機能概要
LAMMPS は古典的な分子動力学コードであり、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator の頭文字からなる名称です。
LAMMPS は金属や半導体といった固体材料、生体分子やポリマーなどのソフトな物質、あるいは粗視化またはメゾスコピックなシステムを
対象とした計算を行うことができます。
利用方法
利用範囲
特になし
利用キュー
すべて
実行方法
LAMMPS では、CPU版およびGPU版が利用できます。
どちらのバージョンでも、MPI での並列化が利用できます。
モジュール名は以下の通りです。
バージョン | リリース日 | CPU版/GPU版 |
29 Sep 21 | 2021/9/29 | lammps/2109 |
29 Oct 20 | 2020/10/29 | lammps/2010 |
コマンド名は次の通りです。
CPU版(APCキュー) | GPU版(APGキュー) |
lmp_intel_cpu | lmp_intel_gpu |
なお、GPU単精度版としてlmp_intel_gpu_single, 倍精度版として lmp_intel_gpu_double も用意されています。
バッチスクリプトでの実行例
CPU版
以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。
また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。
#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10
source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2010
setenv OMP_NUM_THREADS 1
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 10 lmp_intel_cpu < input_file
この例では、実行プロセス数は 10 と指定しています。
GPU版
以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。
1ノードには1枚のGPUボードが搭載されています。また、ngpus は 1 としてください。
#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=1
source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2010
setenv OMP_NUM_THREADS 1
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 2 lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 < input_file
1ノードには1枚のGPUボードが搭載されていますので、-pk gpu 1 となります。
この例では、実行プロセス数は 2 と指定しています。
対応モジュール
最新版29Sep2021では以下のモジュールが利用できます。
ASPERE | ATC | AWPMD | BOCS | BODY | BROWNIAN |
CG-DNA | CG-SDK | CLASS2 | COLLOID | COLVARS | COMPRESS |
CORESHELL | DIELECTRIC | DIFFRACTION | DIPOLE | DPD-BASIC | DPD-MESO |
DPD-REACT | DPD-SMOOTH | DRUDE | EFF | EXTRA-COMPUTE | EXTRA-DUMP |
EXTRA-FIX | EXTRA-MOLECULE | EXTRA-PAIR | FEP | GPU | GRANULAR |
H5MD | INTEL | INTERLAYER | KSPACE | MACHDYN | MANYBODY |
MC | MDI | MEAN | MESONT | MISC | ML-IAP |
ML-PACE | ML-SNAP | MOFFF | MOLECULE | MOLFILE | NETCDF |
OPENMP | OPT | ORIENT | PERI | PHONON | PLUGIN |
PLUMED | POEMS | PTM | PYTHON | QEQ | QTB |
REACTION | REAXFF | REPLICA | RIGID | SHOCK | SMTBQ |
SPH | SPIN | SRD | TALLY | UEF | VORONOI |
YAFF | - | - | - | - | - |
マニュアル
関連サイト
LAMMPS(公式ホームページ)
|