AlphaFold3 (AlphaFold Ver.3.0.0)

AlphaFold3 は DeepMind社が開発したタンパク質立体構造予測プログラムです。
(注) 実行前にユーザ様ご自身でモデルパラメータをダウンロードして頂く必要があります(→ 補足事項)。

利用方法

$ module load AlphaFold3/3.0.0
$ run_alphafold.py                                       # オンラインヘルプの表示
$ run_alphafold.py --json_path=input.json --output_dir=outdir

--json_path=<Path to the input JSON file.>
--output_dir=<Path to a directory where the results will be saved.>  

• run_alphafold.py --helpshort
• run_alphafold.py --helpfull

補足事項

• モデルパラメータはユーザ様にて「AlphaFold 3 | Request to access model parameters」から申請・入手の上、ホームディレクトリ下の models/ ディレクトリ下に置いて下さい。

  $ unzstd af3.bin.zst  # af3.bin というファイルができます。問題なく計算できていれば af3.bin.zst を削除しても構いません。
  $ mkdir ~/models/
  $ mv af3.bin ~/models/
  

  • af3.bin を別の場所に置いた場合は --model_dirオプションで指定して下さい。
    例) /aptmp/xxx/AlphaFold3/models/af3.bin に置いた場合

    $ run_alphafold.py --json_path=input.json --output_dir=outdir --model_dir=/aptmp/xxx/AlphaFold3/models/
    

• 実行時に以下の様なメッセージが出ますが、無視して下さい。

  I1126 11:22:39.787965 139858263147648 xla_bridge.py:895] Unable to initialize backend 'rocm': module 'jaxlib.xla_extension' has no attribute 'GpuAllocatorConfig'
  I1126 11:22:39.806133 139858263147648 xla_bridge.py:895] Unable to initialize backend 'tpu': INTERNAL: Failed to open libtpu.so: libtpu.so: cannot open shared object file: No such file or directory
  

ライセンス・利用規約

• ソースコードのライセンス: Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0)
• モデルパラメータの利用規約: ALPHAFOLD 3 MODEL PARAMETERS TERMS OF USE

関連ページ

• AlphaFold3 github
• AlphaFold2
• OmegaFold
• RoseTTAFold