRNA-Seqアセンブリーパイプライン | drap | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| dRep | ゲノム配列比較 | dRep | 全て | 制限なし |
| DSSP | PDBエントリーからDSSPエントリーを作成 | dssp | 全て | 制限なし(BSD 2-Clause "Simplified" License) |
| ea-utils | FASTQファイル操作 | ea-utils | 全て | 制限なし |
| eggNOG-mapper | 配列の機能アノテーション | eggNOG-mapper | 全て | 制限なし(AGPLv3) |
| elPrep | BAM, SAMファイル操作 | elprep | 全て | 制限なし(GNU Affero General Public License) |
| ELSA | Extended Local Similarity Analysis | elsa | 全て | 制限なし |
| EMBOSS | バイオインフォマティクスツール群 | EMBOSS | 全て | 制限なし(GPL) |
| EMIRGE | メタゲノムデータからrRNA配列を再構築 | emirge | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| EnTAP | 非モデル真核生物の機能アノテーション | EnTAP | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Entrez Direct | コマンドラインからNCBIのデータベースにアクセス | entrez-direct | 全て | 制限なし(Public Domain) |
| EPA-ng | 系統樹マッピングに基づき配列を分類 | epa-ng | 全て | 制限なし(AGPLv3) |
| ESMFold, ESM2 | タンパク質立体構造予測 | esmfold,esm2 | 全て | 制限なし(MIT) |
| ESM3 | 自然言語処理を用いたタンパク質配列のモデリングツール | esm3 | 全て | 非営利 |
| ETE Toolkit | 系統樹作成 | ete | 全て | 制限なし |
| Exonerate | ペアワイズアラインメント | exonerate | 全て | 制限なし(GPL) |
| eXpress | RNA-seq 発現解析 | express | 全て | 制限なし(Artistic License 2.0) |
| FADU | 原核生物のトランスクリプトーム解析 | FADU | 全て | 制限なし(MIT) |
| Falco | FastQC互換のFASTQファイルのクオリティチェックツール | falco | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| FAPROTAX | 16S rRNA配列解析 | FAPROTAX | 全て | 制限なし |
| FAST | 配列操作 | FAST | 全て | 制限なし(Artistic License 2.0) |
| FASTA | ホモロジー検索 | fasta | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| FastAAI | ゲノム間のアミノ酸一致率を迅速に推定 | fastaai | 全て | 制限なし(MIT) |
| FastANI | ゲノム配列の average nucleotide identity (ANI) を計算。 | fastani | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| FASTA Splitter | FASTAファイル分割ツール | fasta-splitter | 全て | 制限なし(zlib/libpng license) |
| FastME | 系統樹作成 | fastme | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| fastp | FASTQファイル操作 | fastp | 全て | 制限なし(MIT) |
| FastQC | FASTQファイルのクオリティチェック | fastqc | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| FASTQ PAIR | ペアエンドFASTQファイルを迅速かつ効率的にマッチング | fastq_pair | 全て | 制限なし(MIT) |
| FASTQ Splitter | FASTQファイル分割ツール | fastq-splitter | 全て | 制限なし(zlib/libpng license) |
| FastSpar | 微生物種間ネットワーク作成 | fastspar | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| FastTree | 系統樹作成 | FastTree | 全て | 制限なし |
| FastTreeMP | 系統樹作成(FastTreeのOpenMP並列化版) | FastTreeMP | 全て | 制限なし |
| FastUniq | FASTQファイル操作 | FastUniq | 全て | 制限なし |
| Flye | ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用アセンブラー | flye | 全て | 制限なし(BSD) |
| FASTX-Toolkit | fastq/fastaファイル操作 | fastx_toolkit | 全て | 制限なし(GPLv3, MIT) |
| FigTree | 系統樹ビューア | figtree | fe1 | |
| FLASH | ペアエンド配列を結合 | flash | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Foldseek | 類似構造タンパク質を検索 | foldseek | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| fqtools | FASTQファイル操作 | fqtools | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| FragGeneScan | ショートリード配列中の遺伝子(断片)を検出 | FragGeneScan | 全て | 制限なし(GPL) |
| fxtract | 指定された部分配列を含む配列をfasta/fastq ファイルから抽出 | fxtract | 全て | 制限なし(MIT) |
