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RoseTTAFold

利用方法
補足事項
ライセンス
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RoseTTAFold はワシントン大学が開発したタンパク質立体構造予測プログラムです。

利用方法

実行コマンドは run_e2e_ver.sh, run_pyrosetta_ver.sh です。

(例) 10コア、64GB を使用して実行 
$ module load RoseTTAFold/1.0
$ env CPU=10 MEM=64 run_e2e_ver.sh input.fa outdir
$ env CPU=10 MEM=64 run_pyrosetta_ver.sh input.fa outdir
環境変数CPU で使用コア数、MEM で使用メモリ(GB)を指定します(指定しないとエラーになります)。

補足事項

  • データベースファイルの置き場所は以下の通りです。
    /usr/appli/freeware/RoseTTAFold/data/
  • run_e2e_ver.sh は最後の段階でpytorchの計算が行われますので、 GPU搭載ノード(APG キュー)で実行した方が(多少) 速くなります。
  • run_pyrosetta_ver.sh はpytorchを使わないので、CPUだけで計算が行われます。
  • run_pyrosetta_ver.sh は Rosetta, PyRosetta を使用しております。Rosetta, PyRosetta ともAcademic Freeではありますが、利用にはライセンスの取得が必要です。run_pyrosetta_ver.sh を使用される場合は Rosetta, PyRosetta のライセンスを取得しておいて下さい。

ライセンス


RoseTTAFoldのソースコード自体のライセンスは MIT License ですが、モデルパラメータは Rosetta-DL Software license であり商用利用はできません。

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