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Discovery Studio

機能概要

Discovery Studioは、グラフィックスインターフェースを中心に、各種の計算モジュールや付加機能(オプション)を を組み合わせることによって、タンパク質などをモデリング、計算シミュレーションを行うことができるツールです。

スパコンシステムでは、宇治・吉田・桂の地区に対するアカデミックライセンスを保有しています。 したがって、Discovery Studio の全モジュールが利用可能です。

どのような機能を持つモジュールが用意されているか、どのような研究に活用できるかなどについては以下のサイトをご参照ください。
http://accelrys.com/products/collaborative-science/biovia-discovery-studio/

 

利用方法

各研究室内で特定のPCにインストールして利用することができます。 また、Materials Studio および Discovery Studio は京都大学 宇治・吉田・桂キャンパスにおける アカデミックス契約となっていますので、同一研究室内で、複数の利用者が同時に 当該アプリケーションを利用することも可能です。 利用希望者は特殊アプリケーション利用申請書を提出してください。

【利用条件】
本アプリケーションはアカデミック契約に基づく利用となります。そのため、以下の制約がありますので、ご注意ください。
(利用者)
京都大学に所属する教職員・学生
(支払責任者の所属は京都大学以外でも構いません。)
(利用場所)
京都大学の宇治・吉田・桂キャンパス内に設置された端末・サーバに限られます。 学外(自宅、他大学等)から京都大学ネットワークに接続し、利用することはできません。
(利用目的)
学問的使用および学問的研究を目的とした使用で、認められます。
また、企業からの資金提供を受けたプロジェクトではこれらソフトウェアを利用することはできず、 直接または間接的に第三者の商業目的のために使用することはできません。

さらに、利用者自身の研究目的にのみ利用することができ、受託解析を行うことはできません。 ただし、他の大学と共同研究を実施して京都大学の研究者が解析を行った場合、その解析結果が その京都大学の研究者の名前を含めて発表されるのであれば、問題ありません。

ライセンスサーバの指定

【準備】
MSやDSの利用の際には事前にライセンスサーバの指定が必要です。 具体的な設定手順はインストールドキュメントを参照いただくこととし、ここでは要点のみお知らせします。

(1) Windowsのスタートメニューから、Accelrys -> Licensing -> License Administrator x.x.x を選択します。 (Windowsでは「管理者として実行…」で開いてください。)
(2) 画面が開いたら、Lisense Server Connections を選び、[Edit...] でライセンスサーバの設定画面を開きます。
(3) Redundant servers にチェックを入れ、各 Host name と Port は次のようにしてください。

Host name: apfe1.scl.kyoto-u.ac.jp
Host name: apfe2.scl.kyoto-u.ac.jp
Host name: apfe3.scl.kyoto-u.ac.jp
Port: 1715

Discovery Studio Client からの計算実行

【準備】
Clientから計算サーバへジョブを投入する場合には、Pipeline Pilot サーバの指定が必要です。 Pipeline Pilotサーバとは、PC端末と計算サーバを中継してくれるサーバです。
なお、自分のPC端末上で計算を行う場合にはこの設定は不要です。

  1. DS Clientを起動
  2. 計算させたい高分子を表示後、そのウィンドウ右下の Server:<none> もしくは Server:localhost と書かれた領域を ダブルクリック
  3. Change Server ウィンドウが表示されるため、Server name: には apfe2.scl.kyoto-u.ac.jp:port番号と入力し、最後に OKボタンを押します。
  4. 認証画面が表示された場合には、スパコンシステムのユーザ名とパスワードを入力してください。
  5. その後、ウィンドウ右下の部分に、apfe2.scl.kyoto-u.ac.jp:port番号 と表示されていればOKです。

【port番号とバージョン】
port番号とバージョンとの対応は次の通りです。

port番号バージョン
31332020
31532019

【実行】
計算サーバでジョブを実行する場合、利用するバッチキューおよび使用するコアやメモリは計算設定メニューで指定してください。

例えば、APCキューで8並列、40gbメモリを使用してジョブを実行したい場合は次の通りです。
Platform
Platform : CPU
Advanced
Number of Processors : 8
Run On Grid
Queue Name : APC
Grid Options : -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=8:mem=40gb

Number of Processors と ncpus= および mpiprocs= の数字はすべて一致させてください。

また、Dynamics(Production)の計算ではGPUを使って、より高速に計算を行うことが可能です。 GPUを使用したい場合、以下の赤字部分の指定がCPUの場合と異なります。
Platform
Platform : OpenMM GPU
Advanced
Number of Processors : 2
Run On Grid
Queue Name : APG
Grid Options : -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=40gb:ngpus=1
この場合、2並列、40gbメモリを使用しつつ、GPUを使った計算となります。

ダウンロード

事前に許可を受けたユーザのみ以下よりインストールメディアのダウンロードが可能です。

ダウンロードセンター(システムのIDとパスワードが必要)

マニュアル

 

関連サイト