| gappa | 系統樹解析 | gappa | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| gapseq | 微生物の代謝モデル予測・解析パイプライン | gapseq | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| gatk | NGS変異解析 | gatk | 全て | 非営利(バージョン３以前) 制限なし(バージョン４以降) |
| GeneMarkS | 遺伝子予測 | GeneMarkS | 全て | 学術利用 |
| genewise | → wise2 | |||
| geNomad | 塩基配列からウイルスやプラスミドのゲノムを同定 | genomad | 全て | 学術利用, 非営利 |
| GenomeScope | Reference-free profiling of polyploid genomes. | genomescope | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| GenomeTools | The versatile open source genome analysis software. | genometools | 全て | 制限なし |
| GetOrganelle | ゲノムスキミングデータからオルガネラゲノムをアセンブル | getorganelle | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| GffRead | GFFファイル操作 | gffread | 全て | 制限なし(MIT) |
| ghostx | ホモロジー検索 | ghostx | 全て | 制限なし |
| ghostz | ホモロジー検索 | ghostz | 全て | 制限なし |
| GLEAN | 遺伝子予測 | glean | 全て | 制限なし(Artistic License) |
| glimmer | 遺伝子予測 | glimmer | 全て | 制限なし |
| GPU MrBayes | GPU版MrBayes | gpu-mrbayes | APG | 制限なし(GPLv2) |
| GraftM | 遺伝子予測 | graftM | 全て | 学術利用, 非営利(Silva) |
| GraPhlAn | 分岐図作成 | graphlan | 全て | 制限なし |
| GLUVAB | ウイルス分類ツール | GLUVAB | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| gs2 | 系統樹作成 | gs2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| GTDB-Tk | 細菌、古細菌の分類 | gtdbtk | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| GUNC | 原核生物ゲノムのキメラ・汚染を検出 | gunc | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Hifiasm | ハプロタイプを分離してアセンブリを行う HiFiロングリード向けアセンブラー | hifiasm | 全て | 制限なし(MIT) |
| Hifiasm-meta | メタゲノム向けHifiasmアセンブラー | hifiasm_meta | 全て | 制限なし(MIT) |
| HISAT2 | マッピング | hisat2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| HMMER | モチーフ検索 | hmmer | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| HHsuite | HMMを利用したホモロジー検索 | hhsuite | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| HUMAnN2 | メタゲノム解析 | humann2 | 全て | 制限なし(MIT) |
| HUMAnN3 | メタゲノム解析 | humann3 | 全て | 制限なし(MIT) |
| HTSeq | BAM, SAMファイル操作 | htseq, Python/2.7* | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| IDBA | アセンブリング | idba | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| IGV | ゲノムビューア | IGV | fe1 | 制限なし(MIT) |
| Infernal | RNAアラインメント予測 | infernal | 全て | 制限なし(BSD) |
| inStrain | メタゲノム解析 | inStrain | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| InterProScan | モチーフ検索 | InterProScan | 全て | 制限なし(Apache license) |
| iPHoP | ウイルスの宿主を予測 | iphop | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| IQ-TREE | 系統樹作成 | iqtree | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| IRF | 逆向き反復配列を検出 | irf | 全て | 制限なし(AGPLv3) |
| IsoSCM | RNA-seq 発現解析 | isoscm | 全て | 制限なし |
| IsoSeq | アイソフォームの同定 | isoseq | 全て | 制限なし(BSD-3-Clause) |
| JELLYFISH | Kmerカウント | jellyfish | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Kaiju | メタゲノム解析(生物種分類) | kaiju | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| kallisto | 発現量解析 | kallisto | 全て | 非営利(バージョン0.43.0以前) 制限なし(バージョン 0.43.1以降) |
| Kneaddata | メタゲノム/メタトランスクリプトームデータからrRNA/宿主ゲノム由来リードを除去 | kneaddata | 全て | 制限なし(MIT) |
| KMC | Kmerカウント | kmc | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| KmerGenie | アセンブリに最適なk-merのサイズを推定 | kmergenie | 全て | 制限なし |
