アプリケーション紹介

スーパーコンピュータシステムでは計算サービスを有効に活用していただけるよう、各種の計算化学アプリケーションや化学情報データベース、可視化ツールなどを提供しています。

今回のシステムでは、ユーザの利便性を考慮し、これまで以上にサイトライセンスもしくはネットワークライセンス型のアプリケーションが多数導入されています。そのため、計算サーバだけでなく、研究室のPC端末上でも直接アプリケーションをご利用いただくことができます。なお、利用できるPC端末は、京都大学ネットワークKUINSに接続されていることが条件となります。

利用可能な計算化学アプリケーションとしては、Materials Studio, Discovery Studio, Gaussian/GaussView, Amber, SCIGRESS, ADF などが あります。

このうち、研究室のPC端末上で利用可能なものとしては、Materials Studio, Discovery Studio, SCIGRESS(ADF含む） になります。 また、GaussianやGaussViewについては、宇治地区限定のサイトライセンスを管理していますので、貸出が可能です。
また、Materials Studio および Discovery Studio, SCIGRESS(ADF含む） については、PC端末から計算サーバへのジョブ投入が可能です。

Materials Studio

Discovery Studio

また、計算サーバでは化学情報データベースとして化合物の結晶構造情報を検索参照することが可能なCSD（Cambridge Structual Database）が利用できます。
同じく化学情報データベースとしては、ASPサービスとして提供されるReaxysもPC端末のWebブラウザを通して利用することができます。

CSD(Cambridge Structual Database)

Reaxys

その他、流体や分子のシミュレーション結果の可視化支援ツールとしてAVS/Express、 数式処理アプリケーションとしてMathematicaが利用できます。 どちらもネットワークライセンス型アプリケーションであり、研究室のPC端末上でも利用が可能です。 (AVS/Expressを利用して作成されたサンプル動画はこちら(8.8MB)です。)

AVS/Express

Mathematica

計算サーバではプログラムを開発することも可能です。開発環境としては、自動並列化機能を備えたIntelコンパイラ、科学計算ライブラリや性能解析ツールなどが用意されています。これらのツールを使用することで、OpenMPやMPIを利用した大規模な並列プログラムを効率的に開発・実行することも可能です。