LAMMPS

機能概要

LAMMPS は古典的な分子動力学コードであり、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator の頭文字からなる名称です。
LAMMPS は金属や半導体といった固体材料、生体分子やポリマーなどのソフトな物質、あるいは粗視化またはメゾスコピックなシステムを 対象とした計算を行うことができます。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

JP/PK/UV

実行方法

LAMMPS では、GNU版およびIntel版が利用できます。また、どちらもGPUモジュールが組み込まれていますので、GPUでの実行も可能です。

Intel版GNU版
モジュール名lammps/1703intellammps/1703gnu
コマンド名lmp_intellmp_gnu
性能としては、ややインテル版のほうが高速のようです。

バッチスクリプトでの実行例

lmp_intel (MPI実行)

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/1703intel

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 10 lmp_intel < input_file

この例では、実行CPU数は 10 と指定しています。

lmp_intel (GPU利用)

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 GPU数の指定は青字部分です。1ノードには1枚のGPUボードが搭載されていますので、必ず 1 としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q PK5
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=1:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/1703intel

cd $PBS_O_WORKDIR

lmp_intel -sf gpu -pk gpu 1 < input_file

1ノードには1枚のGPUボードが搭載されていますので、-pk gpu 1 となります。
また、計算精度については、pairwise forces are computed in single precision, but accumulated into double-precision force vectors. となっています。ご注意ください。

マニュアル

関連サイト

LAMMPS(公式ホームページ)