LAMMPS

機能概要

LAMMPS は古典的な分子動力学コードであり、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator の頭文字からなる名称です。
LAMMPS は金属や半導体といった固体材料、生体分子やポリマーなどのソフトな物質、あるいは粗視化またはメゾスコピックなシステムを対象とした計算を行うことができます。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

すべて

実行方法

LAMMPS では、CPU版およびGPU版が利用できます。どちらのバージョンでも、MPI での並列化が利用できます。
モジュール名は以下の通りです。

バージョン	リリース日	CPU版/GPU版
29 Sep 21	2021/9/29	lammps/2109
29 Oct 20	2020/10/29	lammps/2010

コマンド名は次の通りです。

CPU版(APCキュー)	GPU版(APGキュー)
lmp_intel_cpu	lmp_intel_gpu

なお、GPU単精度版としてlmp_intel_gpu_single, 倍精度版として lmp_intel_gpu_double も用意されています。

バッチスクリプトでの実行例

CPU版

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2010
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 10 lmp_intel_cpu < input_file

この例では、実行プロセス数は 10 と指定しています。

GPU版

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 1ノードには1枚のGPUボードが搭載されています。また、ngpus は 1 としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2010
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 2 lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 < input_file

1ノードには1枚のGPUボードが搭載されていますので、-pk gpu 1 となります。
この例では、実行プロセス数は 2 と指定しています。

対応モジュール

最新版29Sep2021では以下のモジュールが利用できます。

ASPERE	ATC	AWPMD	BOCS	BODY	BROWNIAN
CG-DNA	CG-SDK	CLASS2	COLLOID	COLVARS	COMPRESS
CORESHELL	DIELECTRIC	DIFFRACTION	DIPOLE	DPD-BASIC	DPD-MESO
DPD-REACT	DPD-SMOOTH	DRUDE	EFF	EXTRA-COMPUTE	EXTRA-DUMP
EXTRA-FIX	EXTRA-MOLECULE	EXTRA-PAIR	FEP	GPU	GRANULAR
H5MD	INTEL	INTERLAYER	KSPACE	MACHDYN	MANYBODY
MC	MDI	MEAN	MESONT	MISC	ML-IAP
ML-PACE	ML-SNAP	MOFFF	MOLECULE	MOLFILE	NETCDF
OPENMP	OPT	ORIENT	PERI	PHONON	PLUGIN
PLUMED	POEMS	PTM	PYTHON	QEQ	QTB
REACTION	REAXFF	REPLICA	RIGID	SHOCK	SMTBQ
SPH	SPIN	SRD	TALLY	UEF	VORONOI
YAFF	-	-	-	-	-