機能概要
NAMD は、巨大な生体分子システムの高性能シミュレーションを行うことを目的とした、分子動力学計算コードです。
2002年にゴードンベル賞、2012年にはシドニー・ファーンバック賞を受賞しています。
利用方法
利用範囲
特になし
利用キュー
すべて
実行方法
実行コマンドは namd2 / namd3 です。
実行前に、module コマンドで環境設定をしてください。
% module load namd/(バージョン)/
実行例
% module load namd/3.0/cpu
バージョンとモジュール名の対応は以下の通りです。
| バージョン | コマンド名 | モジュール名 |
|---|
| CPU版 | GPU版 |
|---|
| 3.0 | namd3 | namd/3.0/cpu | namd/3.0/gpu |
| 2.14 | namd2 | namd/2.14 | namd/2.14gpu |
バッチスクリプトでの実行例
以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。
また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。
#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10
source /etc/profile.d/modules.csh
module load namd/3.0/cpu
cd $PBS_O_WORKDIR
namd3 +p10 ubq_ws_eq.conf
この例では、実行CPU数は 10 と指定しています。また、設定ファイル名は ubq_ws_eq.conf としています。
以下にGPU版のバッチスクリプトのサンプルを示します。
また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。
#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=5:ngpus=1
source /etc/profile.d/modules.csh
module load namd/3.0/gpu
cd $PBS_O_WORKDIR
namd3 +p5 ubq_ws_eq.conf
この例では、実行CPU数は 5 と指定しています。また、設定ファイル名は ubq_ws_eq.conf としています。
マニュアル
関連サイト
NAMD（公式ホームページ)
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