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ownCloudを利用したETE計算

利用方法
パラメータ指定ファイル
配列指定ファイル
ファイルのアップロード
デスクトップクライアントの場合
ブラウザの場合
関連サイト
利用方法
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ownCloudからETE計算を行うためにはふたつのファイルを用意する必要があります。 ひとつは計算パラメータを指定するファイル、もうひとつは配列を指定するファイルです。 パラメータを指定するファイルの拡張子は .param、配列を指定するファイルの拡張子は .fasta でなければいけません。 ひとつの計算で使用するファイル名は拡張子を除いて同じになるようにしてください。 例えば test.param と test.fasta といったファイル名になります。

パラメータ指定ファイル
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このファイルの中では type と workflow という二つのパラメータを指定する必要があります。 type に a と指定するとプロテインを、 n を指定するとヌクレオチドの配列を指定したことになります。 workflow には ETE のワークフローを一つ指定します。指定できる workflow は以下のサイトを参照してください。

http://www.genome.jp/tools/ete/

email には計算終了を通知するためのメールアドレスを指定します。以下はパラメータ指定ファイルの記述例です 

type = a
workflow = mafft_default-trimal01-none-fasttree_default
email = your@email.com
配列指定ファイル
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計算する配列は fasta フォーマットで指定してください。以下は配列指定ファイルの記述例です。 

