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Materials Science Suite

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機能概要

Materials Science Suite は、材料化学系モデリングプログラムです。 分子構造の構築・モデルの作成、シミュレーション、特性予測やデータ分析などのすべての工程を容易に行うことができます。 また、気相および液相での高精度な第一原理計算、暗黙もしくは明示的な溶媒を用いた古典的シミュレーションが可能です。 計算結果を利用した予測機能としては、反応熱化学と反応経路探索、遷移状態理論からの反応・輸送速度定数、 酸化・還元ポテンシャル計算用の有効モデル、大規模な系の生成熱と原子化エネルギー、 遷移金属を含む系でのプロパティ計算、電場依存特性の有効な計算、複雑系の振動および電子スペクトル予測などが可能です。

Materials Science Suite では、以下のプログラムが利用できます。

  • Maestro:統合インターフェース
  • MacroModel: 分子力場・配座解析
  • Jaguar: 高速量子計算
  • Desmond:高速分子動力学計算
  • AutoQSAR: 自動QSARモデル生成
  • MS Informatics: 材料の設計支援ツール
  • MS Dielectric: 材料の電気的特性解析ツール
  • Canvas: ケムインフォマティクス・プラットフォーム
  • KNIME Extensions: ワークフロー解析
  • GA Optoelectronics: 光学および電子特性の設計支援ツール
  • OPLS+FFBuilder: OPLS力場に基づいたカスタム力場の構築・編集ツール
  • Active Learning: 機械学習モデルを組み込んだ、効率的な材料探索支援ツール

なお、Materials Science Suite は商用版Desmond のみの対応です。

利用方法

各研究室内で特定のPCにインストールして利用することができますが、 一人の利用者がインストールして利用できる端末は当面1台に限らせていただきます。 利用希望者は 特殊アプリケーション利用申請書を提出してください。

PC端末と計算サーバのどちらでも計算を実行させることができます。

利用範囲

・京都大学所属ユーザ
・利用場所：宇治キャンパス

利用キュー

Desmond の場合はAPG、それ以外はAPG以外のバッチキューをご利用ください。

利用可能なバージョン

現在利用可能なMaterials Science Suite のバージョンは以下の通りです。

  • 2024-4
  • 2024-3

ライセンスサーバ

ライセンスサーバは以下になります。

  • 53000@fe2.scl.kyoto-u.ac.jp

PC端末から利用する場合の注意点

PC端末にて利用する場合、以下の手順で準備をお願いします。なお、YYYY-V はバージョン番号を示しています。（例えば、2024-3など）

  1. ダウンロードセンターより、インストールメディアおよび設定ファイル(schrodinger.hosts)を取得します。
  2. schrodinger.hostsファイルのuserIDの箇所は、スパコンシステムのユーザ名に書き換えておきます。userIDの箇所は複数ありますのでご注意ください。
  3. setup.exe を実行して、インストールを開始します。インストールの最後に、[configure] [OK] のボタンが表示されますが、[OK]を押して終了します。
  4. ライセンスファイルと設定ファイルをインストールディレクトリ以下に置きます。もし、インストールディレクトリが Program Files\SchrodingerYYYY-V であれば、 SchrodingerYYYY-V 以下においてください。すでに同じ名前のファイル名がある場合には、上書きコピーで構いません。
  5. 以下を参考にリモートログインの設定をしてください。
    1. Windowsのスタートメニューなどから、Schrodinger-YYYY-V -> Remote Login Configuration を起動し、"Remote Access Setup"画面を開きます。
    2. 1. Generate the Keys の下にある The generated keys are located at: の "Private key:" と "Public key:" を確認します。
      (a) "Private key:" と "Public key:" に鍵ファイルのパスが表示されている場合は、 すでに鍵ペアが作成済みです。その場合には、[Generate Kyes]ボタンは押さずに、 次の 2. Configure and initialize host access へ進んでください。
      (b) "Private key:" と "Public key:" に何も表示されていない場合は、 [Generate Keys]ボタンを押し、Private and public key-pair generated. というメッセージが出力されるので、[OK]を押します。
    3. 2. Configure and initialize host access の [Initialize Host Access...]ボタンを押し、"Remote Access Initialization"画面を開きます。
    4. 以下に示すように、Hosts from schrodinger.hosts の User 欄には、スパコンシステムのユーザ名（userID)が表示されています。
      Enter a host and user nameHosts from schrodinger.hosts
      HostUserHostUser
      Double-click to editDouble-click to editfe2.scl.kyoto-u.ac.jpユーザ名
    5. Hosts from schrodinger.hosts の下にある fe2.scl.kyoto-u.ac.jp の行を マウスでクリックして選択し、[Initialize]ボタンを押します。
    6. "Enter the password"という画面が表示されますので、スパコンアカウントのPassword を入力し、OKを押します。 Status 画面の最後に、Status:OK と表示されていれば、成功です。右下の[Close]ボタンを押して、その画面を閉じてください。
    7. さらに、[Close]ボタンを押して、"Remote Access Setup"画面も閉じてください。これで、設定が完了です。

新システム移行時の注意点

新システムに移行する場合、以下の実施をお願いします。

  • schrodinger.hostsの置き換え：ダウンロードセンターより取得
  • ライセンスサーバの設定変更：SchrodingerYYYY-V の Configure Software を起動
    （以下の「よくある質問」にある「Could not get Maestro Materials Science license. と表示され・・・」を参照ください）
  • リモートログインの再設定：SchrodingerYYYY-V の Remote Login Configuration を起動

よくある質問

【質問】Materials Science起動時に、FATAL -1: Could not find a license file. と表示される。
【回答】ライセンスファイルを SchrodingerYYYY-V フォルダにおいてください。SchrodingerYYYY-V は、デフォルトでは Program Files 以下になります。

【質問】Materials Science起動時に、FATAL -96: Could not check out a license for mmlibs version 3.2. と表示される。
【回答】ライセンスファイルが壊れている可能性があります。再度、ダウンロードサイトより取得して、SchrodingerYYYY-V フォルダにコピーしてください。

【質問】Remote Login Configurationの設定でEnter a host and user name の欄の設定が削除できないため、設定をすべて元に戻したいのですが。
【回答】C:\Users\＜ユーザ名＞\AppData\Roaming\SchrodingerフォルダにあるSchrodingerPlinkConfig.iniを削除し、またC:\Users\<ユーザ名>以下の*.ppkファイルもすべて削除してください。 なお、AppDataは隠しファイルですので、もしAppDataが見つからない場合は、隠しファイルも表示するように、フォルダの表示オプションの設定を変更してください。

【質問】Materials Science起動後、Could not get Maestro Materials Science license. と表示され、強制終了となります。
【回答】ライセンスサーバの指定を確認し、必要に応じて正しいサーバの登録をお願いします。
まず Windowsのアプリケーション一覧から SchrodingerYYYY-V の Configure Software を起動します（起動するのに数秒かかることがありますのでしばらくお待ちください）。
そして、Server Identifiers タブをクリックし、Host Name: fe2.scl.kyoto-u.ac.jp Port:53000 を入力し、Run Test をクリックします。
Test successful と表示された場合、右横の Insall License ボタンを押下。その下の Manage Licenses に追加されたら登録完了です。

ダウンロード

以下よりインストールメディアおよび設定ファイルのダウンロードが可能です。

ダウンロードセンター（システムのIDとパスワードが必要）

関連サイト