| KofamScan | 遺伝子機能予測 | kofamscan | 全て | 制限なし(MIT) |
| Kraken | メタゲノム解析 | kraken | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Krona | 階層データの可視化 | krona | 全て | 制限なし |
| LAST | ゲノム配列アラインメント | last | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| LDhat | 集団遺伝データからの組換え率の推定 | ldhat | 全て | 制限なし |
| LEfSe | メタゲノム解析 | lefse | 全て | 制限なし |
| LJA | ロングリード配列(PacBio)用アセンブラ | lja | 全て | 制限なし(BSD-3-Clause) |
| LocalColabFold | タンパク質立体構造予測 | LocalColabFold | 全て | 制限なし(MIT License) |
| LTR_Finder | ゲノム配列中の LTR (long terminal repeat) 型レトロトランスポゾンを検出 | ltr_finder | 全て | 非営利 |
| LTR_retriever | ゲノム配列中の LTR (long terminal repeat) 型レトロトランスポゾンを検出 | LTR_retriever | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MacSyFinder | アミノ酸配列のデータセットから macromolecular systems, genetic pathways をモデル化・同定 | macsyfinder | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MafFilter | ゲノムアラインメント | maffilter | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MAFFT | マルチプルアラインメント | mafft | 全て | 制限なし(BSD) |
| MAGRE | MAGの品質を改良 | MAGRE | 全て | 制限なし(MIT) |
| MagCluster | 磁性細菌(MTB)のゲノムからマグネトソーム遺伝子クラスター(MGC)を同定、アノテーション、可視化 | magcluster | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Mash | ゲノム配列、メタゲノム配列の比較 | mash | 全て | 制限なし |
| mashtree | 全ゲノム配列から系統樹作成 | mashtree | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MaSuRCA | アセンブリング | masurca | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| mcorr | バクテリアの大規模シークエンスデータから組換え率を推測 | mcorr | 全て | 不明 |
| MaxBin | メタゲノム解析（ビニング） | MaxBin | 全て | 制限なし |
| Medaka | ロングリードアセンブリのポリッシング | medaka | 全て | 制限なし(Mozilla Public License 2.0) |
| MEGAHIT | メタゲノム用アセンブラー | megahit | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MeGAMerge | メタゲノム解析 | MeGAMerge | 全て | 制限なし |
| MEME | モチーフ検索 | meme | 全て | 学術利用, 非営利 |
| MetaBAT2 | メタゲノム解析(ビニング) | MetaBAT2 | 全て | 制限なし |
| METABOLIC | ゲノムデータベースから代謝を解析 | METABOLIC/ | 全て | GPLv3 |
| MetaCarvel | メタゲノム解析(scaffolding, バリアント検出) | MetaCarvel | 全て | 制限なし(MIT) |
| MetaGeneAnnotator | 遺伝子予測 | MetaGeneAnnotator | 全て | 制限なし |
| metaMDBG | ロングリード用メタゲノムアセンブラ | metaMDBG | 全て | 制限なし(MIT) |
| MetAMOS | メタゲノム解析 | metamos | 全て | 制限なし |
| MetaPhlAn | メタゲノム解析 | metaphlan2, metaphlan3, metaphlan4 | 全て | 制限なし |
| MetaPlatanus | メタゲノム用アセンブラー | metaplatanus | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MetaVelvet | メタゲノム用アセンブラー | metavelvet | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| metaWRAP | メタゲノム解析パイプライン(QC、アセンブル、生物種推定、ビニング、機能アノテーション) | metaWRAP | 全て | 制限なし(MIT) |
| Metaxa2 | メタゲノム解析(生物種の同定) | Metaxa2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MFannot | ミトコンドリアおよびプラスティドのゲノムのアノテーション | mfannot | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| mim-tRNAseq | tRNAの発現や修飾を定量・解析するための自動解析パイプライン | mim-tRNAseq | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MinCED | ゲノム/メタゲノム配列中のCRISPRsを同定 | minced | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Minia | アセンブリング | minia | 全て | 制限なし(AGPLv3) |
| Miniasm | ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用アセンブラー | miniasm | 全て | 制限なし(MIT) |
| Minimap2 | マッピング | minimap2 | 全て | 制限なし(MIT) |
