LAMMPS

機能概要

LAMMPS は古典的な分子動力学コードであり、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator の頭文字からなる名称です。
LAMMPS は金属や半導体といった固体材料、生体分子やポリマーなどのソフトな物質、あるいは粗視化またはメゾスコピックなシステムを 対象とした計算を行うことができます。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

すべて

実行方法

LAMMPS では、CPU版およびGPU版が利用できます。 どちらのバージョンでも、MPI での並列化が利用できます。
モジュール名は以下の通りです。

バージョンリリース日CPU版/GPU版
29 Sep 212021/9/29lammps/2109
29 Oct 202020/10/29lammps/2010

コマンド名は次の通りです。

CPU版(APCキュー)GPU版(APGキュー)
lmp_intel_cpulmp_intel_gpu

なお、GPU単精度版としてlmp_intel_gpu_single, 倍精度版として lmp_intel_gpu_double も用意されています。

バッチスクリプトでの実行例

CPU版

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APC
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2010
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 10 lmp_intel_cpu < input_file

この例では、実行プロセス数は 10 と指定しています。

GPU版

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 1ノードには1枚のGPUボードが搭載されています。また、ngpus は 1 としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q APG
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/2010
setenv OMP_NUM_THREADS 1

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 2 lmp_intel_gpu -sf gpu -pk gpu 1 < input_file

1ノードには1枚のGPUボードが搭載されていますので、-pk gpu 1 となります。
この例では、実行プロセス数は 2 と指定しています。

対応モジュール

最新版29Sep2021では以下のモジュールが利用できます。

ASPEREATCAWPMDBOCSBODYBROWNIAN
CG-DNACG-SDKCLASS2COLLOIDCOLVARSCOMPRESS
CORESHELLDIELECTRICDIFFRACTIONDIPOLEDPD-BASICDPD-MESO
DPD-REACTDPD-SMOOTHDRUDEEFFEXTRA-COMPUTEEXTRA-DUMP
EXTRA-FIXEXTRA-MOLECULEEXTRA-PAIRFEPGPUGRANULAR
H5MDINTELINTERLAYERKSPACEMACHDYNMANYBODY
MCMDIMEANMESONTMISCML-IAP
ML-PACEML-SNAPMOFFFMOLECULEMOLFILENETCDF
OPENMPOPTORIENTPERIPHONONPLUGIN
PLUMEDPOEMSPTMPYTHONQEQQTB
REACTIONREAXFFREPLICARIGIDSHOCKSMTBQ
SPHSPINSRDTALLYUEFVORONOI
YAFF-----

マニュアル

関連サイト

LAMMPS(公式ホームページ)