LAMMPS

機能概要

LAMMPS は古典的な分子動力学コードであり、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator の頭文字からなる名称です。
LAMMPS は金属や半導体といった固体材料、生体分子やポリマーなどのソフトな物質、あるいは粗視化またはメゾスコピックなシステムを対象とした計算を行うことができます。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

JP/PK/UV

実行方法

LAMMPS では、MPI版およびGPU版が利用できます。
モジュール名は以下の通りです。

バージョン	リリース日	MPI版	GPU版
12Dec18	2018/12/12	lammps/1812intel	lammps/1812gpu
22Aug18	2018/8/22	lammps/1808intel	lammps/1808gpu

また、コマンド名は次の通りです。

MPI版(JPキュー)	GPU版	MPI版(UVキュー)
lmp_intel	lmp_intel_gpu	lmp_intel_uv

バッチスクリプトでの実行例

MPI版

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/1808intel

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 10 lmp_intel < input_file

この例では、実行CPU数は 10 と指定しています。

GPU版

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 GPU数の指定は青字部分です。1ノードには1枚のGPUボードが搭載されていますので、必ず 1 としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q PK5
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=1:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/1808gpu

cd $PBS_O_WORKDIR

lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 < input_file

1ノードには1枚のGPUボードが搭載されていますので、-pk gpu 1 となります。
また、計算精度については、pairwise forces are computed in single precision, but accumulated into double-precision force vectors.　となっています。ご注意ください。

MPI+GPU版

#!/bin/csh
#PBS -q PK5
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/1808gpu

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 4 lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 < input_file