>hsa:126
MSTAGKVIKCKAAVLWELKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVAAGICRSDEHVVSGNLVT
PLPVILGHEAAGIVESVGEGVTTVKPGDKVIPLFTPQCGKCRICKNPESNYCLKNDLGNP
RGTLQDGTRRFTCSGKPIHHFVGVSTFSQYTVVDENAVAKIDAASPLEKVCLIGCGFSTG
YGSAVKVAKVTPGSTCAVFGLGGVGLSVVMGCKAAGAARIIAVDINKDKFAKAKELGATE
CINPQDYKKPIQEVLKEMTDGGVDFSFEVIGRLDTMMASLLCCHEACGTSVIVGVPPDSQ
NLSINPMLLLTGRTWKGAIFGGFKSKESVPKLVADFMAKKFSLDALITNILPFEKINEGF
DLLRSGKSIRTVLTF
>rro:104668838
MSTAGKVIKCKAAVLWEVKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVAVGICRSDDHVVSGTLVT
PLPAILGHEAAGIVESVGEGVTTVKPGDKVIPLFTPQCGKCRVCKNPEGNCCLKNDLSNP
RGTMQDGTRRFTCRGKPIHHFVGTSTFSQYTVVDENAVAKIDAASPLEKVCLIGCGFSTG
YGSAVKVAKVTSGSTCAVFGLGGVGLSAVMGCKAAGAARIIAVDINKDKFAKAKELGATE
CINPQDYKKPIQEVLKEMTDGGVDFSFEVIGRLDTMMASLLCCHEACGTSVIVGVPPDSQ
NLSINPMLLLTGRTWKGAIFGGFKSKESVPKLVSDFMAKKFSLDALITNVLPFEKINEGF
DLLRSGKSIRTILMF
>ptr:744064
MSTAGKVIKCKAAVLWELKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVAVGICGTDDHVVSGTMVT
PLPVILGHEAAGIVESVGEGVTTVKPGDKVIPLALPQCGKCRICKNPESNYCLKNNVNNP
QGTLQDGTSRFTCRGKPIHHFLGISTFSQYTVVDENAVAKIDAASPLEKVCLIGCGFSTG
YGSAVNVAKVTPGSTCAVFGLGGVGLSAIMGCKAAGAARIIAVDINKDKFAKAKELGATE
CINPQDYKKPIQEVLKEMTDGGVDFSFEVIGRLDTMMASLLCCHEACGTSVIVGVPPDSQ
NLSMNPMLLLTGRTWKGAILGGFKSKECVPKLVADFMAKKFSLDVLITHVLPFEKINEGF
DLLHSGKSIRTILMF
>tup:102484756
MSTAGKVIKCKAAVLWEVKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVATGICRSDDHVVSGNLAV
PFPVILGHEAAGIVESIGEGVTSVKPGDKVIPLFTPQCGKCRICKHPESNYCLKNDLDKP
RGTLQDGTTRFTCRGKSIHHFLSTSTFSQYTVVDEISVVKIDDASPLEKVCLIGCGFSTG
YGSAVKVAKVTRGSTCAVFGLGGVGLSVIMGCKAAGAARIIGVDINKDKFAKAKEVGATE
CINPQDYKKPIQEVLREMSDGGVDFSFEVIGRLDTMMAALLCCENSCGVSVIVGVPPGSQ
TLSVDPMLLLTGRTWKGAIFGGFKSKDSVPKLVADFMAKKFSLDPLITHVLPFEKINEGF
DLLRSGKSIRTVLTF
>lve:103087664
MSTAGKVIKCKAAVLWELKKPFSIEEVEVAPPKAYEVRIKMVATGVCRSDDHVINGSLVT
PLPAIIGHEAAGIVESIGEGVTTVKPGDKVIPLFVPQCGKCSVCKHPEGNFCLKNNVTKP
RGTLMDGTSRFTCRGKPIYHYIGTSTFTQYTVVDEMSVAKIDADSPLEKVCLIGCGFSTG
YGSAVKVAKVTQGSTCAVFGLGGVGLSVIMGCKAAGAARIIAVDINKDKFVKAKEVGATE
CINPRDYEKPIEEVLKEMSGGGVDFSFEVIGRLDTMMAALLCCQEAYGVSVVVGITPSAQ
NLSMNPMLLLTGRTWKGAIFGGFKSKDSVPRLVADFMAKKFPLDPLITHVLPFEKINEGF
DLLRSGKSVRTVLTF
>ngi:103728047
MSTAGKVIKCKAAVLWEVKKPFSIEEIEVAPPKAREVRIKIVATGVCRSDDHVVSGSLVT
PLPAVLGHEGAGIVESVGEGVTSVKPGDKVIPLFSPQCGTCRICKHPESNFCMQNDLQNT
RGTLLDGTSRFTCRGKSIHNFISTSTFSQYTVVDELAVAKIDAASPLEKVCLIGCGFSTG
YGSAIKVGKVTPGSTCAVFGLGGVGLSVVIGCKAAGAARIIAVDINKDKFAKAKELGATD
FVNPQDHSKPIHEVLQEMTDGGVDFSFEVIGRLDTMISSLFSCHPSCGVSVIVGVPPNSQ
NLSVNPMSLLMGRTWKGAIFGGFKSKDSVPTLVADFMAKKFPLEPLITHVLPFEKINEAF
NLLRTGKSIRTVLTF
>cjc:100389979
MGTAGKVIKCKAAVLWDQKKPFSIEEIEVAPPKTKEVRIKILATGICRTDDHVIKGTMVS
KFPVIVGHEATGIVESIGEGVTTVKPGDKVIPLFLPQCRECNACRNPDGNLCIRSDITGR
GVLADGTTRFTCKGKPVYHFMNTSTFTEYTVVDESSVAKIDDTAPPEKVCLIGCGFSTGY
GAAVKTGKVKPGSTCVVFGLGGVGLSVIMGCKSAGASRIIGIDLNKDKFEKAMAVGATEC
ISPKDSTKPISEVLSEMTDNNVGYTFEVIGRLDTMIDALASCHMNYGTSVVVGAPPSAKM
LTYDPMLLITGRTWKGCVFGGLKSRDDVPKLVTEFLAKKFDLDQLITHVLPFKQINEGFE
LLNSGQSIRTVLTF
>mdo:100015779
MIFLFVSPGVIISSDIVIKCKAAVLWGLKQPFSIEEVEVAPPKACEVRIKILATGICRTD
EHAISGAMTTKFPVIVGHEATGVVESIGEGVTSVKPGDKVIPLFLPQCGKCSSCINPNGN
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LIGCGFSTGYGAAMKTAKVTPGSTCAVFGLGGVGLSVIMGCKSAGASRIIGIDLNKSKFE
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VVGAPPSSKMLTYDPMLLFTGRTWKGCVFGGWKSKDDVPKLVSDFLAKKFDLDQLITHVL
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ファイルのアップロード
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用意した入力ファイルをアップロードする方法はふたつあります。 ひとつはデスクトップクライアントを利用する方法、もうひとつはブラウザからアップロードする方法です。

デスクトップクライアントの場合
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ownCloudデスクトップクライアントをお使いのPCにインストールしてSCLのownCloudと 同期する設定を実施してください。同期設定されたownCloudフォルダ内で 「GenomeNetCloud」→「ete」とたどり、この ete フォルダに準備したパラメータ指定ファイルと 配列指定ファイルを置いてください。自動的に計算が実行され、計算が終了すると test.html、test.final_tree.nw といったファイルが作成されますので お使いのブラウザで作成された html ファイルをご参照ください。

ブラウザの場合
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ブラウザで以下のURLにアクセスし、ログインしてください。

https://www.scl.kyoto-u.ac.jp/owncloud/

「GenomeNetCloud」→「ete」とたどり、この ete フォルダに準備したパラメータ指定ファイルと 配列指定ファイルを置いてください。自動的に計算が実行され、計算が終了すると test.html、test.final_tree.nw といったファイルが作成されますので それらのファイルをダウンロードし、お使いのブラウザで作成された html ファイルをご参照ください。

関連サイト
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