機能概要
NWChemは、大規模な計算化学問題を扱う環境を提供するとともに、計算クラスタ環境および
高性能な並列スーパーコンピュータのどちらにおいても高い並列化性能が発揮できるツールです。
NWChemには以下の特徴があります。
- 対象は生体分子、ナノ構造および固体状態など幅広く取り合うことが可能
- 古典力学から量子力学にわたってカバーするだけでなく、それらを融合した系の取り扱いも可能
- 基底状態および励起状態の計算
- Gaussianの基底関数および平面波の取り扱い
- 数千プロセッサまでの高い並列化性能
- 相対論的効果を含めることも可能な物性計算
利用方法
利用範囲
特になし
利用キュー
すべて
実行方法
モジュール名は以下の通りです。
| バージョン | module名 |
|---|
| 7.2.1 | nwchem/7.2.1 |
| 7.0.2 | nwchem/7.0.2 |
| 6.8.1 | nwchem/6.8.1 |
コマンド名はnwchemです。
バッチスクリプトでの実行例
MPI版
以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。
また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。
#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4
source /etc/profile.d/modules.csh
module load nwchem/7.2.1
setenv OMP_NUM_THREADS 1
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 4 nwchem input_file
この例では、実行プロセス数は 4 と指定しています。
OpenMP+MPI版
以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。
#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=4
source /etc/profile.d/modules.csh
module load nwchem/7.2.1
setenv OMP_NUM_THREADS 2
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 4 nwchem input_file
この例では、実行プロセス数は 4 と指定しています。
また、各プロセスについては、2つのOpenMPによるスレッドが生成されるため、全プロセス数は8になります。
マニュアル
関連サイト
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