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回答

  • Macからsshでapfe1に接続したとき、Xウィンドウを転送できません。

  • まずお使いのMacOSXに、OS附属のX11ターミナルをインストールしてください。次に、下記のコマンド入力例のように、
    sshコマンドに-Xまたは-Yオプションを付加してapfe1へログインをお試しください。

    Mac_X11term% ssh -X (アカウント名)@apfe1.scl.kyoto-u.ac.jp

もしくは

Mac_X11term% ssh -Y (アカウント名)@apfe1.scl.kyoto-u.ac.jp

  • Gaussianの実行結果のログの最後に表示されている時間は、計算時間と考えてよいのでしょうか。 

    ********************************************************
Job cpu time:  0 days  6 hours 43 minutes 23.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    202 Int=      0 D2E=      0 Chk=     27 Scr=     1
Normal termination of Gaussian 03 at Sat Sep 26 16:23:32 2009.
********************************************************

  • Job cpu time は、通常 user time と system time の合計値ですが、I/O の処理が高い場合には正しく表示がされないことがあります。正しい計算時間を知りたい場合には、rung09(もしくはrung03) コマンドの前に /usr/bin/time をつけて実行をお願いします。 その場合、標準エラー出力ファイルに、user, system, elapsed といった時間が表示されます。バッチシステムを利用した場合、標準エラー出力のファイル名は、ジョブ名.eジョブIDとなります。以下はジョブ名が g03_job、ジョブIDは 36314 の場合の表示です。

    % cat g03_job.e36314
0.53user 0.44system 0:01.15elapsed 84%CPU (0avgtext+0avgdata 0maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+19503minor)pagefaults 0swaps

  • Q-Chem を実行したところ、出力ファ イルの最後の方で以下のエラーメッセージが出力されました。どうすればよいでしょうか。 

    net_send: could not write to fd=5, errno = 32
net_send: could not write to fd=5, errno = 32
net_send: could not write to fd=5, errno = 32

  • これは実行時に必要なメモリもしくは仮想メモリが確保できなかったために出力された可能性があります。MPIジョブは、一般に実行時のCPU数を減らすことで、必要なメモリサイズを抑えることができますので、指定したCPU数を減らして再度実行してみてください。また、インタラクティブで実行した場合、もしくは利用可能なリソースが比較的少ないバッチキューで実行させていた場合には、より大きなバッチキュークラスで試してください。

  • Mathematicaのメニューやメッセージをすべて英語にしたいのですが、可能でしょうか。

  • まず、日本語版 Mathematica を起動します。 そして、「編集」から「環境設定...」を選び、環境設定ダイアログを表示します。 その中の「インタフェース」タブをクリックすると、 その画面の最初のほうに「ダイアログとメニューの言語：」と書かれた部分がありますので、 ここでEnglish を選択することで、次回 Mathematica を起動したときにすべて英語で表示されます。 日本語に戻す場合にも同様の手順となります。