| Minipolish | Miniasmの出力をポリッシング | minipolish | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MIRA | アセンブリング | mira | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| mmlong2 | ロングリード用メタゲノムアセンブラ・ビニング | mmlong2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| mmlong2-lite | ロングリード用メタゲノムアセンブラ | mmlong2-lite | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MMseqs2 | ホモロジー検索、配列クラスタリング | mmseqs2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| mobileOG-pl | 可動性遺伝因子（MGE）のアノテーションパイプライン | mobileOG-pl | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MOB-suite | ドラフトアセンブリからプラスミドのクラスタリング、再構築、タイピングを行う | mob_suite | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| mothur | メタゲノム解析 | mothur | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MrBayes | 系統樹作成 | mrbayes | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| msamtools | メタゲノム解析向けに機能拡張されたsamtools | msamtools | 全て | 制限なし(MIT) |
| Mugsy | ゲノム配列のマルチプルアラインメント | mugsy | 全て | 制限なし(Artistic License 2.0) |
| MultiQC | 様々なNGS解析ツールの結果を統合 | multiqc | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| MUMmer | ゲノムアラインメント | MUMmer | 全て | 制限なし(Artistic License) |
| MUSCLE | マルチプルアラインメント | muscle | 全て | 制限なし(Public Domain(ver3), GPLv3(ver5)) |
| MyCC | メタゲノム解析パイプライン | MyCC | 全て | - |
| NanoFilt | ナノポアロングリード配列のフィルタリング | NanoFilt | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| NanoPlot | ナノポアロングリード配列データ・アラインメントの可視化 | NanoPlot | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Nanopolish | ナノポアロングリード配列をシグナルレベルで解析するためのソフトウェアパッケージ | nanopolish | 全て | 制限なし(MIT) |
| NanoSV | ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用構造バリエーションコーラー | NanoSV | 全て | 制限なし(MIT) |
| ncbi-acc-download | NCBI Accessionダウンロードツール | ncbi-acc-download | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| ncbi-genome-download | NCBI Genomeダウンロードツール | ncbi-genome-download | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| NextPolish | ロングリード配列(PacBio CLR, ONT)用アセンブラー | nextDenovo | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| NextPolish | ロングリードアセンブリのポリッシング | nextpolish | 全て | 制限なし |
| NGMLR | 構造変異（Structural Variants: SV）を考慮したロングリード配列用マッピングツール | ngmlr | 全て | 制限なし(MIT) |
| NINJA | Nearly Infinite Neighbor Joining Application | NINJA | 全て | 制限なし(MIT) |
| NxTrim | プライマー配列除去 | NxTrim | 全て | 制限なし |
| Oligotyping | 16S rRNA配列解析 | Oligotyping, Python | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| OmegaFold | タンパク質立体構造予測 | omegafold | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| ont_fast5_api | fast5ファイル操作 | ont_fast5_api | 全て | 制限なし(Mozilla Public License 2.0) |
| OPERA-MS | メタゲノム用ハイブリッドアセンブラー | OPERA-MS | 全て | 制限なし(MIT) |
| OrthoFinder | オーソログ解析 | orthofinder | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| OrfM | メタゲノム用ORF予測 | orfm | 全て | 制限なし(LGPLv3) |
| PADLOC | 原核生物ゲノムにおける抗ウイルス防御システムを特定 | padloc | 全て | 制限なし(MIT) |
| PAML | 系統樹作成 | paml | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PaPaRa | ショートリード配列のリファレンスへのアライメント | papara | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| ParDRe | 重複したショートリード配列を除去 | ParDRe | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Parseq | RNA-seq 発現解析 | Parseq | 全て | 制限なし |
| parsnp | ゲノム同士のマルチプルアラインメントを行い、系統樹、変異を出力 | parsnp | 全て | 制限なし |
| PASA | 真核生物ゲノムアノテーションツール | PASA | 全て | 制限なし |
| PastML | 有根系統樹のAncestral Character Reconstruction (ACR) と可視化 | pastml | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PausePred | リボソーム休止配列を予測 | PausePred | 全て | - |
| PbsExitStatus | ジョブ実行支援 | - | 全て | 制限なし |
| PEPPER | 深層学習を用いたロングリード配列用ゲノム推論モジュール。 ハプロタイプを考慮したバリアントコーリングを行う。 | pepper | 全て | 制限なし(MIT) |
| PHYLIP | 系統樹作成 | phylip | 全て | 制限なし |
| PhyloBayesMPI | 系統樹作成 | PhyloBayesMPI | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| phyloFlash | メタゲノム解析 | phyloFlash | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PhyloPhlAn | メタゲノム解析 | phylophlan | 全て | 制限なし |
| PhyloSift | メタゲノム配列の系統樹解析、生物種分類 | phylosift | 全て | 制限なし(GPL) |
| PhyML | 系統樹作成 | phyml, phyml-mpi | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Picard | NGSファイル操作 | picard-tools | 全て | 制限なし(MIT) |
| Picky | ロングリード配列用構造変異解析ツール | picky | 全て | 非営利 |
| PICRUSt | 16S rRNA配列解析 | PICRUSt | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PICRUSt2 | 16S rRNA配列解析 | PICRUSt2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| pilon | ドラフトゲノムのポリッシング、変異の検出 | pilon | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| PlasFlow | メタゲノム配列からプラスミド配列を予測 | plasflow | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PlasX | プラスミド配列を予測 | plasx | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Platanus | アセンブリング | platanus | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Platanus-allee | アセンブリング | platanus-allee | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Platanus_B | バクテリアゲノム用アセンブラー | platanus_b | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PLMSearch | ディープラーニングを用いたホモロジー検索 | PLMSearch | 全て | 制限なし(MIT) |
| pod5 | POD5ファイル操作 | pod5 | 全て | 制限なし(MPL v2.0) |
| Porechop | ナノポア用アダプター配列トリミングツール | porechop | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| pplacer | メタゲノム解析 | pplacer | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PRANK | マルチプルアラインメント | prank | 全て | 制限なし(GPL) |
| PRICE | アセンブリング | price | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PRINCESS | オックスフォード・ナノポアロングリード配列のバリアント、およびメチル化の検出 | princess | 全て | 制限なし(MIT) |
| PRINSEQ-lite | FASTQ/FASTAファイル操作、QC(クォリティコントロール) | prinseq-lite | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PRINSEQ++ | FASTQ/FASTAファイル操作、QC(クォリティコントロール) | prinseq++ | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| Prodigal | 遺伝子予測 | prodigal | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Prokka | 原核生物ゲノムのアノテーション | prokka | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Proteinortho | オルソログ遺伝子の検出 | proteinortho | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PRRN | マルチプルアラインメント | prrn | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| ps_scan | モチーフ検索 | ps_scan | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| Pseudofinder | 原核生物ゲノム中の偽遺伝子候補を自動検出 | pseudofinder | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| PSORTm | 細胞内のタンパク質局在部位の予測(メタゲノムデータ用) | psortm | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Pullseq | fasta, fastqファイルから配列を抽出 | pullseq | 全て | 制限なし |
