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新システム移行に関する重要なお知らせ (2019/11/22更新)

現在多くの皆様にメールサービスや計算サービスをご利用いただいておりますが、引き続き、高速かつ利便性に優れた研究環境をご利用していただくため、 より高速な計算サーバ群および大容量ストレージ、さらにバージョンアップされた各種アプリケーションからなる新システムの運用が2020年1月より正式に開始されます。
新計算サーバは現行システム同様に分散型スパコンおよび共有メモリ型スパコンを中心としたシステムとなり、 利用可能なコア数やメモリ容量、ディスク容量が大幅に向上します。

来年1月からの正式運用に先立ち、11月27日午前9時より新システムが利用開始になります。 年内の新システム利用分に対しては原則課金されません。(一部、Materials Studio経由のジョブおよびGPU利用分については例外あり)

一方、現行システムの利用は12月11日(水)午前9時までです。 実行中のジョブについては12月9日午前9時以降に停止され、新システムでのジョブ再実行はされませんのでご注意ください。

新システムへの移行スケジュール

新システムへの移行は、1) 準備期間(8月~11月) ⇒ 2) 仮運用(11月下旬~12月) ⇒ 3) 正式運用(1月~) の順に進められます。 以下に、各期間での注意点をお知らせします。

準備期間(8月~11月)

新システムへの移行準備のため、現在提供されているサービスの一部が停止もしくは利用が制限されます。

</aptmp/(ユーザ名)/ のファイル整理のお願い>
対象者 : 計算サーバのユーザ(/aptmp/(ユーザ名)/ を利用されている方)
整理期間 : ~10月前半までに (実施済)

<共有メモリ型スパコン UV2000 の一部停止>
実施日 : 10月1日午前9時 (実施済)

<分散型スパコンの一部停止>
実施日 : 10月1日午前9時(実施済)

<分散型スパコン(GPU搭載ノード) の一部停止>
実施日 : 10月17日午前9時(実施済)

<計算サーバで実行中のジョブ停止および一部サービスの停止>
実施日 : 11月2日(土)~4日(祝・月)(実施済)

仮運用 (11月27日午前9時~)

11月27日午前9時より、新システムの計算サーバの利用が可能になります。 これよりも前に、新システムのログインノード(apfe1)へのログインはしないようにお願いします。

【新システムの利用開始】 11月27日午前9時~ 
(ただし、一部ノードは利用不可。12月13日頃に全サーバが利用可能となる予定です。)

<新ログインノードおよび計算サーバ>
内容 : 新ログインノードや新計算サーバの利用が可能になります。
新ログインノードのホスト名は、apfe1.scl.kyoto-u.ac.jp です。 また、新システムではバッチジョブのキュー名や利用可能な計算リソースが大きく変更されていますので、ご注意ください。 なお、まだ準備作業が続いていますので、11月27日午前9時以前にログインすること、アプリケーションからの新システムへのバッチジョブ投入はしないでください。

<ホームディレクトリ>
内容 : ユーザが行うべき作業はありません。
現行システムと新システムのホームディレクトリは、11月2日のストレージ切替作業により、すでに新システムへの移行作業が完了し、 現在は、現行および新システムのどちらも同じストレージを参照しています。 そのため、現行システムのホームディレクトリ内のファイルを修正・削除すると、 新システムでも同様に修正・削除されてしまいますのでご注意ください。

storage

<一時領域(/aptmp/username/)>
内容 : 11月24日(日)以降に、現行システムの/aptmp/username/ を使われていない、かつ 今後は新システムしか利用しないユーザは何もする必要はありません。
新システムの /aptmp/username/ は、現行システムの /aptmp/username/ の11月24日~25日の時点と全く同じ内容になっています。

11月24日以降も、現行システムの/aptmp/username/ を利用されている場合、新規作成・変更・削除されたファイル等については、 新システムの/aptmp/username/ にその処理が反映されていませんので、以下をよくお読みいただき対応をお願いします。

現行システムと新システムの /aptmp/username/ は異なるストレージのため、11月24日~25日にかけて、 現行システムの/aptmp/username/ から新システムの/aptmp/username/ にすべてのファイルをコピーして どちらも全く同じ状態にします。
コピーの正確な開始終了日時を知りたい方は、新システムの/aptmp/info/lastcopy/username に記載された、 ユーザごとの開始終了日時をご確認ください。

コピー開始日時以降に、現行システムの /aptmp/username/ にてファイルの新規作成・変更・削除を行った場合には、新システムの /aptmp/username/ には その作業が反映されていません。(厳密には、コピー開始処理が始まった後でも、新システムにコピーされる直前に修正された内容は、新システムに反映されます。)
その場合、現行システムの /aptmp/username/ を新システムの /aptmp/username/ に反映させる方法としては以下の2通りあります。 なお、どちらの場合でも新ログインノード(apfe1)にて作業を行ってください。 また、現行システムは12/11午前9時に停止しますので、その時までに作業を完了させてください。 それ以降は、現行システムの /aptmp/username/ にはアクセスできなくなります。

