利用方法
ownCloudからETE計算を行うためにはふたつのファイルを用意する必要があります。 ひとつは計算パラメータを指定するファイル、もうひとつは配列を指定するファイルです。 パラメータを指定するファイルの拡張子は .param、配列を指定するファイルの拡張子は .fasta でなければいけません。 ひとつの計算で使用するファイル名は拡張子を除いて同じになるようにしてください。 例えば test.param と test.fasta といったファイル名になります。 パラメータ指定ファイル
このファイルの中では type と workflow という二つのパラメータを指定する必要があります。
type に a と指定するとプロテインを、 n を指定するとヌクレオチドの配列を指定したことになります。
workflow には ETE のワークフローを一つ指定します。指定できる workflow は以下のサイトを参照してください。 type = a workflow = mafft_default-trimal01-none-fasttree_default email = your@email.com 配列指定ファイル
計算する配列は fasta フォーマットで指定してください。以下は配列指定ファイルの記述例です。 >hsa:126 MSTAGKVIKCKAAVLWELKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVAAGICRSDEHVVSGNLVT PLPVILGHEAAGIVESVGEGVTTVKPGDKVIPLFTPQCGKCRICKNPESNYCLKNDLGNP RGTLQDGTRRFTCSGKPIHHFVGVSTFSQYTVVDENAVAKIDAASPLEKVCLIGCGFSTG YGSAVKVAKVTPGSTCAVFGLGGVGLSVVMGCKAAGAARIIAVDINKDKFAKAKELGATE CINPQDYKKPIQEVLKEMTDGGVDFSFEVIGRLDTMMASLLCCHEACGTSVIVGVPPDSQ NLSINPMLLLTGRTWKGAIFGGFKSKESVPKLVADFMAKKFSLDALITNILPFEKINEGF DLLRSGKSIRTVLTF >rro:104668838 MSTAGKVIKCKAAVLWEVKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVAVGICRSDDHVVSGTLVT PLPAILGHEAAGIVESVGEGVTTVKPGDKVIPLFTPQCGKCRVCKNPEGNCCLKNDLSNP RGTMQDGTRRFTCRGKPIHHFVGTSTFSQYTVVDENAVAKIDAASPLEKVCLIGCGFSTG YGSAVKVAKVTSGSTCAVFGLGGVGLSAVMGCKAAGAARIIAVDINKDKFAKAKELGATE CINPQDYKKPIQEVLKEMTDGGVDFSFEVIGRLDTMMASLLCCHEACGTSVIVGVPPDSQ NLSINPMLLLTGRTWKGAIFGGFKSKESVPKLVSDFMAKKFSLDALITNVLPFEKINEGF DLLRSGKSIRTILMF >ptr:744064 MSTAGKVIKCKAAVLWELKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVAVGICGTDDHVVSGTMVT PLPVILGHEAAGIVESVGEGVTTVKPGDKVIPLALPQCGKCRICKNPESNYCLKNNVNNP QGTLQDGTSRFTCRGKPIHHFLGISTFSQYTVVDENAVAKIDAASPLEKVCLIGCGFSTG YGSAVNVAKVTPGSTCAVFGLGGVGLSAIMGCKAAGAARIIAVDINKDKFAKAKELGATE CINPQDYKKPIQEVLKEMTDGGVDFSFEVIGRLDTMMASLLCCHEACGTSVIVGVPPDSQ NLSMNPMLLLTGRTWKGAILGGFKSKECVPKLVADFMAKKFSLDVLITHVLPFEKINEGF DLLHSGKSIRTILMF >tup:102484756 MSTAGKVIKCKAAVLWEVKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVATGICRSDDHVVSGNLAV PFPVILGHEAAGIVESIGEGVTSVKPGDKVIPLFTPQCGKCRICKHPESNYCLKNDLDKP RGTLQDGTTRFTCRGKSIHHFLSTSTFSQYTVVDEISVVKIDDASPLEKVCLIGCGFSTG YGSAVKVAKVTRGSTCAVFGLGGVGLSVIMGCKAAGAARIIGVDINKDKFAKAKEVGATE CINPQDYKKPIQEVLREMSDGGVDFSFEVIGRLDTMMAALLCCENSCGVSVIVGVPPGSQ TLSVDPMLLLTGRTWKGAIFGGFKSKDSVPKLVADFMAKKFSLDPLITHVLPFEKINEGF DLLRSGKSIRTVLTF >lve:103087664 MSTAGKVIKCKAAVLWELKKPFSIEEVEVAPPKAYEVRIKMVATGVCRSDDHVINGSLVT PLPAIIGHEAAGIVESIGEGVTTVKPGDKVIPLFVPQCGKCSVCKHPEGNFCLKNNVTKP RGTLMDGTSRFTCRGKPIYHYIGTSTFTQYTVVDEMSVAKIDADSPLEKVCLIGCGFSTG YGSAVKVAKVTQGSTCAVFGLGGVGLSVIMGCKAAGAARIIAVDINKDKFVKAKEVGATE CINPRDYEKPIEEVLKEMSGGGVDFSFEVIGRLDTMMAALLCCQEAYGVSVVVGITPSAQ NLSMNPMLLLTGRTWKGAIFGGFKSKDSVPRLVADFMAKKFPLDPLITHVLPFEKINEGF DLLRSGKSVRTVLTF >ngi:103728047 MSTAGKVIKCKAAVLWEVKKPFSIEEIEVAPPKAREVRIKIVATGVCRSDDHVVSGSLVT PLPAVLGHEGAGIVESVGEGVTSVKPGDKVIPLFSPQCGTCRICKHPESNFCMQNDLQNT RGTLLDGTSRFTCRGKSIHNFISTSTFSQYTVVDELAVAKIDAASPLEKVCLIGCGFSTG YGSAIKVGKVTPGSTCAVFGLGGVGLSVVIGCKAAGAARIIAVDINKDKFAKAKELGATD FVNPQDHSKPIHEVLQEMTDGGVDFSFEVIGRLDTMISSLFSCHPSCGVSVIVGVPPNSQ NLSVNPMSLLMGRTWKGAIFGGFKSKDSVPTLVADFMAKKFPLEPLITHVLPFEKINEAF NLLRTGKSIRTVLTF >cjc:100389979 MGTAGKVIKCKAAVLWDQKKPFSIEEIEVAPPKTKEVRIKILATGICRTDDHVIKGTMVS KFPVIVGHEATGIVESIGEGVTTVKPGDKVIPLFLPQCRECNACRNPDGNLCIRSDITGR GVLADGTTRFTCKGKPVYHFMNTSTFTEYTVVDESSVAKIDDTAPPEKVCLIGCGFSTGY GAAVKTGKVKPGSTCVVFGLGGVGLSVIMGCKSAGASRIIGIDLNKDKFEKAMAVGATEC ISPKDSTKPISEVLSEMTDNNVGYTFEVIGRLDTMIDALASCHMNYGTSVVVGAPPSAKM LTYDPMLLITGRTWKGCVFGGLKSRDDVPKLVTEFLAKKFDLDQLITHVLPFKQINEGFE LLNSGQSIRTVLTF >mdo:100015779 MIFLFVSPGVIISSDIVIKCKAAVLWGLKQPFSIEEVEVAPPKACEVRIKILATGICRTD EHAISGAMTTKFPVIVGHEATGVVESIGEGVTSVKPGDKVIPLFLPQCGKCSSCINPNGN LCVKADVTGKGVLSDGTTRFTCKGKPVYHFMNTSTFSEYTVVDESSVTKIDANAPPEKVC LIGCGFSTGYGAAMKTAKVTPGSTCAVFGLGGVGLSVIMGCKSAGASRIIGIDLNKSKFE KAKAVGATECISPKDYTKPISEVLSEMTDNSVGYTFEVVGRLETMIDALASCHLSYGTSV VVGAPPSSKMLTYDPMLLFTGRTWKGCVFGGWKSKDDVPKLVSDFLAKKFDLDQLITHVL HFKDINEGFELLSQGKSIRSVILM ファイルのアップロード
用意した入力ファイルをアップロードする方法はふたつあります。 ひとつはデスクトップクライアントを利用する方法、もうひとつはブラウザからアップロードする方法です。 デスクトップクライアントの場合
ownCloudデスクトップクライアントをお使いのPCにインストールしてSCLのownCloudと 同期する設定を実施してください。同期設定されたownCloudフォルダ内で 「GenomeNetCloud」→「ete」とたどり、この ete フォルダに準備したパラメータ指定ファイルと 配列指定ファイルを置いてください。自動的に計算が実行され、計算が終了すると test.html、test.final_tree.nw といったファイルが作成されますので お使いのブラウザで作成された html ファイルをご参照ください。 ブラウザの場合
ブラウザで以下のURLにアクセスし、ログインしてください。 関連サイト
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