| pyani | ゲノム配列の average nucleotide identity (ANI) を計算。 | pyani | 全て | 制限なし(MIT) |
| QIIME | メタゲノム解析(菌叢解析パイプライン) | qiime | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| QIIME2 | メタゲノム解析(菌叢解析パイプライン) | qiime2 | 全て | 制限なし(BSD 3-Clause License) |
| qsubarraypbs | ジョブ実行支援 | - | 全て | 制限なし |
| Quarto | Python, R, Julia等に対応した科学技術出版システム | quarto | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| QUAST | アセンブリの評価 | quast | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| QuickTree | NJ法による系統樹作成 | quicktree | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| Racon | ロングリードのドラフトゲノムからコンセンサス配列を出力 | racon | 全て | 制限なし(MIT) |
| RAPSearch | ホモロジー検索 | RAPSearch | 全て | 制限なし |
| Raven | ロングリード配列用アセンブラー | raven | 全て | 制限なし(MIT) |
| raxml | 系統樹作成 | raxml | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| raxml-ng | 系統樹作成 | raxml-ng | 全て | 制限なし(AGPLv3) |
| Ray | アセンブリング | Ray | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| RDP Classifier | 16S rRNA配列解析 | rdp_classifier | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| RdRpBin | メタゲノムデータからRNAウィルスを検出 | RdRpBin | 全て | |
| RdRp-scan | A Bioinformatic Resource to Identify and Annotate Divergent RNA Viruses in Metagenomic Sequence Data. | RdRp-scan | 全て | |
| reapr | アセンブリの評価 | reapr | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| recon | ゲノム配列中のリピートファミリーを探査 | recon | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| RepeatModeler | 転移因子の探査 | RepeatModeler | 全て | 制限なし(Open Software License v2.1) |
| RepeatMasker | ゲノム配列中のリピート配列をマスク | RepeatMasker | 全て | 制限なし(Open Software License v2.1) |
| Resistance Gene Identifier (RGI) | レジストームを予測 | rgi | 全て | 学術利用, 非営利 |
| RiboCode | リボソームプロファイリングデータを用いてORFを検出 | RiboCode | 全て | 制限なし(MIT) |
| RiboDetector | メタゲノム配列、メタトランスクリプトーム配列、ncRNA 配列から rRNA配列を検出・除去 | ribodetector | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| RNAmmer | ゲノム配列からrRNA配列を検出 | rnammer | 全て | 学術利用、非営利 |
| RNAMotif | RNAの2次構造予測 | rnamotif | 全て | 制限なし(GPL) |
| RoseTTAFold | タンパク質立体構造予測 | RoseTTAFold | 全て | 学術利用, 非営利 (要ライセンス取得) |
| RSEM | RNA-Seq解析 | RSEM | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| rtax | 16S rRNA系統解析 | rtax | 全て | 制限なし |
| Salmon | RNA-Seq解析 | salmon | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Sambamba | SAM/BAM/CRAM ファイル操作 | sambamba | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| Samtools | SAM/BAM/CRAM ファイル操作 | samtools | 全て | 制限なし(BSD, MIT) |
| SeaView | マルチプルアラインメント・系統樹ビューア/エディタ | seaview | fe1 | 制限なし(GPLv3) |
| SegAlign | GPUを使ったゲノムアラインメントツール | segalign | APG | 制限なし(MIT) |
| SemiBin | メタゲノム解析(ビニング) | SemiBin | 全て | 制限なし(MIT) |
| SeqKit | FASTA/FASTQ ファイル操作 | seqkit | 全て | 制限なし(MIT) |
| Seqtk | FASTA/FASTQ ファイル操作 | seqtk | 全て | 制限なし(MIT) |
| SIMCOMP | 化合物構造検索 | simcomp | 全て | 制限なし |
| Simka | メタゲノム解析 | simka | 全て | 制限なし(AGPLv3) |
| sleuth | RNA-seq 解析 | sleuth | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| SNAP | 遺伝子予測 | SNAP | 全て | 制限なし(GPL) |
| SNAP | マッピング | snap-aligner | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| Sniffles | ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用構造バリエーションコーラー | sniffles | 全て | 制限なし(MIT) |
