LAMMPS

機能概要

LAMMPS は古典的な分子動力学コードであり、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator の頭文字からなる名称です。
LAMMPS は金属や半導体といった固体材料、生体分子やポリマーなどのソフトな物質、あるいは粗視化またはメゾスコピックなシステムを 対象とした計算を行うことができます。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

すべて

実行方法

LAMMPS では、CPU版およびGPU版が利用できます。 いずれのバージョンでも、MPI での並列化が利用できます。
モジュール名は以下の通りです。

バージョン最終更新日環境設定コマンド(CPU版/GPU版)
2 Aug 23 update22023/12/14module load lammps/2308.2

コマンド名は次の通りです。

CPU版GPU版
lmp_intel_cpulmp_intel_gpu

なお、GPU単精度版としてlmp_intel_gpu_single, 倍精度版として lmp_intel_gpu_double も用意されています。

バッチスクリプトでの実行例

CPU版

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 また、実行CPU数の指定は黄色部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2308.2
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 10 lmp_intel_cpu -sf intel < input_file

この例では、実行プロセス数は 10 と指定しています。また、高速化のために -sf オプションにてINTELパッケージを指定しています。

GPU版(1枚のGPUにて1プロセスで実行する場合)

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 1枚のGPUを使用する場合、ngpus は 1 としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=1:mpiprocs=1:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2308.2
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 < input_file

GPU版(1枚のGPUにて2プロセスで実行する場合)

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 1枚のGPUを使用する場合、ngpus は 1 としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2308.2
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 2 lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 < input_file

GPU版(同一ノード内の2枚のGPUを使って計算を行う場合)

現行システムでは1ノードに2枚のGPUを搭載しています。これら2枚のGPUを使って計算を行うことも可能です。 ただし、2枚のGPUを使用することで、場合によってはかえって性能が低下してしまう場合もありますのでご注意ください。 以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。なお、この場合2枚のGPUを使用するため ngpus は 2 としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=2

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2308.2
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 2 lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 2 < input_file

対応モジュール

以下のモジュールが利用できます。☆:CPU版のみ。★:GPU版のみ。

AMOEBA ASPERE ATC AWPMD BOCS BODY
BPM BROWNIAN CG-DNA CG-SPICA CLASS2 COLLOID
COLVARS COMPRESS CORESHELL DIELECTRICDIFFRACTION DIPOLE
DPD-BASICDPD-MESO DPD-REACT DPD-SMOOTHDRUDE EFF
ELECTRODEEXTRA-COMPUTEEXTRA-DUMPEXTRA-FIX EXTRA-MOLECULEEXTRA-PAIR
FEP GPU★ GRANULAR H5MD☆ INTEL INTERLAYER
KSPACE LATBOLTZ LEPTON MACHDYN MANIFOLD MANYBODY
MC MDI MEAN MESONT MGPT MISC
ML-IAP ML-RANN ML-SNAP MOFFF MOLECULE MOLFILE
MPIIO NETCDF OPENMP OPT ORIENT PERI
PHONON PLUGIN PLUMED POEMS PTM PYTHON
QEQ QMMM QTB REACTION REAXFF REPLICA
RIGID SHOCK SMTBQ SPH SPIN SRD
TALLY UEF VORONOI YAFF - -

マニュアル

関連サイト

LAMMPS(公式ホームページ)