機能概要
LAMMPS は古典的な分子動力学コードであり、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator の頭文字からなる名称です。 利用方法利用範囲特になし 利用キューすべて 実行方法
LAMMPS は CPUおよびGPUのどちらの環境でも利用できます。
いずれのバージョンでも MPI での並列化が利用できます。
コマンド名は次の通りです。
lmp_intel_gpu_single, lmp_kokkos_gpu_single および lmp_intel_gpu_double, lmp_kokkos_gpu_double はそれぞれ単精度版および倍精度版です。 バッチスクリプトでの実行例以下では並列化手法や利用パッケージの違いにおける、バッチスクリプトの例を示します。なお、実行オプション等の詳細については、LAMMPSのオンラインマニュアルを参照ください。 なお、LAMMPSに限らず、一般には必要以上の計算リソース(例えばコア数やGPU数)を指定するとかえって性能が低下する場合がありますので、十分ご注意ください。 CPU版(INTELパッケージ利用)以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 #!/bin/csh #PBS -q APC #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=4 source /etc/profile.d/modules.csh module load lammps/2408.1 setenv OMP_NUM_THREADS 2 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 4 lmp_intel_cpu -sf intel -in input_file この例では、OMPスレッド数 2 および MPIプロセス数 4 であり、全体で実行プロセス数 8 (2 x 4) を指定しています。 また、高速化のために -sf オプションにてINTELパッケージを指定しています。 CPU版(KOKKOSパッケージ利用)以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 #!/bin/csh #PBS -q APC #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=4 source /etc/profile.d/modules.csh module load lammps/2408.1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 4 lmp_kokkos_omp -k on t 2 -sf kk -in input_file
この例では、OMPスレッド数 2 および MPIプロセス数 4 であり、全体で実行プロセス数 8 (2 x 4) を指定しています。
また、高速化のために -sf オプションにてKOKKOSパッケージを指定しています。 (途中省略) #PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=8 (途中省略) mpirun -np 8 lmp_kokkos_mpi_only -k on -sf kk -in input_file GPU版(GPUパッケージ利用:1枚のGPUにて1プロセスで実行する場合)以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 1枚のGPUを使用する場合、ngpus は 1 としてください。 #!/bin/csh #PBS -q APG #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=1:mpiprocs=1:ngpus=1 source /etc/profile.d/modules.csh module load lammps/2408.1 cd $PBS_O_WORKDIR lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 -in input_file GPU版(GPUパッケージ利用:1枚のGPUにて2プロセスで実行する場合)以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 1枚のGPUを使用する場合、ngpus は 1 としてください。 #!/bin/csh #PBS -q APG #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=1 source /etc/profile.d/modules.csh module load lammps/2408.1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 2 lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 -in input_file GPU版(GPUパッケージ利用:同一ノード内の2枚のGPUを使って計算を行う場合)現行システムでは1ノードに2枚のGPUを搭載しています。これら2枚のGPUを使って計算を行うことも可能です。 ただし、2枚のGPUを使用することで、場合によってはかえって性能が低下してしまう場合もありますのでご注意ください。 以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。なお、この場合2枚のGPUを使用するため ngpus は 2 としてください。 #!/bin/csh #PBS -q APG #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=2 source /etc/profile.d/modules.csh module load lammps/2408.1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 2 lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 2 -in input_file GPU版(KOKKOSパッケージ利用:1枚のGPUにて1プロセスで実行する場合)以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 1枚のGPUを使用する場合、ngpus は 1 としてください。 #!/bin/csh #PBS -q APG #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=1:ngpus=1 source /etc/profile.d/modules.csh module load lammps/2408.1 cd $PBS_O_WORKDIR lmp_kokkos_gpu -k on g 1 -sf kk -pk kokkos -in input_file GPU版(KOKKOSパッケージ利用:1枚のGPUにて2プロセスで実行する場合)以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 1枚のGPUを使用する場合、ngpus は 1 としてください。 #!/bin/csh #PBS -q APG #PBS -N title #PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=1 source /etc/profile.d/modules.csh module load lammps/2408.1 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 2 lmp_kokkos_gpu -k on g 1 -sf kk -pk kokkos -in input_file 対応モジュール以下のモジュールが利用できます。
※)★:GPU版のみ ★★:2024.8のみ マニュアル関連サイト |