(注:このページは古いバージョンの情報になります。最新版はこちらをご覧下さい。) AlphaFold2 は DeepMind社が開発したタンパク質立体構造予測プログラムです。 利用方法$ module load AlphaFold/2.0.0 $ run_alphafold.sh # オンラインヘルプの表示 $ run_alphafold.sh -o outdir -f input.fa -t 2020-05-14実行コマンドは run_alphafold.sh です(これは AlphaFold2 の非Docker版実行スクリプトを当スパコンシステム向けに改修したものです)。 必須オプション -o <output_dir> Path to a directory that will store the results. -f <fasta_path> Path to a FASTA file containing one sequence -t <max_template_date> Maximum template release date to consider (ISO-8601 format - i.e. YYYY-MM-DD). Important if folding historical test setsその他のオプション -d <data_dir> Path to directory of supporting data (default: /usr/appli/freeware/AlphaFold/2.0.0/data/) -m <model_names> Names of models to use (a comma separated list) (default: model_1,model_2,model_3,model_4,model_5) -p <preset> Choose preset model configuration (default: full_dbs) - reduced_dbs : no ensembling and smaller genetic database config - full_dbs : no ensembling and full genetic database config - casp14 : full genetic database config and 8 model ensembling使用コア数は決め打ち(8個)です。qsub コマンドでは ncpus=8 を指定して下さい。 より進んだ利用方法AlphaFold2 の全オプションを指定可能な実行コマンド run_alphafold.py もあります。利用法はオンラインヘルプ $ run_alphafold.py $ run_alphafold.py --helpshort $ run_alphafold.py --helpfullをご覧下さい。 (参考) run_alphafold.sh コマンドのジョブ $ run_alphafold.sh -o outdir -f input.fa -t 2020-05-14と同等の run_alphafold.py コマンドのジョブは以下の様になります。 PREFIX=/usr/appli/freeware/AlphaFold/2.0.0 run_alphafold.py \ --bfd_database_path=${PREFIX}/data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt \ --mgnify_database_path=${PREFIX}/data/mgnify/mgy_clusters_2018_12.fa \ --template_mmcif_dir=${PREFIX}/data/pdb_mmcif/mmcif_files \ --obsolete_pdbs_path=${PREFIX}/data/pdb_mmcif/obsolete.dat \ --pdb70_database_path=${PREFIX}/data/pdb70/pdb70 \ --uniclust30_database_path=${PREFIX}/data/uniclust30/uniclust30_2018_08/uniclust30_2018_08 \ --uniref90_database_path=${PREFIX}/data/uniref90/uniref90.fasta \ --data_dir=${PREFIX}/data \ --output_dir=outdir \ --fasta_paths=input.fa \ --model_names=model_1,model_2,model_3,model_4,model_5 \ --max_template_date=2020-05-14 \ --preset=full_dbs \ --benchmark=false \ --logtostderr 補足事項
ライセンスAlphaFoldのソースコード自体のライセンスは Apache License, Version 2.0 ですが、モデルパラメータは Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0) license ですので、商用利用はできません。 関連ページ |