LAMMPS

機能概要

LAMMPS は古典的な分子動力学コードであり、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator の頭文字からなる名称です。
LAMMPS は金属や半導体といった固体材料、生体分子やポリマーなどのソフトな物質、あるいは粗視化またはメゾスコピックなシステムを対象とした計算を行うことができます。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

すべて

実行方法

LAMMPS では、CPU版およびGPU版が利用できます。どちらのバージョンでも、MPI での並列化が利用できます。
モジュール名は以下の通りです。

バージョン	リリース日	CPU版	GPU版
29 Oct 20	2020/10/29	lammps/2010
3 Mar 20	2020/3/3	lammps/2003	lammps/2003gpu
7 Aug 19	2019/8/7	lammps/1908	lammps/1908gpu

コマンド名は次の通りです。

CPU版(APCキュー)	GPU版(APGキュー)
lmp_intel_cpu	lmp_intel_gpu

なお、バージョン 29 Oct 20 については、GPU版として lmp_intel_gpu_single, lmp_intel_gpu_double も用意されています。 GPUでの計算を単精度で行う場合にはlmp_intel_gpu_single, 倍精度で行う場合には lmp_intel_gpu_double をご利用ください。

バッチスクリプトでの実行例

CPU版

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2010
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 10 lmp_intel_cpu < input_file

この例では、実行プロセス数は 10 と指定しています。

GPU版（1枚のGPUを使って計算を行う場合）

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 1ノードには1枚のGPUボードが搭載されています。また、ngpus は 1 としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2010
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 2 lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 < input_file

1ノードには1枚のGPUボードが搭載されていますので、-pk gpu 1 となります。
この例では、実行プロセス数は 2 と指定しています。

GPU版（2枚のGPUを使って計算を行う場合）

先ほどの例は、GPUを1枚使う場合でしたが、2ノードを使うことで、2枚のGPUボードを使って計算を行うことが可能です。以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。なお、この場合も ngpus は 1 としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=2:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2010
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 4 lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 < input_file

この場合でも -pk gpu 1 となります。
この例では、各ノードでの実行プロセス数は 2 となります。また、2ノードを使用することで、トータルのプロセス数は 2 * 2 = 4 となります。したがって、mpirun -np 4 という指定となっています。