| snoscan | ゲノム配列中のbox C/D型snoRNA遺伝子を予測 | snoscan | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| soap2 | マッピング | soap2 | 全て | 制限なし |
| soap3-dp | GPUを利用したマッピング | soap3-dp | APG | 制限なし(GPLv2) |
| SOAPdenovo | アセンブリング | SOAPdenovo | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| SonicParanoid | オルソログ推定 | sonicparanoid | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| SortMeRNA | 16S rRNA系統解析 | sortmerna | 全て | 制限なし |
| Spacedust | 複数のゲノム間で保存された遺伝子クラスターを同定 | spacedust | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| SPAdes | アセンブリング | SPAdes | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| SRA Toolkit | SRAファイル操作 | sratoolkit | 全て | 制限なし |
| ssearch | Smith-Waterman ホモロジー検索 | ssearch | 全て | 制限なし(Apache License 2.0) |
| SSU-ALIGN | SSU rRNAの構造アラインメント | ssu-align | 全て | 制限なし(BSD) |
| STAR | RNA-Seq用マッピングツール | STAR | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| StringTie | RNA-Seq解析 | stringtie | 全て | 制限なし(Artistic License) |
| SUBCOMP | 化合物部分構造検索 | subcomp | 全て | 制限なし |
| subread | マッピング、リードカウント | subread | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| sumaclust | 配列クラスタリング | sumaclust | 全て | 制限なし |
| sumatra | ペアワイズアラインメント | sumatra | 全て | 制限なし |
| SuperPang | 複数のゲノムまたはビンから冗長でないパンゲノムアセンブリを生成 | SuperPang | 全て | 制限なし(BSD) |
| swarm | アンプリコン解析 | swarm | 全て | 制限なし(AGPLv3) |
| T-Coffee | マルチプルアラインメント | t_coffee | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| TaxonKit | NCBI Taxonomy に関する便利ツール | taxonkit | 全て | 制限なし(MIT) |
| TOPAZ | ホモロジー検索 | topaz | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| TopHat | RNA-Seq解析 | tophat | 全て | 制限なし(Artistic License) |
| TopHat2 | RNA-Seq解析 | tophat2 | 全て | 制限なし(BSL 1.0) |
| Tombo | ナノポアシーケンスデータから修飾されたヌクレオチドを同定 | tombo | 全て | 制限なし(Mozilla Public License 2.0) |
| TransDecoder | cDNA 配列からコーディング領域を抽出 | TransDecoder | 全て | 制限なし |
| transrate | de novoトランスクリプトームアセンブリの品質をリファレンスフリーで評価 | transrate | 全て | 制限なし(MIT) |
| TRF (Tandem Repeats Finder) | 縦列型反復配列の検出 | trf, TandemRepeatFinder | 全て | 制限なし |
| trimAl | マルチプルアラインメント整形ツール | trimal | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Trimmomatic | アダプター配列除去 | trimmomatic | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| trinity | RNA-Seqアセンブリング | trinity | 全て | 制限なし |
| tRNAscan-SE | ゲノム配列からtRNA配列を検出 | tRNAscan-SE | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Unicore | 系統推定 | unicore | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Unicycler | ショートリード、ロングリードに対応したバクテリア用アセンブラー | unicycler | 全て | 制限なし(LGPLv3) |
| 32-bit USEARCH | ホモロジー検索 | usearch | 全て | 制限なし |
| VALET | メタゲノムアセンブリの評価 | valet | 全て | 制限なし(MIT) |
| Vamb | 変分オートエンコーダーを利用したメタゲノムビニングツール | vamb | 全て(APG推奨) | 制限なし(MIT) |
| VCFtools | VCFファイル操作 | vcftools | 全て | 制限なし(LGPLv3) |
| vConTACT2 | ウィルスの分類 | vcontact2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| Velvet | アセンブリング | velvet | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| VennPainter | ベン図作成 | VennPainter | 全て | 制限なし(LGPL v2.1) |
| ViralRecall | ゲノムデータから巨大ウィルス(NCLDV)を検出 | viralrecall | 全て | - |
| Virgo | ウィルスのICTV分類を行う | virgo | 全て | 制限なし(MIT license) |
