NAMD

機能概要

NAMD は、巨大な生体分子システムの高性能シミュレーションを行うことを目的とした、分子動力学計算コードです。 2002年にゴードンベル賞、2012年にはシドニー・ファーンバック賞を受賞しています。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

すべて

実行方法

実行コマンドは namd2 です。 namd2 実行前に、module コマンドで環境設定をしてください。

% module load namd/(バージョン)

実行例
% module load namd/2.14

バージョンとモジュール名の対応は以下の通りです。

バージョンモジュール名
CPU版GPU版
2.14namd/2.14namd/2.14gpu

バッチスクリプトでの実行例

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load namd/2.14

cd $PBS_O_WORKDIR

namd2 +p10 ubq_ws_eq.conf

この例では、実行CPU数は 10 と指定しています。また、設定ファイル名は ubq_ws_eq.conf としています。

以下にGPU版のバッチスクリプトのサンプルを示します。 また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=5:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load namd/2.14gpu

cd $PBS_O_WORKDIR

namd2 +p5 ubq_ws_eq.conf

この例では、実行CPU数は 5 と指定しています。また、設定ファイル名は ubq_ws_eq.conf としています。

マニュアル

関連サイト

NAMD(公式ホームページ)