NWChem

機能概要

NWChemは、大規模な計算化学問題を扱う環境を提供するとともに、計算クラスタ環境および 高性能な並列スーパーコンピュータのどちらにおいても高い並列化性能が発揮できるツールです。

NWChemには以下の特徴があります。

  • 対象は生体分子、ナノ構造および固体状態など幅広く取り合うことが可能
  • 古典力学から量子力学にわたってカバーするだけでなく、それらを融合した系の取り扱いも可能
  • 基底状態および励起状態の計算
  • Gaussianの基底関数および平面波の取り扱い
  • 数千プロセッサまでの高い並列化性能
  • 相対論的効果を含めることも可能な物性計算

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

すべて

実行方法

モジュール名は以下の通りです。

バージョンmodule名
GNUINTEL
CPUGPUCPUGPU
7.2.3nwchem/7.2.3/gcc/cpunwchem/7.2.3/gcc/gpunwchem/7.2.3/intel/cpunwchem/7.2.3/intel/gpu
7.2.1--nwchem/7.2.1-

コマンド名はnwchemです。また、以下の実行例のように、常に mpirun コマンドを使った MPI並列ジョブとして実行してください。

バッチスクリプトでの実行例

MPI版

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 また、実行CPU数の指定は黄字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4

source /etc/profile.d/modules.csh
module load nwchem/7.2.3/gcc/cpu

setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 4 nwchem input_file

この例では、実行プロセス数は 4 と指定しています。

GPU版

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。

#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load nwchem/7.2.3/gcc/gpu

setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 2 nwchem input_file

この例では、実行プロセス数は 2 と指定しています。

マニュアル

関連サイト