| viromeQC | ヴィローム解析 | viromeqc | 全て | 制限なし |
| VirSorter | 微生物ゲノムデータからウィルスゲノムを抽出 | VirSorter | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| VirSorter2 | 微生物ゲノムデータからウィルスゲノムを抽出 | VirSorter | 全て | 制限なし(GPLv2) |
| VirHostMatcher | ウィルスのホストを予測 | VirHostMatcher | 全て | 学術利用, 非営利 |
| VIBRANT | メタゲノム配列からウィルスゲノムを抽出、アノテーションを行う | VIBRANT | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| vRhyme | ウイルスゲノムのビニング | vRhyme | 全て | 制限なし(GPLv3) |
| VSEARCH | ホモロジー検索 | vsearch | 全て | 制限なし(GPLv3, BSD) |
| Winnowmap | ロングリード配列用リピート領域へのマッピング | winnowmap | 全て | 制限なし |
| wise2 | ペアワイズアラインメント | wise2, genewise | 全て | 制限なし |
| wtdbg2 | ロングリード配列(PacBio, Oxford Nanopore Technologies)用アセンブラー | wtdbg2 | 全て | 制限なし(GPLv3) |
その他
| 名称 | バージョン | モジュール名 | 主なコマンド | キュー | 利用範囲 |
|---|---|---|---|---|---|
| LibreOffice | 6.4 | LibreOffice | soffice, scalc, simpress, swriter | fe1 | 制限なし(MPL v2.0) |
| Singularity | 3.5.3 | singularity | singularity | 全て | 制限なし |
| Apptainer | 1.2.5 | - | apptainer, singularity | 全て | 制限なし |
バイオインフォマティクスデータベース
- バイオインフォマティクスデータベースファイルは、データベース名やファイル形式の種別に応じて
/db/(種別)/(ディレクトリ名)/
に格納されています。
種別: blast, bowtie, bowtie2, dbget, diamond, fasta, ghostx, hmmer, motif, rpsblast - 毎週火曜に更新されます。
データベース更新情報: /db/dbinfo.txt - /db/ の実体は /lustre/db/YYYYMMDD/ にあります。
- 一ヶ月以上古いものは、毎月最初のもの以外は削除されます。
- 毎月最初のものは .tpxz 形式で圧縮して保持しています。ファイルの抽出手順は
/lustre/db/00_How_to_extract_files.txt
/lustre/db/extract.sh
を参照下さい
| 名称 | 概要 | 種別 | ディレクトリ名 | 利用範囲 |
|---|---|---|---|---|
| GenBank | 塩基配列データベース | dbget, blast, fasta | genbank | 制限なし |
| GenBank-upd | 塩基配列データベース | dbget, blast, fasta | genbank-upd | 制限なし |
| GenPept | GenBankに登録されているCDSを翻訳したアミノ酸配列データベース | blast, fasta, diamond, ghostx | genpept | 制限なし |
| GenPept-upd | GenBankに登録されているCDSを翻訳したアミノ酸配列データベース | blast, fasta | genpept-upd | 制限なし |
| RefSeq | 塩基配列・アミノ酸配列データベース | dbget, blast, fasta, diamond, ghostx | refseq | 制限なし |
| MGENES | メタゲノム情報 | dbget, blast, fasta | mgenes | 制限なし |
| NR-NT | 重複を取り除いた塩基配列データベース | blast, fasta | nr-nt | 制限なし |
| NR-AA | 重複を取り除いたアミノ酸配列データベース | blast, fasta, diamond, ghostx | nr-aa | 制限なし |
| NCBI BLASTデータベース | NCBIで公開されているBLASTデータベース (nr, nt, swissprot, refseq_protein, 等) |
blast, fasta, diamond, ghostx | ncbi | 制限なし |
| UniProt/Swiss-Prot | アミノ酸配列データベース | dbget, blast, fasta, diamond, ghostx | swissprot | 制限なし |
| UniProt/TrEMBL | アミノ酸配列データベース | dbget, blast, fasta, diamond, ghostx | trembl | 制限なし |
| UniRef | アミノ酸配列データベース | blast, fasta, diamond | uniref | 制限なし |
| dbEST | EST(Expressed Sequence Tags)配列 | blast, fasta | dbest | 制限なし |
| dbGSS | GSS(Genome Survey Sequences)配列 | blast, fasta | dbgss | 制限なし |
| dbSTS | STS(Sequence Taged Sites)配列 | blast, fasta | dbsts | 制限なし |
| Silva | リボソームRNA配列データベース | dbget, blast, fasta | silva | Academic |
| RDP | リボソームRNA配列データベース | dbget, blast, fasta | rdp | 制限なし |
| PR2 | リボソームRNA配列データベース | dbget, blast, fasta | pr2 | 制限なし |
| PDBSTR | PDBのアミノ酸配列 | blast, fasta, diamond | pdbstr | 制限なし |
| Pfam | タンパク質ドメインファミリー | dbget, hmmer | Pfam | 制限なし |
| NCBI CDD | NCBI Conserved Domain Database | dbget, rpsblast | ncbi-cdd | 制限なし |