(1) 同期する場合
新システムの/aptmp/username/を現行システムの /aptmp/username/ と全く同じ状態にしても問題ない場合には、 以下のrsyncコマンドを使って同期作業を行ってください。なお、rsync コマンド使用時は、ディレクトリの最後に / を付けることを忘れないでください。

/aptmp/username/ 全体に対して同期作業を行う場合:
apfe1% rsync -av --delete /old/aptmp/username/  /aptmp/username/

/aptmp/username/ のディレクトリ(例 dir) に絞って同期作業を行う場合:
apfe1% rsync -av --delete /old/aptmp/username/dir/  /aptmp/username/dir/

(補足)
/old/aptmp/username/: 現行システムの領域
   /aptmp/username/: 新システムの領域

上記処理にかかる時間の目安としては、先ほどお知らせした /aptmp/info/lastcopy/username に記載された開始日時と終了日時の差からおおよその検討を付けることができます。
また、途中でrsyncの処理が中断しないよう、特例として12/11午前9時までは新ログインノード(apfe1)でのインタラクティブジョブのCPU時間の制限を24時間としています。

(2) 対象を指定してコピーする場合
新システムにコピーしたいファイルが明らかでその数が少ない場合、あるいはすでに新システムの /aptmp/username/ の利用を開始され、 /aptmp/username/ を同期させたくない場合には、以下の手順で、対象ファイルもしくはディレクトリのみを新システムにコピーしてください。

apfe1% cp -pr /old/aptmp/username/dir  /aptmp/username/dir    (ディレクトリの場合)

apfe1% cp -p /old/aptmp/username/file  /aptmp/username/file    (ファイルの場合)

(補足)
/old/aptmp/username/: 現行システムの領域
   /aptmp/username/: 新システムの領域

【現行システムの停止】

新規ジョブ投入停止日 : 12月6日(金) 17時
内容 : 現行システムに対する新規ジョブ投入が停止されます。この日時以降、現行システムでの新たなジョブ投入はできません。

ジョブ終了日 : 12月9日(月) 9時
内容 : 現行システムで実行中のすべてのジョブが停止されます。停止されたジョブは、新システムでの再実行はされませんので、ご注意ください。 なお、ログインノード(fe1)へのログインや、/aptmp/username/ へのアクセス、現行システムから新システムへの /aptmp/username/ のコピーや同期は可能です。

システム停止日 : 12月11日(水) 9時
内容 : 現行システムのすべてのサーバが停止され、ログインノード(fe1)へのログインもできません。
現行システムでの /aptmp/username/ 以下にもアクセスできませんので、新システムへのコピーが必要な方はシステム停止までに必ず実施してください。


【新システムに対する課金】

新システムで計算されたジョブのうち、年内(12月31日23時59分59秒まで)に終了したジョブについてはすべて課金されません。 年をまたいで実行されたジョブについては、年内の計算分については非課金、年明け以降の計算分については課金となります。 ただし、年をまたいで実行されたジョブのうち、Materials Studioを介して実行したジョブ、あるいはGPUを使ったジョブについては年内の計算分も含めて すべて課金対象になります。

正式運用 (1月~)

正式運用開始日 : 2020年1月1日より

実行中のジョブについては、1月1日以降も引き続き、実行を継続します。



ソフトウェア

新システムでは利用できない有償アプリケーション

  • BAND (宇治地区利用者のみ)
  • GaussView5
  • Molcas
  • Molpro (宇治地区利用者のみ)
  • TURBOMOLE (宇治地区利用者のみ)

新システムでもこれまで通り利用可能な有償アプリケーション

  • PBS ★
  • Intel compiler ★
  • Amber
  • ADF (宇治地区利用者のみ)
  • CSD ★
  • Gaussian09 ★
  • Gaussian16 ★
  • GaussView6 ★
  • Gaussian&GaussView(Win/Mac/Linux)貸し出しメディア ★ (宇治地区利用者のみ)
  • Materials Studio ★(全モジュール利用可能)
  • Discovery Studio ★(全モジュール利用可能)
  • Materials Science Suite (宇治地区利用者のみ)
  • Mathematica (宇治地区利用者のみ)
  • Q-Chem
  • Reaxys ★
  • SCIGRESS
なお、新システム利用開始と同時に利用できるアプリケーションには、★を付けています。
新システムにおける、各アプリケーションの設定内容については、各アプリケーションのページをご参照ください。

新システムにおけるバイオインフォマティクスソフトウェア

新システムでは、現行システムと同じバイオインフォマティクスソフトウェアが利用できますが、インストールされているバージョンは最新版となります。
(ソフトウェアによっては、最新版の他、比較的新しいバージョンも含まれている場合があります。)

もし、利用したい過去のバージョンが含まれていない場合には、可能な限り対応させていただきますので、 その旨スパコンシステムまでお知らせください。



変更履歴

日付 内容
2019/08/09 初版
2019/08/27 計算ノードの一部停止等の詳細を更新
2019/09/05 11/2-4の入替作業にともなう影響の詳細を追記
2019/09/30 10/17以降一部のGPUノード停止情報を追記
2019/11/12 新システム利用開始および現行システム利用停止情報を追記
2019/11/22 新システム利用開始日時および新システム移行のための詳細情報を追記


ご不明な点などありましたら、スパコンシステムまでお問合せください。