計算サービスの使い方と注意事項

• ホーム領域(ホームディレクトリ)
• 計算一時領域(/aptmp/)
• SSD

ホーム領域(ホームディレクトリ)

ファイルサーバおよび計算サーバのホームディレクトリは共有されています。 したがって、どちらにログインした場合でも同じファイルやディレクトリにアクセスできます。

snapshot

ホームディレクトリの下の各ディレクトリには .snapshot/(日時) という隠しディレクトリがあり、その時点でのファイル・ディレクトリを参照することができます。

fe1% ls .snapshot/
daily.2020-04-22_0010  weekly.2020-04-12_0015  weekly.2020-04-19_0015

注意)
・ .snapshot/ は ls -a では表示されません。
・ .snapshot/ 以下は読み込み専用で、書き込むことはできません。

計算一時領域(/aptmp/)

計算サーバにはホームディレクトリとは別に、計算処理を行うための一時作業用ファイルの保存場所が確保されています。
一時的な作業用ファイルの保存先は /aptmp/(ユーザ名) です。

例）ログインアカウントがscladmだった場合は、/aptmp/scladm というディレクトリが計算一時領域です。

/aptmp/ は全計算サーバで共有されています。 /aptmp/ 以下に保存されたファイルは課金対象になりませんが、 空き容量が少なくなった場合には削除をお願いする場合があります。 ご了承ください。

計算一時領域は有限資源であるため、計算処理の目的以外に使用したり計算一時領域を独占する事のないよう注意してください。
また、1ユーザで大量のディスクを使用することによってディスク領域が圧迫された場合には、 他のユーザのジョブを異常終了させる恐れがあるため、事前の承諾なしに緊急に削除される場合があります。ご了承ください。

SSD

大規模共有メモリシステム(SDFキュー)では スクラッチ領域として 50TB の SSD (Solid State Drive) を搭載しています。SSDは通常のHDD(ハードディスクドライブ)よりもランダムIO性能が高いという特徴があります。 SDFキューに投入したジョブでは ${TMPDIR} で SSD上のスクラッチ領域を利用することができます。
・${TMPDIR} はジョブの開始時に自動生成され、ジョブの終了時に自動で削除されます。
・${TMPDIR} の実体は /scratch/pbs_tmpdir/(PBS Job ID)/ であり、ジョブごとに固有のディレクトリになります(アレイジョブの場合も、個々のサブジョブごとに個別のディレクトリとなります)。

注意)
・デノボアセンブリングツールなどIO負荷の高いアプリケーションを SDFキューで実行する際は、一時ディレクトリやファイルの出力先に ${TMPDIR} を指定して下さい。

例1) コマンドに一時ディレクトリを指定するオプションがある場合

spades --tmp-dir=${TMPDIR} ...

megahit --tmp-dir ${TMPDIR} ...

例2) コマンドに一時ディレクトリを指定するオプションがない場合(1)

mkdir ${TMPDIR}/output                    # ${TMPDIR}/ の下に出力ディレクトリを作成
flye -o ${TMPDIR}/output/  ...            # コマンドの出力先に ${TMPDIR}/ を指定
mv ${TMPDIR}/output/ /aptmp/(user)/xxx/   # 計算結果を /aptmp/ に移動

cd ${TMPDIR}/                             # ${TMPDIR}/ に移動
mkdir output                              # 出力ディレクトリを作成
flye -o output/  ...                      # コマンドの出力先に output/ を指定
mv output/ /aptmp/(user)/xxx/             # 計算結果を /aptmp/ に移動